Модульный теория фаги эволюции

Выравнивания среднего и позднего фаги гены P482, sk1 и bIL170 (рис. 27)

показывает в широких областях сходства Последовательности между 90 и 100%. Независимо от

их последовательность имеет геном всех подогнанный dsDNA-фаги очень похожие топологии

на (Brüssow и Desiere, 2001b). При этом Сходство не ограничивается только

Бактериофаги молочнокислых бактерий как sk1 из L. lactis и 21 или Sfi Sfi от 11

Streptococcus thermophilus, но можно также на примере E. coli -фаги λ и

HK97, Streptomyces -фаги φC31 или микобактерий -L5 и фаги TM4

продемонстрировать. Brüssow и Desiere (2001) поэтому говорить о "λ-Supergroup"

внутри Siphoviridae. Основываясь на Работах Lucchini et al. (1999) и

Brüssow et al. (2001) можно в конце области фаги гены P482 в 5

Последовательность разделов: (1) ДНК-упаковка - ORFs 1и 2; (2) головка морфогенеза

- ORFs 3-6; (3) соединение между головой и хвостом - ORFs 7-10; (4) хвост

Морфогенез - ORFs 11 - 20; (5) лизиса - ORFs 21 и 22. Модули 1, 2, 3 и 5 способов

Последовательность сходства между 80 и 100% для других Lactococcus -фаги 936

Вида на. Только в области хвоста морфогенеза которые отличаются

Фаги. С одной стороны, последовательность отдельных ORFs больше не сохраняет так, с другой стороны

возникают ионы на INSERT. P482 дополнительно содержит ORF 11, также из bIL170, bIL41, Tuc2009,

TP901-1 и r1t известно, и ORF 13, в которой нет сходства в Последовательности

Шаблоны баз данных. Может быть изменена или расширена за счет новых белков

Области хвоста морфогенеза и инъекции mechanismuses хозяина спектр

в фаги P482. На примере E. coli -фаги К1-5, в хвост морфогенеза-

Регион содержит один из φK5 и один из φK1E известный Ген, показали, что

этот новый изолированный фага, способного, как E. coli K1, а также E. coli K5 клеток

на зараженных, в то время как хозяин спектр фаги, только один из двух генов содержат

один штамм бактерий Scholl et al ограничено (., 2001). Горизонтальный перенос генов был

Page 128

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

также при замене хвост fiber генов между различными Enterobacteriaceae -

Фаги наблюдается (Хаггард-Ljungquist et al., 1992; песок Мейер, 1994).

После Modular-теория фаги эволюции ДНК-последовательности фаги состоит из

Модулей, их гены образуют функциональный блок (Botstein, 1980). Геномы

всех подогнанных dsDNA-фаги являются мозаики из блоков общей

генетические пулы состоят (Hendrix et al., 1999). Через Heteroduplex-Mapping

было показано, что модули с гомологичных функций между фаги один

Перекресток семье могут быть обменены (Casjens et al., 1992). Эти ДНК-сегменты

необходимо иметь при этом никакой последовательности сходство. Разнообразие возникает фаги

главным образом путем вставки, делеции или замены ДНК-разделах и только

слишком низкий процент за счет точечных мутаций (Lucchini et al., ICRP, 1999a).

Фаги геномы, следовательно, подлежат вертикальной и горизонтальной эволюции (Koonin et al.,

2000).

Еще больше, чем в позднем регионе фаги стенограммы, где у P482 двух вставок

наличии, модульный характер фаги генома в области раннего

Фаги генов значительно. Здесь 4 ДНК-сегментов отличаются. Во время первой

ORF (ORF 51 в P482, ORF 50 в sk1 и ORF Е1 в bIL170) рано еще Transkripts

Последовательность имеет сходства между 80 и 100%, следует во всех 3 фаги область

с 3 по 5 для каждого фаги характерные ORFs (ORFs 50-47 в P482, ORFs

49-45 в sk1 и ORFs Е2-Е4 в bIL170). Которые ORFs 47, 48 и 50 от P482 не имеют

или очень мало сходства Последовательности с другими записями в базе данных.

Только последовательность ORF из 49 P482 на 100% совпадает с ORF Е2 из bIL170,

эта функция ORFs неизвестна.

В sk1 "Origin of Replication находится" в этот первый модуль на ВР 440

длинные "Intergenic Region" между ORFs 47 и 48 (Chandry et al., 1997). Через

Последовательность сравнении с sk1 могла Origin на последовательность P482 не гипотетические "of

Replication" быть идентифицированы. Как Alignment ранних генов фаги P482, sk1

и bIL170 (рис. 26) показывает, возникают в этой области никакого Сходства к другим

Фаги 936 вида на. Сравнение "Origin of Replication"-последовательностей sk1

с соответствующими последовательности Lactococcus -фаги c2 (c2-вида), r1t и φ50

(оба P335 видов) также показывает отсутствие значимого Сходства (Hill et al., 1990; van

Sinderen et al., 1996; Waterfield et al., 1996). Все эти Origins содержат "Direct Повторов",

но отличаются по размеру, расположению и частоте повторений Последовательности

или в общую длину Origin-последовательности.

Page 129

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Второй гипотетический модуль (P482: ORFs 46-38, sk1: ORFs 44-32, bIL170: ORFs E5

E15) включает как минимум 9 из P482 известных ORFs, сохраняя их viertheit градусов

между 50 и 100%. В sk1 и bIL170 2 вставок, расположенных между 41 и ORF

42. между ORF 43 и 44. Гены это ДНК-сегмента мог еще до сих пор

нет функции подключить.

Аналогично модуль 1 он, скорее всего,в модуле 3 (P482: ORFs 37-31, sk1: ORFs 31-28

bIL170: E16-E22) между фаги перекрестке группу взаимозаменяемых

ДНК-раздел без Сходства на уровне Последовательности действий. Гипотетические белки

отличаются молекулярным весом, в их свойствах и аминокислот

относительно их изоэлектрической точки.

В последнем модуле (P482: ORFs 30-23, sk1: ORFs 27-21, bIL170: E23-E37) раннего

Фаги последовательность генов сходство во всех фаги существующих 7 генов находится на 70-

100%. При P482 происходят в одном месте, у bIL170 ионов в 3 Местах на INSERT.

Для других waisted dsDNA-фаги неоднократно постулировал Модульной теории можно так

также с помощью 3 полной последовательности Lactococcus -фаги наглядно представлять.

В то время как средние и поздние гены регулируются главным образом вертикальной эволюции

и меньший порядковый иметь различия, в области ранних генов все

Последовательность модулей заменить.