После смерти Абдуллы в 1598 году престол перешёл в его сыну Абд ал-Мумину, но вскоре началась смута и он был убит мятежниками, вместе со смертью Абд ал-Мумина прекратилась династия Шейбанидов.

Абдулла-хан был похоронен у мавзолея Бахауддина Накшбанда близ Бухары.

1598 Абдалмумин-хан (1568—1598) — одиннадцатый правитель из династии Шейбанидов в Бухарском ханстве.

Абдалмумин-хан был единственным сыном Абдулла-хан II. Первоначально Абдалмумин-хан был правителем Балха и Бадахшана в 1582-1598 годах. При нем были проведены большие благостроительные работы в Балхе, возведены медресе, мечети и мавзолеи. После смерти отца в феврале 1598 года пришел к власти. Был жестким и непримиримым правителем. Был виновником смерти многих шейбанидов.

Абдалмумин-хан был убит в результате заговора в 1598 году. Вместо него на престол был возведен Пирмухаммед-хан II.

1598-1601 Пирмухаммед-хан II (1550—1601) — двенадцатый правитель из династии Шейбанидов в

Последний представитель династии шейбанидов — Пирмухаммед-хан пришел к власти после убийства заговорщиками сына Абдуллы-хана II Абдалмумин-хана в 1598 году. Он был последним представителем династии шейбанидов в Бухарском ханстве. Период его правления характеризуется усилением междоусобиц и борьбой за власть. Страна оказалась под угрозой вторжения сефевидского Ирана. В 1601 году губернатор Самарканда Баки Мухаммад разбил войска Пирмухаммед-хана. Вскоре Баки Мухаммед захватил Бухару и стал основателем новой династии Аштарханидов.

Пирмухаммед-хан погиб в 1601 году.

1601-1605 Баки-Мухаммад (1579 — 1605), первый хан Бухарского ханства из узбекской династии джанидов – Аштарханидов.

После взятия Астрахани войсками Ивана Грозного в 1556 году, потомок Чингис-хана через его сына Джучи и внука Тукай-Тимура - Яр Мухаммед-хан бежал в Бухару к шибаниду Абдулла-хану II. Его сын Джани Мухаммед-хан женился на сестре последнего. Он и стал основателем бухарской династии Джанидов или Аштарханидов. В истории он известен также под именем Джанибек султан. Поэтому существует второе название династии джанидов. В исследованиях также используют третье название династии Тукайтимуридов, по имени их предка чингизида Тукай-Тимура. После гибели большинства мужских представителей Шейбанидов, знать предложила Джани Мухаммад-султану занять бухарский престол. Однако он отказался в пользу своего сына Дин Мухаммад — султана. Последний погиб в битве с сефевидами. В результате на престол взошел другой внук Джани Мухаммад султана Баки Мухаммад.

Период после смерти шейбанида Абдулла-хана II (1557—1598) характеризуется политической дестабилизацией Бухарского ханства. Воспользовавшись этой ситуацией в страну с юга вторглись войска сефевидского Ирана во главе с шахом Аббас I Великий. А с востока вторглись войска казахского хана Тауекель-хана. В этой тяжелой обстановке себя проявили представители династии Аштарханидов.

В 1599 году правителем Бухарского ханства стал последний шейбанид Пирмухаммед-хан II (1599—1601). Сын Дин Мухаммад султана — Баки Мухаммад сыграл решительную роль в отражении похода казахского Тауекель-хана на Бухару и Самарканд, за что был назначен губернатором Самарканда (1599—1601).

В 1601 году Баки Мухаммад разгромил потерявшего авторитет Пирмухаммада 2 и взошел на бухарский престол. Он стал реальным основателем новой династии Джанидов или Аштарханидов в Бухарском ханстве (1601—1756).

В 1602 году Баки Мухаммад-хан отстоял независимость Бухарского ханства нанеся поражение войскам сефевидского шаха Аббаса в битве при Балхе.

Баки Мухаммад-хан несмотря на свое недолгое правление, провел административную, налоговую и военную реформы в стране, что способствовало её дальнейшему развитию. Он выпускал монеты с надписью Боки Мухаммад Баходирхон и именами первых четырех халифов.

Баки Мухаммад-хан скончался в 1605 году в Бухаре. Его преемником стал брат Вали Мухаммад (1605—1611).

1605-1611 Вали Мухаммад-хан — второй хан Бухарского ханства из узбекской династии джанидов – Аштарханидов.

Вали Мухаммад взошёл на престол после смерти своего брата Баки Мухаммад-хана.

Недипломатичная политика, проводимая Вали Мухаммад-ханом, вызвала недовольство узбекских племен, которые свергли его и посадили на престол его племянника (сына его старшего брата Дин Мухаммада) Имам-кули (1611—1642).

В политической борьбе Вали Мухаммад-хана поддержали Сефевиды во главе с шахом Аббасом, однако в 1611 году в решающем сражении под Самаркандом иранские войска были разгромлены Имамкули-ханом, союзником которого стали казахские войска.