Последний эмир Бухары, Сейид Алим-хан управлял до прихода в Бухару большевиков 30 августа 1920 года, после чего бежал в Афганистан.

Главой государства являлся эмир (перс. امیر‎), обладавший неограниченной властью над своими подданными. Государственными делами управлял кушбеги (тюрк. قوشبیگی), своего рода премьер-министр. Весь правящий класс Бухарского эмирата делился на правительственных должностных лиц светского звания — амалдаров (перс. عملدار‎) и духовных — улама (перс. ﻋﻠﻤﺎ‎). К последним причисляли ученых — теологов, законоведов, преподавателей медресе и пр. Светские лица получали чины от эмира или хана (монг. خان), а духовные возводились в то или иное звание или сан. Светских чинов было пятнадцать, а духовных — четыре.

В административном отношении Бухарский эмират в начале XX в. делился на 23 бекства (перс. بیکیﮔرى‎) и 9 туманов (монг. تومان). До последней четверти XIX в. Каратегин и Дарваз были независимыми шахствами, управлявшимися местными правителями — шахами (перс. ﺷﺎه‎). В Каратегине в рассматриваемый период насчитывалось пять амлякдарств (перс. املاک داری‎), в Дарвазе — семь. Аннексировав Каратегин и Дарваз, Бухарский эмират преобразовал их в бекства (перс. بیکیﮔرى‎), которые управлялись назначенными Бухарой чиновниками — беками (тюрк. بیک). Бекам, в свою очередь подчинялись диванбеги (тюрк. دیوان بیگی), ясаулбаши (тюрк. یساولباشی), курбаши (тюрк. قورباشی), кази (араб. قاضی‎‎) и раис (араб. رئیس‎‎).

Большинство населения составляло податное сословие — фукара (араб. فقرا‎‎). Правящий класс был представлен земельно-феодальной знатью, группировавшейся вокруг местного правителя. Этот класс при местных правителях назывался саркарда (перс. سرکرده‎) или навкар (монг. نوکر), а в период бухарского владычества — сипахи (перс. سپاهی‎) или амалдар (перс. عملدار‎). Помимо двух указанных классов (богатые и бедные), существовала многочисленная социальная прослойка, освобождавшаяся от налогов и повинностей: муллы, мударрисы, имамы, мирза и др.

Каждое бекство делилось на несколько мелких административных единиц — амляк (араб. املاک‎‎) и мирхазар (перс. میرهزار‎), во главе которых стояли соответственно амлякдары (перс. املاک دار‎) и мирхазары (перс. میرهزار‎). Низшим чином сельской администрации являлся арбаб (араб. ارباب‎‎ — староста), обычно один на каждую деревню.

На Западном Памире имелось четыре шахства. Каждое шахство делилось на административные единицы, называвшиеся сада (перс. صده‎ — сотня) или панджа (перс. پنجه‎ — пятерка). Шугнан и Рушан делились на шесть сада каждый. Во главе каждой сада или панджа стоял аксакал (тюрк. آقسقال — старейшина), а в более мелких административных единицах — арбаб или мирдех (перс. میرده‎). Все население верховьев Пянджа делилось в сословном отношении на две главные категории: правящий класс и податное сословие, называемое раийат (араб. رعیت‎‎) или фукара. Следующей, более низкой категорией правящего класса было служилое сословие — навкар или чакар, которые выбирались и назначались миром или шахом из людей, обладавших военными и административными способностями.

С водворением в Бухаре династии Мангыт, отношения России с этой страной сделались довольно частыми (в особенности при Насрулла-хане).

В 1820 было отправлено в Бухару русское дипломатическое посольство под начальством Негри; принимавшие в нём участие офицеры генерального штаба и в особенности натуралисты Эверсман и Пандер значительно расширили наши сведения о Бухаре.

В 1834 году ориенталист Демезон прошёл из Оренбурга в Бухарское ханство и обратно, а в следующем 1835 году туда ездил политический агент Ян Виткевич, с целью добиться освобождения русских пленных. В 1841, когда аванпосты англичан, воевавших с Афганистаном, приблизились к левому берегу Аму-Дарьи, из России, по приглашению бухарского эмира, была отправлена в Бухару политико-научная миссия, состоявшая из начальника её, горного инженера Бутенева, ориенталиста Ханыкова, натуралиста Лемана и др. Миссия эта, известная под названием Бухарской экспедиции 1841, в политическом отношении не достигла никаких результатов; зато члены её издали много весьма ценных естественно-исторических и географических работ о Бухаре, между которыми особенно выдается «Описание Бухарского ханства» Н. Ханыкова, не потерявшее научного значения и до настоящего времени. Наконец, в 1859 в Бухаре был полковник Н. П. Игнатьев.

В середине 1865 года бухарский эмир Музаффар, воспользовавшись борьбой России с Кокандским ханством, вторгся во главе большого войска в Ферганскую долину. Он занял столицу ханства — Коканд и посадил на престол Худояр-хана, который неоднократно изгонялся в ходе межфеодальной борьбы. Одновременно Музаффар прислал в Ташкент посольство, которое в ультимативной форме потребовало от Черняева немедленного вывода русской администрации и военных сил. Энергичные действия эмира вызвали у царского правительства опасения, что русским отрядам в Туркестанской области угрожает совместный удар Бухары и Коканда.

В связи с ухудшением русско-бухарских отношений Черняев распорядился арестовать всех бухарских купцов на подведомственной ему территории и конфисковать их товары. Он ходатайствовал перед Крыжановским о проведении подобных репрессий в Оренбургском крае и на всей территории Российской империи. В Оренбургском генерал-губернаторстве последовали примеру Черняева. При этом, однако, был нанесен серьёзный удар не только бухарским торговцам, но и тесно связанным с ними русским предпринимателям, что породило большое беспокойство правящих кругов России. Горчаков заявил, что Россия не может отступить в Средней Азии, «преклониться перед эмиром», ибо от этого зависит «наше влияние в. Средней Азии», но тем не менее назвал арест бухарских купцов и конфискацию их товаров «дикой мерой». В Петербурге эти действия были признаны вредными, «чрезмерными и опасными».

Однако в отношении Бухары было решено придерживаться твердой позиции: не давать повода к столкновениям, но и не избегать при необходимости активных действий. Милютин, как и Горчаков, подчеркивал, что вся «будущность» политики России в Средней Азии зависит от того положения, в какое царское правительство поставит себя по отношению к Бухаре.

Вскоре Крыжановский был вынужден изменить занятую позицию. Оренбургское купечество, игравшее важную роль в среднеазиатской торговле, обратилось к нему с заявлением, что Нижегородская ярмарка ожидает представителей Бухары — выгодных покупателей русских товаров, а бумагопрядильные предприятия страны крайне нуждаются в хлопке из Средней Азии. Купцы просили освободить бухарских торговцев и разрешить, им отправиться на ярмарку, снять секвестр с бухарских товаров в Оренбургском крае и восстановить свободный товарообмен между Россией и Бухарой.

В связи с этим Крыжановский пошел на уступки. Он не разрешил бухарским купцам вернуться в ханство, но позволил им под наблюдением специально созданных в Оренбурге и Троицке комиссий по бухарским делам отправиться со своими товарами на ярмарку. Это «послабление» Крыжановский обосновывал интересами «русской торговли и фабричной промышленности и возможного предоставления средств нашему купечеству продолжать выгодные для России торговые операции с Бухарой».

Октября 1865 года Комитет министров заслушал сообщение министра финансов о состоянии русско-бухарской торговли в связи с карательными мерами, принятыми оренбургскими властями, и предложил Крыжановскому при первой возможности полностью отменить репрессии против купцов Бухары. Бухарским торговцам было объявлено, что царское правительство стремится к максимальному развитию торговых отношений со Средней Азией и что «меры строгости» были вызваны лишь враждебными действиями эмира. В то же время Комитет министров обязывал соответствующие органы приложить все усилия к расширению среднеазиатской торговли и к ограждению прав среднеазиатских купцов и не прибегать к каким-либо чрезвычайным мерам без санкции центрального правительства.