Фаги вида в стартовых культур и бродильной пробы

Те фаги 936 вида не попасть через Пуск а через культуру

Источники загрязнения в области производства оборудования в ферментации (рис. 18).

Низкие остаточные количества в пределах трубопроводной системы или обмен с воздухом помещения

на вверх открытой Labtanks вполне достаточно для того, чтобы уже после 4 часов брожения времени

есть фаги титр 108-109 Для достижения Pfu/мл.

Во время одногодичных полевых исследований о фаги нагрузки в ферментерах, в

Производство кефира были использованы, могли в 23 Штатах США 27

различные фаги на основе ДНК-Сходство, электронная микроскопия,

Размер генома, Ограничение закономерности и специфичность Хозяина Moineau et al характеризуются (.,

1996). 80% изолированных фаги принадлежали к 936-виды и чем 10% изолятов к

Виды с2 и P335. 936-фаги вида так распространена очень широко и приводит к

огромные финансовые потери.

Помимо ПЦР-банда фаги для 936 вида также ампликон показывает для с

P335-специфических видов праймеров сигнал (рис. 19). Он не возникает только при

Ферментации образцов, но и при анализе различных партий и стартовые культуры

Page 114

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Кислота будильник на аликвоты. Путем разбавления ряда фаги титр мог в

Стартовых культур 8/0 и 8/21 с ПЦР на 109 Фаги pro ml определяться. Пока 936-

Фаги попадают видимо через молоко или производственных установок в творог, будет

ДНК P335-фаги вводят через стартовые культуры ферментации.

В бляха-тест эти образцы обладают даже меньшей фаги как титр 10 Pfu/мл

на. Это несоответствие может быть вызвано тем, что в отличие от налета-тест

при ПЦР-доказательство не только живые фаги инфекционные собираться, но и

TEMP пенсии фаги, которые только под „стрессовые условия“ создает угрозу для брожения

представляют. При анализ последовательности Lactococcus lactis IL1403 были шесть различных

Prophagen в геном Бактерии идентифицированы (Болотина et al., 2001), из которых три высокие

Последовательность сходства фаги из P335-иметь вид (Chopin et al., 2001).

Является ли наличие фаги из P335 видов продукции технически актуален, остается

ждать. Возможно, это частичный лизис Lactococcus штаммов для продукта

не только безвреден, но даже необходим, чтобы протеаз, вкусовые и пахучие вещества

освободить и обеспечить продукта типичные Текстуры (см. 4.2.2 и Gasson, 1996a;

O'Sullivan et al., 2000).

От E. coli известно, что lambdoide фаги взаимное суперинфекции иммунитет

вызывают. Иммунитет против инфекции еще был фаги также для ORF 203

Streptococcus thermophilus -фаги φSfi21 описали высокую гомологию к ORF

258 из Lactococcus -фаги BK5-T имеет (Bruttin et al., 1997). Может защитить

в начало существующей культуры Prophagen культура племен недалеко от родственников

вирулентные представителями P335 видов, и таким образом избегают окисление во время простоя

Брожения.

Несмотря на обстоятельства в стартовом культуры Probat 8/0 брожений и их имеют

Фаги исследования последних лет показали, что фаги из P335-растущий вид

Угрозу для молочной промышленности представляют (Moineau et al., 1993b; Moineau et al., 1994).

Те фаги вида с2 доказано до сих пор ни в одном из исследованных нами образцов

будет. Как канадская поле исследования показывают, они установили в 1992 году, представляет угрозу для

Сыроварен dar, в которых также Lactococcus -Закваски для производства сливочного сыра и

Кварк, вступили в действие. Здесь 57% обследованных фаги c2 смогли одновидовой

сопоставляются, 37% принадлежали к 936 видов и 7% в P335 видов (Moineau et al.,

1992).

Page 115

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

4.4. Сравнительный геномный анализ на примере фаги P482

Методические аспекты при определении нуклеотидной последовательности, cos

Сайт и зачетно

Нуклеотидов последовательности фаги P482

Полная последовательность фаги P482 включает 30945 bp двуцепочечной ДНК, через

сочетание "Shotgun"-клонирование и "Chromosome Walking" был определен.

Из Рис. 25 видно, что для Shotgun-клонирования использовали

Рестрикционных ферментов отрезать фаги ДНК только очень нерегулярно. Например, лежит

в 9000 bp комплексной Последовательности участок между 13 и 22 kb не единственный интерфейс

для Sau3A. Возможно, это на селективное давление, которое lla II, lla A I и

lla KR2I закодированных фаги осуществлять защитные механизмы, отнести (Moineau et al.,

1995a; Nyengaard et al., 1993; Туми et al., 1998). Эти рестрикционных ферментов из L. lactis

признать тот же целевой последовательности, как Sau3A. Фаги в которых мало этого

Интерфейсы ограничения падение будет хватать. Оставшиеся GATC-интерфейсы

могли бы в ORF 32 выявленных ДЭМ -подобных Methylase и, таким образом, модифицируется

также быть труднодоступными. Метил грунтовки такого типа часто вызывают методическое

Трудности при использовании Restriktionsendonukleasen (Минько et al., 2001).

Для каждого ДНК-раздел 3,8 независимых реакций Секвенирования представлены на среднем уровне.

В случае c2 для видов, принадлежащих фаги bIL67 составила средняя избыточность

в sequencing 6,2 операции (Schouler et al., 1994). Поскольку в широких участках

Фаги последовательности генома тождества другие фаги 936 вида между 80 и

100% есть (Chandry et al., 1997; Crutz-Le Coq et al., 2002), который может P482 последовательности

резервное копирование будет рассмотрено.

В двух независимо последовательного клонирования (Plasmidlück600 и P12-45.11nest2) лежали

Последовательность разделов, которые из консервированной областях происходят до и после ORF 11,

подряд. Методом ПЦР-амплификации показали, что два Lysat

Варианты фаги P482 содержит (рис. 20). В отличие от полной последовательности

Фаги P482, которая включает 30945 bp, владеет P482∆ORF11 один 28910 долгое ВР

Нуклеотидная последовательность является deletiert в Genabschnitt от ORFs 11. Чтобы Вставить бы

свободный вариант P482 фаги по sk1 и F4-1 подобный (Chandry et al., 1997; Chung et

al., 1991), в то время как последовательности ORF 11 содержит большее Сходство с bIL170 и

bIL41 имеет (Crutz-Le Coq et al., 2002; Паррейра et al., 1996b). В IGR до и после

ORF 11 были прямой последовательности повторений локализуется на возможного

Page 116

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Сигнальный характер структуры этих разделов указывать (см. 3.5.2.4 и рис. 24). Дополнительные

Особенности строения как Inverted Повторов, выводы о Рекомбинации или

Транс-положение события в ORF 11 разрешить, не были определены.

Наличие фаги генов устойчивости к проходит через селективное давление

Рекомбинация производными от фаги из P335 видов. На примере было показано φ31

быть, что после заражения штаммами, которые Плазмида резистентности с механизмом

per31 носить, новые варианты φ31 произойти (Dinsmore и Klaenhammer, 1994;

O'Sullivan et al., 1993). Генетическая характеристика четырех φ31-потомкам

показал, что помимо замены "Origin of Replication"в регионе новые гены

возникнуть Сходства к E. coli "Holliday Junction"-Resolvase или Русь

Рекомбинация белка СТАВКУ фаги λ иметь (Durmaz и Klaenhammer, 2000). В

Происхождение этих вновь приобретенных фрагментов ДНК в хромосому хозяина племени, скорее всего

NCK203. TEMP пенсии фаги из P335 видов или их остатки на

Бактерий хромосомы могут как цель точно поменяю путем гомологичной рекомбинации

служить (Quiberoni et al., 2001).

Один процесс Рекомбинации между P335-фаги ul36 и хромосоме хозяина

наблюдалось также под селективным давлением от AbiC (Moineau et al., 1994). Недавно

возникшие фага ul37 имеет более длинные последовательности ДНК и отличается относительно

Базовая пластина и хвост морфология (Бушар и Moineau, 2000). Как в P482

геном изменения происходили так в области позднего фаги гены. В Отличие От

к P335-виды, как литическая как и TEMP пенсионные чиновники, как известно,

до сих пор только литические фаги 936 видов были определены. В случае P482

можно за счет гомологичной рекомбинации с хромосомой Бактерии только гены фаги

других видов рекламируются в P482-геном. Кроме ORF 11 это предположение встречает

также на P482-специфические ORFs 13, 31, 37, 47 и 50. На ORFs 16, 24, 38, 40, 41,

43 и 46 способы помимо Сходства sk1 и bIL170 также родство с генами

из P335 - или с2-видов или генов от других бактерий фаги, например

Streptococcus thermophilus. Эта находка поддерживает Modular-одна теория

общим для бассеинами гена фаг одном и том же перекрестке группы (см. 4.4.3)

Page 117

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Транскрипция фаги гены

Из-за большого Сходства последовательностей ДНК фаги от 936 вид стал

ДНК фаги P482 аналог в три хронологически отдельные транскрипционные единицы разделены.

Как на примере фаги sk1 демонстрирует, происходят ранние, средние и поздние

Фаги стенограммы (Beresford et al., 1993; Chandry et al., 1994a). Транскрипции

первые фаги гены, необходимые для репликации, рекомбинации и транскрипции ответственность

являются, инициируется sk1 через семь промоутеров (Chandry et al., 1997). Также в

Lactococcus -фаги не для 936-вид будет принадлежать ранней транскрипции

Фаги генов регулируется через несколько промоутеров и termina ворот. Так шесть были в с2

Промоутеры определены (лубберса et al., 1995). На ДНК-последовательность фаги P482

могут быть определены в области раннего фаги 6 генов потенциальных промоутеров

(Табл. 24). Высокая сохраненная viertheit из областей, в которых промоутеры PE28PE37PE43,

PE51 лежать, заставляет предположить, что это не только в sk1 но и в функциональной P482

. PE35 и PE47 мудрецы, правда, для L. lactis характерных последовательностей в ДБО,

-10 - и -35-регион, являются ли эти потенциальные промоторы но фактически отправной точкой для

транскрипции ранних фаги гены представляют, можно только экспериментально, например

Northern Blotting будут уточнены.

При условии, что с помощью компьютерного анализа полученных termina ворот "in vivo"

активность РНК-полимеразы остановить, после остается необъясненным, как Пуск Транскрипции

терминатор т3 перед ORF 49 происходит. В Lactococcus -фаги bIL67 были в начале

и в конце стенограммы промоутеров определены, которые имеют "extended-10-бокс"

(TATGCTATAAT и TTTTTGATATATT), где -35-не хватает последовательности (лубберса

et al., 1995). Промоутеры этого типа (A/TntnTGa/tTATAAT, -35-Box не хватает) и из E.

coli известны и позволяют σ70

инициируется транскрипция (TGTTTAAAT)

(TGNTAAT) (Keilty и Розенберг, 1987). Через "extended -10"промоутер инициировал

Транскрипция является столь же эффективным, как и обычное посвящение через σ70, но предлагает

Преимущество целенаправленной регуляции через активатор-белки (Kumar et al., 1993). Bidnenko et

al. (1995) смогли продемонстрировать на примере фаги bIL66, что этот механизм также в

Lactococcus работает (Bidnenko et al., 1995) (см. также Anba et al., 1995).

Через терминатор 2 который останавливается у промоутеров PE47 и PE43 инициатором по транскрипции

ORF 38 (23276 - 23309 ВР). -35-регион следующего промоутера PE37 в находится

Loop терминатора. Поскольку эта последовательность терминатора с промотор-последовательность

PE37 перекрывает, может Termination же как в фаг λ работая анти-

необходимо, чтобы вторичная структура терминаторов распустить -35 и -10-

Page 118

4. Обсуждение

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Чтобы сделать регион промоутера доступным. Возможно гена ставит

ORFs 51 до 38 полном аналоге λ-Белка N dar, остановка РНК-полимеразы в

Terminator T2 мешает. Гены фаги P482 будет ранняя в этом случае также (ORFs

51 до 38) и с опозданием ранние гены (ORFs 37 до 23) могут быть разделены.

Транскрипция средней фаги генов осуществляется от пM52 и заканчивается терминатор т4

перед потенциальным cos -Сайта (рис. 25). У всех фаги, последовательность сходство P482

показывать, - это фаги у которых механизм Упаковка фаги-

ДНК от cos -Сайта зависит. На cos -Сайт молочнокислых бактерий-фаги состоит из

9 до 15 нуклеотидов длиной, 3‘-распирающая, односпальные strängigen ДНК-раздел с

комплементарных знаний последовательности (Brüssow, 2001a). В фаг λ, которые возникают cohesiven

Концы через Terminase, в упаковке фаги-ДНК в пустые головы

их осуществление. На примере sk1 могло быть показано, что cos -Сайта из 11 ВР

длинный 3'-Навес состоит (Chandry et al., 1994b). В базах еще 7 стоят

Последовательностей, доступных в этом диапазоне идентичные нуклеотидные последовательности P482

показывать, и все для 936-виды L. lactis -фаги относятся (bIL170, p008 СИД, bIL41, F4-

1, phivi, bIL66 и 712). В cos -Сайт фланговые IGR между средними и

конце фаги генов многочисленные прямые и косвенные последовательности повторы были

локализуется (рис. 22). Для sk1 и 712 было показано, что эти элементы частью

Сигнал структуры, устойчивости или чувствительности по отношению к ген Фаг abiF

передал (промывка IT OFF et al., 2000). Как Рис. 22 показывает, при отсутствии фаги некоторые P482

Последовательность разделов, которые за счет abiF опосредованной резистентности были бы необходимыми. Таким образом, он играет

не имеет значения, что этот Ген не включен в стартовый культуры.