Рено умер в 1057 году, пережив императора Генриха на год. Графство унаследовал его сын, Гильом I Великий.

Гильом I Великий (ок. 1024 — 12 ноября 1087 года) был одним из самых значительных графов в истории Бургундии. Первые годы его правления прошли в борьбе с младшим братом Ги (ум. в 1069 году), графом Вернона и Бриона. Ги после смерти герцога Нормандии Роберта I, предъявлял, вследствие незаконности рождения Вильгельма, свои права на нормандский престол. Но его борьба закончилась неудачей, после чего Ги выступил против старшего брата за Бургундию. Только после смерти Ги в 1069 году война прекратилась.

Укреплению положения Гильома способствовало малолетство императора Генриха IV, регентшей при котором была его мать, Агнесса де Пуатье, двоюродная сестра Гильома. Кроме того, в 1066 году умер архиепископ Безансона Гуго I де Сален, который был сторонником подчинения Бургундии империи.

В рождество 1076 года Гильом I встречал императора Генрих IV, отлученного папой римским Григорием VII от церкви, в Безансоне, когда тот направлялся в Италию. В 1078 году Гильом получил в управление графство Макон, правитель которого, граф Ги II де Макон (ум. в 1109 году) постригся монахом в монастырь Клюни.

В 1085 году умер архиепископ Безансона Гуго II. Гильому I удалось добиться избрания новым архиепископом своего сына Гуго III (ок. 1067 — 13 сентября 1101 года), подчинив своему влиянию церковную власть в графстве. Ещё один сын, Ги (ок. 1064 — 12 декабря 1124 года) — будущий папа римский Каликст II, стал архиепископом Вьенна.

Гильом I имел многочисленное потомство. После его смерти графство Бургундия унаследовал его второй сын Рено II (ок. 1056—1097 годы). Графство Макон оказалось в совместном владении Рено II и его младшего брата Этьена I Храброго (ок. 1057 — 27 мая 1102 года). А Раймонд (ок. 1059 — 24 мая 1107 года) женился на Урраке, королеве Кастилии и Леона с 1109 года, став родоначальником Бургундской королевской династии Кастилии и Леона.

Из дочерей, Сибилла (ок. 1065 — после 1103 года) вышла замуж за герцога Бургундии Эда I Борреля (ок. 1058 — 23 марта 1103 года), Гизелла (ок. 1070 — после 1133 года) — за графа Морьенна Гумберта II Савойского (1070 — 14 октября 1103 года), Ирментруда (ок. 1058 — после 8 марта 1105 года) — за графа Бар-ле-Дюк, Монбельяра и Пфирта Тьерри I (1045—1105 годы), а Клеменция (ок. 1071 — ок. 1133 года) сначала за графа Фландрии Роберта II (1065 — 5 октября 1111 года), а после его смерти за графа Лувена Жоффруа (Готфрида) I Бородатого (1060—1139).

Граф Рено II посредством брака ещё больше увеличил свои владения, женившись на наследнице графства Олтинген. Рено II умер в 1097 году во время 1-го крестового похода, в котором принимали участие также его братья Этьен I, унаследовавшего титул графа Бургундии, а также Гуго III, архиепископ Безансона. Они также умерли в Палестине, что значительно ослабило позиции рода в Германии.

Правление сына Рено Гильома II Немецкого (убит после 3 января 1125 года), получившего свое прозвище или из-за происхождения матери (его воспитывал дед по материнской линии), или из-за брака на немке (его жена Агнес была дочерью герцога Бертольда II фон Церинген), продолжалось до 1125 года, когда он был убит в результате заговора баронов, когда попытался захватить графство Вале.

Его малолетний сын Гильом III Дитя (ок. 1110—1127 год) был убит баронами в феврале 1127 года, после чего на графство предъявили права сын Этьена I Рено III (ок. 1090—22 января 1148 года), а также Конрад фон Церинген, родственник Гильома III со стороны матери. Победителем вышел Рено III.

Став графом Бургундии, Рено отказался признавать своим сюзереном императора Лотаря Суплинбургского. Рено обосновывал это тем, что Лотарь не являлся потомком королей Бургундии и, следовательно, не имел прав на графство. Рено перенес свою резиденцию в Доль, который стал столицей графства.

Независимым графство оставалось недолго. Новый германский король Конрад III (из династии Гогенштауфенов), выбранный в 1138 году, объявил о том, что конфискует владения Рено III и передает их Конраду фон Церингену. В разгоревшейся войне Конрад смог захватить Рено в плен и доставить его к императору. В результате Рено был вынужден подчинится императору, но при этом лишился части своих владений на востоке Юры, а Конрад получил титул «ректор Бургундии».

После смерти Рено III в 1148 году графство унаследовала его малолетняя дочь Беатрис I (ок. 1145—15 ноября 1184 года). Её опекуном и регентом графства стал младший брат Рено, граф Макона Гильом III (ок. 1095 — 27 сентября 1155 года) (в Бургундии он носил имя Гильом IV). Он попытался присвоить себе титул графа, заточив свою племянницу, но на защиту её прав выступил Конрад, отправивший освободить её герцога Бертольда IV фон Церингена.

После смерти Гильома III император выдал Беатрис за своего племянника Фридриха Барбароссу, благодаря чему графство Бургундия перешло в дом Гогенштауфенов. Сыновья Гильома, граф Макона и Вьенна Жерар I (ок. 1125—15 сентября 1184 года), и граф Осона Этьен II (ок. 1122—21 июля 1173 года), были исключены из списка наследников графства Бургундия, хотя и сохранили влияние в регионе.