Фаги нагрузки в бродильной пробы

Те фаги ферментации титр образцы были сразу после отбора проб через

BAfM определена. При этом вид был принадлежностью в образцах

содержащиеся фаги однако не учитывает. Методом ПЦР-анализа образцов,

во время Labtank брожения с обычным скисанием или неправильной ферментации

взяты были, могли, чтобы взял любой момент Образец фаги вида 936

быть доказано. Поскольку интенсивность ПЦР-банды при первых образцов

Брожений был слабее, чем последующие, был путем разбавления серия

есть фаги титр 104 Pfu/мл определена. В следующий момент образец взял после 4

Часы фаги титр уже составляла около 108-109 Pfu/мл. Эти значения совпадают с

Результаты BAfM Конвенции. В кислоте образцы будильник ни с двумя 936 смогли-

заказ еще с двумя P482-специфическими парами Праймеров фаги 936 вида

P936all_X2nest, M936_X1, P482c18_Xout и P482c9_Xout) идентифицируются (.

ПЦР-анализ с праймерами, которые понимают фаги вида P335, получилось для всех

Кислота будильник и Labtank-образцы положительного результата. Выявленная фаги с титром лежал

104-105 Фаги/мл, но на нижнюю границу traceability, а также принял во

брожения не.

4А

A

B

Page 77

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Последовательность анализа фаги P482

Нуклеотидные последовательности фаги P482

Последовательность от BAfM изолированных фаги P482 был на 59% через ружье

Метод определения. Для этого 47 клонов с геном были разборчивее ДНК, с Sau3A или Taq I

вырезать, векторы pZero или pBluescript и клонировали в E. coli трансформируют

были секвенированы. Последовательности были в 15 Contigs частично с 4-6 КБ длина

вместе с тем обобщенно. Сравнение это в общей сложности 17,4 КБ длинной последовательности с

Баз данных выявило высокое Сходство с двумя другими фаги 936 вида

полное шаблонов и последовательностей позволило примерное расположение Contigs. Которые

между Contigs противоположной последовательности ДНК были "Primer Walking" на

Фаги ДНК определяет.

Последовательность линейного генома фага от P482 включает 30945 bp двуцепочечной ДНК

и будет от 12 bp длинными cos -Сайт 5'-GCACAAAGGACT-3' подставил. Последовательность

у всех 8 на данный момент последовательного фаги 936 вида идентичны. (Chandry et

al., 1994b). Средняя Coverage для всей последовательности

Фаги генома betrugt 3,8. Каждая база положение секвенировали минимум в 2 раза. В

A+T-оклад фаги последовательности составила 65,2% чуть выше, чем в Low-GC

Грам-положительные микроорганизмы подсчитываемые хозяина бактерий L. lactis, 62,7% из

Аденин и тимин (Kilpper-Bälz et al., 1982). Он соответствует, следовательно, A+T-оклад

в Lactococcus -фаги sk1, с 65,5% был определен (Chandry et al., 1997).

При нынешнем уровне данного проекта Секвенирования есть 3 зон площадью 43

Ambiguities, которые не могут быть разрешены на данный момент. Исходя из общей

Фаги геном соответствует долей 0,1%.

Область

Количество

в

Ambig.

Данная

Последовательность нумерации

ORF

Степень

Сохраненная viertheit

5750-5919

3-кратное (3 клонов, 2 Идент. 1

по-разному)

ORF 7 & 8 ORF

т. е. очень sk1, консервированные,

bIL170 и bIL41 Идент.

16719-16963 13

5-кратное (3 ПЦР-Fragm. с

Ambig, 2 Идент. Клоны

без Ambig.)

ORF 20

переменный области

в течение одного

залуживали ORFs

18932-19441 14

2 раза (2 ПЦР-Fragm.)

ORF 25 консервируются ORF & 26 очень, т. е. sk1

и bIL170 Идент.

Page 78

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

У обоих залуживали Ambiguity-областях знаний, обмена ограничивается в основном

на 3. База позицию. 23 из 30 Base отклонения приводят к молчащей мутации. В

Область между 16719 до 16963 bp два других мягких полной последовательности

936 видов друг от друга. В основном это Ambiguities in для P482

два варианта из sk1 и bIL170 известно. В положении 17093 например, составляет sk1

один аденин, в bIL170 является тимин и в P482 W, как для A, так и для т

может стоять.

В двух независимо последовательного клонирования (Plasmidlück600 и P12-45.11nest2) лежали

Последовательность разделов, которые из консервированной областях происходят до и после ORF 11,

подряд. Методом ПЦР-амплификации ДНК из Phagenlysat один мог 28910

bp длинный вариант фаги P482 основания указаны в 6808 до 8845

отсутствуют. Это точно совпадает с ORF 11. Чтобы одновременно существовать в обоих

Чтобы подтвердить варианты в Phagenlysat, которые были в Insert лежащих Primer Вперед

P482_Ins1 и P482_Ins2 в сочетании с позади лежащих Insert

Обратный праймер P482_R использованы в ПЦР. За счет появления двух 1400.

2174 bp длинные обвили могла подтверждает полную последовательность фаги однозначно P482

будет. ПЦР-амплификации одного 982 ВР фрагмента с до лежащего Insert

Primer P482_V и капсюлем P482_R который обеспечил убедительное доказательство, что даже

28910 bp длинный вариант в Phagenlysat присутствовала.

P482:

P482 ∆ ORF11:

Должность: 6802 6862

8829 8856

6802 6815

Расположение праймеров:

P482_V

P482_Ins1

P482_Ins2

P482_R

P482_V

P482_R

ПЦР-продукты:

2174 ВР

982 ВР

1400 ВР

Рис. 20. Доказательства P482 и P482∆ORF11 методом ПЦР-продуктов.

ORF 10

ORF 11

ORF 12

ORF 10

ORF 12

Page 79

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________