Биохимия спиртового брожения: Основу технологии получения пива составляет спиртовое брожение, - при котором сахар превращается...
Индивидуальные и групповые автопоилки: для животных. Схемы и конструкции...
Топ:
Методика измерений сопротивления растеканию тока анодного заземления: Анодный заземлитель (анод) – проводник, погруженный в электролитическую среду (грунт, раствор электролита) и подключенный к положительному...
Устройство и оснащение процедурного кабинета: Решающая роль в обеспечении правильного лечения пациентов отводится процедурной медсестре...
Эволюция кровеносной системы позвоночных животных: Биологическая эволюция – необратимый процесс исторического развития живой природы...
Интересное:
Подходы к решению темы фильма: Существует три основных типа исторического фильма, имеющих между собой много общего...
Как мы говорим и как мы слушаем: общение можно сравнить с огромным зонтиком, под которым скрыто все...
Инженерная защита территорий, зданий и сооружений от опасных геологических процессов: Изучение оползневых явлений, оценка устойчивости склонов и проектирование противооползневых сооружений — актуальнейшие задачи, стоящие перед отечественными...
Дисциплины:
2019-11-28 | 253 |
5.00
из
|
Заказать работу |
|
|
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
Программные коды всех использованных в работе скриптов
Скрипт поиска последовательностей геномов, предназначен для определения координат заданных геномных последовательностей в файле.
Характеристики скрипта
Размер кода программы - 1,51 КБ
Количество строчек кода - 52
Код програмы:
text = input("Введите путь к файлу: ")
piece_of_text = input("Введите последовательность знаков: ")
output = input("Введите название нового файла: ")
numbers = [str(x) for x in range(10)]
|
len_of_piece = len(piece_of_text)
genom = []
beg = 0
numb = 0
new_text = ""
file = open(text, "r")
for string in file:
for number in numbers:
if number in string:
string = string.replace(number, "")
string = string.replace(" ","")
string = string.strip()
new_text += string
len_new_text = len(new_text)
numb_mas = []
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
print(numb_mas)
piece_of_text = piece_of_text[::-1]
print(piece_of_text)
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
file.close()
new_file = open(output, "w")
new_file.write(str(genom))
new_file.write(str(numb_mas))
new_file.close()
print('Ваш файл сохранен.')
Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_2 спейсер 5(846495-846560)
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_4 спейсер 9(1222847 -1222912)
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635975
NZ_CP013840_2 спейсер 3(790897-790962)
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001020185
NZ_CP011535_2 спейсер 3(1100792-1100857)
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans GS-5 34
NC_018089_2 34 спесер (1420125...1420185)
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans NN2025 60
NC_013928_2 60 спесер (746697...746762)
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans UA159
NC_004350_1 3 спесер (1328012...1328077)
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 12 спесер(823708...823773)
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 14 спесер (823840...823905)
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG обнаружен в геноме исследуемого фага
Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов
Streptococcus phage APCM01
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA (30481...30513)
Streptococcus phage APCM01
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT (1571...1600)
|
Streptococcus phage M102
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG (13449...13478)
Streptococcus phage 20617
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA (7663...7692)
Streptococcus phage 20617
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG (27571...27600)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13215...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT (1320...1353)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13216...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC (17995...18024)
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
|
|
Двойное оплодотворение у цветковых растений: Оплодотворение - это процесс слияния мужской и женской половых клеток с образованием зиготы...
Адаптации растений и животных к жизни в горах: Большое значение для жизни организмов в горах имеют степень расчленения, крутизна и экспозиционные различия склонов...
Биохимия спиртового брожения: Основу технологии получения пива составляет спиртовое брожение, - при котором сахар превращается...
Общие условия выбора системы дренажа: Система дренажа выбирается в зависимости от характера защищаемого...
© cyberpedia.su 2017-2024 - Не является автором материалов. Исключительное право сохранено за автором текста.
Если вы не хотите, чтобы данный материал был у нас на сайте, перейдите по ссылке: Нарушение авторских прав. Мы поможем в написании вашей работы!