Война 1806 года и новое вторжение.   

В январе 1806 года русские и английские войска покинули Неаполитанское Королевство.

На Сицилию удалилась и Царствующая Чета: 23 января (5 февраля) 1806 года покинул Неаполь Король Фердинанд IV ди Бонапарте, а 30 января (12 февраля) 1806 года Королева Мария Каролина Луиза Жозефа Иоганна Антония фон Габсбург. К несчастью вскоре Королева отбыла на родину в Австрийскую Империю, где и скончалась в замке Гетцендорф 27 июля (9 августа) 1814 года на 63-м году от рождения.  

В 1812 году, по настоянию подданных и по ходатайству посла Англии, Король заменил на острове старые феодальные учреждения либеральной конституцией, парламентом с двумя палатами и ответственным Министерством.

Тем временем, 25 января (7 февраля) 1806 года французская армия Жозефа Бонапарта (1768-1844) во главе с командующим генералом Массена, вторгается в Неаполитанское Королевство.

30 января (12 февраля) 1806 года осаждена Гаэта, первого (14) февраля 1806 года капитулирует Капуя, второго (15) февраля 1806 года сдан Неаполь. Брат корсиканского узурпатора Франции Жозеф Бонапарт вступит в город 27 февраля (12 марта) 1806 года, а через несколько дней, третьего (16) марта 1806 года генерал Ренье достигнет Мессинского пролива.

В ответ английский генерал Джон Стюарт высаживается в Калабрии, но терпит поражение при Майда 24 июня (7 июля) 1806 года. Партизанская война, вспыхнувшая после вторжения французских войск, продлиться до 1807 года включительно. Всего в различных боевых операциях на территории Неаполитанского Королевства в 1806-1811 гг. французы потеряли 129 офицеров умершими от ран и убитыми, а так же 439 человек ранеными; вся французская Королевская армия потеряла: 4 тысяч умершими и 13 тыс. ранеными. Большая часть этих потерь пришлась на 1806-1087 годы.

Годы оккупации.

18 (31) марта 1806 года Император Наполеон I Бонапарте назначил своего брата Жозефа Королем Неаполя.

Новый Монарх начал реформы в государстве опираясь на французский пример. Так им реорганизуется неаполитанская Королевская армия и флот. К моменту Коронации Иоахима Мюрата армия достигнет 31 120 человек и 2019 лошадей, флот будет начитывать 59 судов: 51 - на плаву, 2 - на довооружении и 6 - в ремонте. Король Жозеф посылает 5000 человек для службы вне Королевства: сначала, неаполитанские части служили видимо в других частях Италии, затем, главным образом в Королевстве Испания, в Каталонии, где шла ожесточенная война партизан с французскими оккупантами. После назначения Жозефа Бонапарта Королем Испании, Император Наполеон I третьего (16) июля 1808 года обьявил о назначении с 20 июля (2 августа) 1808 года Иоахима Мюрата Pоролем Неаполя и Сицилии, под именем Иохима-Наполеона. Мюрат подписывает в Байоне, третьего (16) июля 1808 года договор с Францией, по которому обязуется поставить Императору Франции 18000 пехоты, 2500 кавалерии, 25 орудий, 6 линкоров и 6 корветов.

Против повстанцев полуострова Калабрия, на поддержку которых надеются на Сицилии, Мюрат посылает офицера Манеса, который жестокими мерами добивается успеха.

Тем временем, захватчики готовили новую операцию – захват остров Капри.

Остров, расположенный прямо напротив Неаполя, служил важным опорным пунктом англичан в морской войне против Императора Наполеона I Бонапарте. Его обороняло 2000 корсиканцев и англичан под командованием генералом Хадсон Лоу (1769-1844). Иохим Мюрат решает захватить остров. 20 сентября (3 октября) 1808 года 1900 неаполитанцев и французов под командованием Ламарка и Князем Франческо ди Стронголи Пиньятелли (1775-1853), на 180 лодках начинают высадку на остров. Сначала Ламарк взял Анакапри и установил там батарею. Другие части атаковали укрепленные пункты острова: Марина-Гранде (пал 25 сентября (8 октября) 1808 года) и Марина-Муло.

26 сентября (9 октября) 1808 года Мюрат рапортует Императору Наполеону I Бонапарте о взятии 700 пленных, в том числе 22-х офицеров, а также о том, что полк Роял-Корсу под началом Лоу отступил к Капри и форту. Последнюю цитадель англичан и верных королю неаполитанцев осадило 2000 французов и 30 орудий под командованием Ламарка. Четвертого (17) октября Лоу просит о прекращении огня и шестого (19) октября форт капитулирует.

Ответный удар.

С целью открыть новый фронт в войне Пятой коалиции (апрель-октября 1809), в которую вошли Австрия, Англия и Сицилия, союзнический корпус в 20 тысяч человек и 40 кораблей под командованием генерала Джона Стюарта и Принца Неаполя и Андреевского кавалера Леопольдо де Бурбон (1790-1851), Графа Салерно весной-летом 1809 года взял остров Прокида, затем остров Искию, преодолев оборону генерала Агостино Колонна.

 На мысе Мизеро на побережье Калабрии высажено было несколько сотен солдат с целью поднять восстание. Произведены были обстрелы побережья. Но 12 (25) июля 1809 года, после битвы при Ваграме, генерал Стюарт эвакуировал гарнизоны Прокиды и Искии, произвел третьего (16) августа 1809 года сильный обстрел побережья и удалился на Сицилию. В это же, 1809 году, Иоахим Мюрат тщетно попытался отбить острова Дзанте и Итаку.

Тем временем, в кампании 1809 года против АвстрийскойИмпериинеаполитанские войска охраняли тылы армии Принца Эжена-Роз Богарне (1781-1824), вице-короля Италии, дивизионный генерал, пасынок Императора Наполеона I Бонапарте.