Ранние герильясы – Мериленд, Виргиния и Теннеси.

После падения Форта Самтер нерегулярные бои вспыхнули по всему Югу и Пограничным штатам, сепаратистские толпы захватили федеральные и государственные арсеналы. В Мэриленде 19 апреля 1861 года толпа южан напала на 6-й Массачусетский пехотный полк, когда они пересаживались с поезда на поезд поезда в Балтиморе на своем пути на защиту Вашингтона, округ Колумбия; четыре солдата и 12 мятежников погибли, став, возможно, первыми жертвами войны. Банды сецессионистов продолжали сжигать мосты, перерезать телеграфные линии и разрушая пути на Балтиморо – Огайской железной дороге, изолируя столицу до прибытия подкреплений в конце того же месяца. Затем президент Линкольн послал войска, чтобы успокоить Мэриленд, и большинство вооруженных сецессионистов бежали в Вирджинию, чтобы присоединиться к армии Конфедерации.

Беспорядки продолжались и в других местах, а поезда с федеральными войсками в пограничных штатах часто оказывались под огнем или задерживались из-за саботажа. В суровых холмах того, что позже станет штатом Западная Вирджиния, большинство юнионистского населения оказалось изолированным от армии Союза, которая была занята защитой столицы и обеспечением безопасности Мэриленда, и юнионстские и сецессионстские отряды герильясов вступили в ожесточенный конфликт местных масштабов, который продлится всю войну. Это также произошло в юнионистском регионе из восточного Теннесси, где многие мужчины бежали в Кентукки, чтобы присоединиться к армии Союза, или остались дома, чтобы вести партизанскую войну против сецессионистов.

Самым эффективным ранним партизаном-юнионистом в Теннесси был преподобный Уильям Картер, который вместе со своим братом лейтенантом Джеймсом Картером предложил сжечь девять мостов между Бристолем, штат Вирджиния, и Стивенсоном, штат Алабама, заблокировав поставки в Вирджинию и открыв восточный Теннесси для вторжения войск Союза. 8 ноября 1861 года партизаны Картера разрушили пять мостов. Конфедерация двинула войска в восточное Теннесси, объявили военное положение и постановили, что все поджигатели мостов будут повешены. Облава на юнионистов дала тысячу пленных, хотя Уильяму Картеру удалось ускользнуть в Кентукки. Четверо человек, признанных виновными, были повешены рядом с недавно отремонтированными мостами, и машинисты замедляли ход своих поездов, чтобы пассажиры могли все хорошо рассмотреть.

Миссури.

Штат Миссури, который начал нерегулярную войну, был важным призом для обеих сторон. Миссури был больше Вирджинии и более населен, чем Джорджия, и производил больше продовольствия, чем все конфедеративные штаты, кроме трех, а Сент-Луис контролировал слияние рек Миссури и Миссисипи. Несмотря на свою репутацию, большинство миссурийцев не хотели отделяться; они хотели переговорного решения и последовательно голосовали за умеренных кандидатов. Однако канзасские джейхоки редко делали какие-либо различия (как и оккупационное правительство Союза); это вынудило многих миссурийцев поддержать Юг,тонда как на деле они предпочли бы оставаться нейтральными. Когда началась война, командование Союза в Сент-Луисе быстро изгнало сепаратистского губернатора Клейборна Фокса Джексона и его сторонников из центральной части штата. Конфедеративная армия Миссури, состоящая из различных подразделений гвардии штата и в основном невооруженных добровольцев во главе с генерал-майором Стерлингом Прайсом отступила на юго-запад Миссури.

Контроль Союза над реками и железными дорогами затруднял миссурийцам вступление в армию Прайса. В ответ Прайс послал бушвакеров в гражданской одежде, чтобы уничтожить железнодорожные мосты и телеграфные линии, прежде чем вернуться в центральную часть Миссури. Его преследовал сенатор - юнионист из Канзаса Джеймс Лейн и 1200 джейхокеров; Лейн приказал своим людям очистить Миссури от "всего нелояльного, от шанхайского петуха до даремской коровы". 23 сентября 1861 года джейхокеры напали на город Оцеола - (один из крупнейших в регионе, население в 2000 человек) - и сожгли его дотла за предполагаемую поддержку Прайса. Нехватка продовольствия и зимней одежды, а также истекающие сроки службы вынудили Прайса отступить и отпустить многих своих людей; удрученные армейской жизнью, они либо отправились домой, либо стали бушвакерами. Слишком слабый, чтобы снова двинуться на север, Прайс послал партизанских рейнджеров, чтобы осуществить набор в свою армию, а также и поощрял атаки бушвакеров. Командование Союза отслеживало передвижения вербовщиков и позволяло им собрать новобранцев в значительные группы, после чего атаковало их. В таких схватках у безоружных и необученных новобранцев было мало шансов. Бушвакеры действовали удачнее, разрушая инфраструктуру и устраивая засады на союзные патрули. Не имея возможности охранять каждую милю дорог и телеграфных линий, 22 декабря генерал-майор Генри Халлек, командующий департаментом Миссури, издал Приказ № 31, в котором говорилось, что любой, кого поймают за разрушением инфраструктуры, будет расстрелян. Ряды неустрашимых бушвакеров пополнились дезертирами и условно освобожденными пленными: дезертиры из армии Прайса обнаружили, что могут продолжать войну, не выходя из дома, а условно освобожденные пренебрегли принесенной присягой правительству юнионистского штата, которое само было установлено незаконно.

Иллюстрация из журнала Харпер Уикли изображает сочувствующего Союзу Кола Фрая и его друзей, дающих клятву сжечь мосты, жизненно важные для линий снабжения Вирджинии; Фрай работал с братьями Картер, чей план был одобрен президентом Линкольном и профинансирован на сумму 2500 долларов. В ноябре 1861 года партизаны сожгли пять мостов; в то время как Фрай лично повел более 30 человек против одного из них, внезапным нападением захватил в плен пятерых часовых Конфедерации и сжег свою цель, другие партизаны решили, что остальные три моста слишком хорошо охраняются - в одном случае 13 человек повернули назад при виде одного часового. Несмотря на эти неоднозначные результаты, рейд нанес серьезный удар по южным линиям снабжения.

Силы были Союза ответственны за начало партизанской войны в Миссури так же, как и генерал Прайс. Многие из юнионистов были родом из соседних штатов и прибыли в Миссури с убеждением, что каждый миссуриец - мятежник; они заставляли местные органы власти платить за ущерб, нанесенный железным дорогам, а если денег не поступало, они брали их у владельцев магазинов и обычных граждан. Разгневанные миссурийцы вскоре "ушли в заросли", чтобы вести партизанскую войну против оккупационной армии. Тем временем канзасские джейхокеры продолжали совершать свои набеги, грабить и убивать безнаказанно. Некоторые группы взяли с собой вооруженных афроамериканцев; еще в ноябре 1861 года, 7-й канзасский кавалерийский полк Дженнисона (называемые "Красноногими" за их отличительную обувь) - включал роту чернокожих во главе с сбежавшим рабом из Миссури. Халлек жаловался, что "Поведение войск под командованием Лейна и Дженнисона сделало для врага в этом штате больше, чем могло бы сделать 20 000 человек его собственной армии. Я почти ежедневно получаю жалобы на бесчинства, совершенные этими людьми от имени Соединенных Штатов..." (Правительство приказало джейхокерам не пересекать границу штата и освободило Дженнисона от командования, но рейды продолжались, и Дженнисон вернулся в свой отряд в 1863 году.). 13 марта 1862 года Халлек издал Приказ № 2, объявляющий, что герильясы не солдаты, а преступники и будут убиты, если их схватят. Эта беспощадная политика в свою очередь была взята на вооружение самими бушвакерами.

22 июля 1862 года союзное командование в Миссури издало приказ Приказ № 19, требующий, чтобы каждый трудоспособный мужчина вступил в ополчение "с целью уничтожения герильясов, которые наводняют наш штат." Немедленным результатом этого приказа стало то, что все боеспособное мужское население Миссури должно было определиться на какой стороне оно будет сражаться в войне. Значительное меньшинство, которое не желало сражаться за Союз, пробилось в армию Конфедерации или присоединилось к герильясам. Одним из них был молодой Фрэнк Джеймс, служивший в армии Прайса и оставленный больным во время отступления на юг. Его взяли в плен, условно-досрочно освободили, и если бы не приказ о милиции, он мог бы провести остаток войны в качестве мирного фермера. Тем не менее, большинство миссурийцев вступили в милицию, и Союз получил 52 000 солдат (хотя некоторые из них в лучшем случае были подневольными солдатами, а в худшем - информаторами Конфедерации.) Их знания местности позволили милиционерам выслеживать истинных сепаратистов; но некоторые использовали эту возможность, чтобы свести старые счеты, и, поскольку им было разрешено питаться подножным кормом,  широко распространились грабежи,  еще больше отчуждавшие и без того враждебное население.

Разочарованный в своих попытках удержать Миссури для Конфедерации, генерал-майор Стерлинг Прайс поощрялатаки герильясов на силы Союза и посылал партизанских рейнджеров набирать людей для своей армии.Он был ведущим сторонником партизанской войны на Транс-Миссисипском театре военных действий, и иррегулярные войска неоднократно сражались бок о бок с его армией.

Тюрьмы с обеих сторон, как правило, были переполнены и нездоровы, как и эта тюрьма Союза в Джефферсон-Сити, штат Миссури. Захваченным повстанцам часто давали возможность принести клятву верности и быть освобожденными, и многие делали это, чтобы избежать ужасных условий. Немногие чувствовали себя обязанными соблюдать свою клятву, но если их снова заставали с оружием в руках, то предавали смертной казни. Есть многочисленные сообщения о том, что герильясы были найдены с документами об освобождении.