Фото из семейного архива Агафоновых

В 1928 году Агафонов поступил в Академию художеств в Ленинграде, но получить высшее художественное образование и диплом архитектора-художника ему довелось лишь в 1936 году из-за реорганизации вуза в годы Культурной революции.

К этому времени он успел окончить Ленинградский Институт коммунального строительства и полтора года поработать архитектором-проектировщиком в Нижегородском краевом проектном институте, куда попал по распределению. По окончании Академии Агафонов работал в Ленинградском институте проектирования городов (Ленигипрогор), а затем возвратился в родной город, переименованный в Горький.

Здесь он работал в Горпроекте, занимаясь проектированием городских площадей и кварталов новой застройки, монументальной лестницы на Волжском откосе и участвуя в разработке генерального плана города. В это время им был сделан и эскизный проект лестницы к Волге, во многом предвосхитивший знаменитую Чкаловскую лестницу (арх. В.О. Мунц, Л.В. Руднев, А.А. Яковлев, 1943–1949 гг.).

Знаменательно, что уже в этот период он отстаивал сохранение Нижегородского кремля, над которым нависла угроза уничтожения.

Древняя крепость воспринималась в 30-е годы прошлого века не как памятник истории и градостроительства, а как символ «алчного феодализма и царского самодержавия». Советским архитекторам виделось глобальное переустройство города и кремля.

По одному из проектов 1935 года (на фото) подлежала сносу часть кремля с Дмитровской башней в целях обустройства огромной площади перед Домом Советов, предназначенной для проведения митингов, демонстраций и шествий.

Работая над генеральным планом города в 1936–1937 годах, Святослав Агафонов доказывал, что сохранение ансамбля кремля придаст городу Горькому индивидуальность и характерный архитектурный силуэт. В ноябре 1938 года вместе с сотрудником художественного музея Михаилом Петровичем Званцевым он написал статью в газету «Горьковский рабочий», где предупреждал, что практика пренебрежительного отношения к древнему сооружению может закончиться катастрофой. Тогда же впервые была поднята проблема ремонта и восстановления кремля, что впоследствии стало главным делом жизни Агафонова.

В 1940 году Святослав Леонидович поступил в аспирантуру Академии архитектуры СССР – центр фундаментальной архитектурной науки. В Москве и застала его Великая Отечественная война, прервав учебу и научные исследования. Агафонов был направлен в Горький, где работал по маскировке военных объектов города и одновременно преподавал в инженерно-строительном институте.

После войны он участвовал в архитектурных конкурсах на проекты памятников героям и событиям Великой Отечественной, а также возобновил занятия в аспирантуре, активно включившись в изучение русского деревянного зодчества.

В 1946 году он возглавил научную экспедицию Академии архитектуры СССР в Костромскую область для изучения и фиксации памятников народного деревянного зодчества. Вместе с ним в экспедиции принимала участие его супруга Евгения Платоновна, инженер-строитель.

Исследователи не только обнаружили малоизвестные памятники, но и путем тщательных обмеров и зондажей получили достоверную информацию о старинной архитектуре, ее деталях. Материалы экспедиции помогли проследить преемственность между деревянным зодчеством Костромской губернии и каменными храмами Нижнего Новгорода.