В 1420-х годах пресеклась штраубингская линия герцогов Баварии, и по решению императора в 1429 году их владения были разделены между Баварией-Ландсхут, Баварией-Мюнхен и Баварией-Ингольштадт.

В 1438 году на сторону Генриха перешёл Людвиг VIII — сын Людвига VII. В 1443 году ему удалось пленить отца, и он стал править в Баварии-Ингольштадте самостоятельно. После его смерти в 1445 году Генрих перевёз Людвига VII к себе и держал его в заключении до самой его смерти. Так как у Людвига VIII не осталось наследников, то Баварско-Ингольштадтское герцогство было присоединено к Баварии-Ландсхут.

Генрих XVI приложил большие усилия для развития герцогства, и созданные им благоприятные условия для ведения хозяйственной и финансовой деятельности способствовали образованию большой еврейской общины. В историю Генрих XVI вошёл как «Генрих Богатый».

1450—1479 Людовик IX Богатый (нем. Ludwig IX. der Reiche; 23 февраля 1417, Бургхаузен — 18 января 1479, Ландсхут) — герцог Баварско-Ландсхутский (1450—1479).

Людвиг IX был сыном баварско-ландсхутского герцога Генриха XVI и Маргариты Австрийской, дочери Альбрехта IV. К управлению герцогством он приступил после смерти отца в 1450 году, и одним из первых его шагов было изгнание евреев (которых привлекла в герцогство политика по стимулированию развития бизнеса, проводившаяся Генрихом XVI); остаться дозволено было лишь тем, кто согласился принять христианство. Тем не менее, даже без еврейской общины герцогство оставалось очень богатым благодаря шахтам в Раттенберге и Кицбюэле: во время состоявшейся в 1452 году свадебной церемонии Людвиг за свой счёт в течение недели принимал 22 тысячи гостей с 9 тысячами лошадей.

Летом 1456 года на территории имперского города Динкельсбюль был повешен вор, схваченный на герцогской территории. Людвиг отправил в город полторы тысячи всадников, и добился почётных похорон повешенного и выплаты компенсации в в тысячу гульденов. После этого он предъявил права на Донаувёрт, который с его точки зрения был несправедливо экспроприирован Людвигом VII; 8 октября 1458 года большая герцогская армия осадила город, который через 11 дней сдался.

В 1459 году император Фридрих III за захват Донаувёрта наложил на Людвига имперскую опалу, и поручил Альбрехту Ансбахскому покарать преступника. Так разразилась Баварская война, и в 1463 году по Пражскому миру Донаувёрт был признан имперским городом.

В историю Людвиг IX вошёл также тем, что улучшал быт монастырей и старался поднять уровень духовенства. Важнейшее его дело — основание Ингольштадтского университета (1472 год).

1479—1503 Георг (нем. Georg, 15 августа 1455 — 1 декабря 1503) — последний герцог Баварско-Ландсхутский (1479—1503).

Георг был сыном баварско-ландсхутского герцога Людвига IX и Амалии Саксонской. Править герцогством стал после смерти отца в 1479 году. В союзе с баварско-мюнхенским герцогом Альбрехтом IV Георг начал экспансию в Передней Австрии, однако против этого выступил император Фридрих III, создавший для противодействия Виттельсбахам Швабский союз.

Хотя законы Виттельсбахов допускали наследование только по мужской линией, после смерти последнего сына Георг 19 сентября 1496 года завещал герцогство своей дочери Елизавете. Несмотря на секретность, об этом стало известно Альбрехту, и тот обвинил Георга в нарушении законов. Но Георг стоял на своём, и противопоставил себя не только семье, но и императору, которому не нравилось, что имперскими землями распоряжаются без его ведома.

В 1503 году Георг умер. В связи с тем, что Рупрехт — муж Елизаветы — поддержал политику покойного тестя (благодаря которой он бы стал герцогом Баварии-Ландсхут), разразилась война за ландсхутское наследство, разорившая Баварию. По её итогам Рупрехт получил лишь специально созданное небольшое герцогство Пфальц-Нойбург, а остальная часть герцогства (за исключением небольших территорий, отошедших императору) была присоединена к Баварско-Мюнхенскому герцогству.

1392-1502 Баварско-Мюнхенское герцогство.

Герцогство Баварско-Мюнхенское (нем. Herzogtum Bayern-München) также известное, как Обербаварско-Мюнхенское (нем. Oberbayern-München) — территориальное образование на территории современной Германии, датируемое поздним средневековьем. Оно было основано в 1392 году, и существовало до воссоединения Баварии в результате войны за ландсхутское наследство (1504-05). Главным городом этого герцогства являлся Мюнхен.

После того, как в 1375 году умер герцог Баварии-Ландсхут Стефан II, три его сына некоторое время управляли герцогством совместно, а в 1392 году решили разделить наследство отца: Фридриху остался Ландсхут, Стефан III получил Баварско-Ингольштадтское герцогство, а Иоганну II достался участок территории с Мюнхеном.

Стефан III был недоволен итогами раздела, и в 1394—1395 году между Баварско-Ингольштадтским и Баварско-Мюнхенским герцогствами вспыхнул вооружённый конфликт, по итогам которого Иоганну II пришлось признать Стефана III своим соправителем. Когда в 1397 году Иоганн II умер, Стефан III попытался утвердить свой приоритет перед сыновьями Иоганна, и Эрнсту с Вильгельмом лишь в 1403 году удалось вернуть Мюнхен и вернуться к границам 1392 года.

Следующее десятилетие характеризовалось борьбой между баварско-ландсхутским герцогом Генрихом XVI и баварско-ингольштадтским герцогом Людвигом VII, между которыми даже состоялась война. Эрнст и Вильгельм III пытались выступать посредниками между враждующими сторонами, однако потом встали на сторону Генриха, вступив в объединившую противников Людвига Констанцскую лигу.

Мюнхенские герцоги заслужили доверие императора Сигизмунда, и Вильгельм III был назначен Протектором Базельского собора, а в награду получил в 1429 году часть оставшегося без наследника Баварско-Штраубингского герцогства.

Когда в 1435 году умер Вильгельм III, его сыну Адольфу был всего один год, и поэтому реальным главой герцогства мог стать только сын Эрнста — Альбрехт III. Во время разразившейся вскоре в Баварско-Ингольштадтском герцогстве войне между Людвигом VII и его сыном Людвигом VIII Альбрехт III принял сторону сына. В 1440 году он отказался от предложенной ему короны Чехии.

У Альбрехта III было семеро сыновей; после его смерти в 1460 году герцогством стали распоряжаться Иоганн IV и Сигизмунд; когда в 1463 году Иоганн IV умер от чумы — к правлению был привлечён Альбрехт IV. В 1467 году Сигизмунд выделил себе герцогство Баварско-Дахауское и управлял им в одиночку до своей смерти в 1501 году, после чего оно вновь воссоединилось с Баварско-Мюнхенским герцогством.

После смерти Георга, последнего герцога Баварии-Ландсхута в 1503 году, Альбрехту удалось объединить баварские земли в войне против наследников Георга, пфальцской линии Виттельсбахов, однако ему пришлось отдать Куфштайн и Кицбюэль императору Максимилиану I в качестве компенсации за его поддержку. Для пфальцской линии было создано новое герцогство Пфальц-Нойбург.

Герцоги Баварско-Мюнхенские.

1392—1397 Иоганн II (нем. Johann II, 1341—1397) — герцог Баварско-Ландсхутский (1375—1392) и Баварско-Мюнхенский (1392—1397).

Иоганн II был сыном баварского герцога Стефана II и Елизаветы Сицилийской, дочери сицилийского короля Федериго II. После смерти отца в 1375 году Иоганн II стал управлять Баварско-Ландсхутским герцогством совместно с братьями Стефаном III и Фридрихом, и дядей Оттоном. В 1376 году четыре герцога договорились, что Стефан и Иоганн будут управлять Нижней Баварией, а Фридрих и Оттон — Верхней, а чтобы никто не чувствовал себя ущемлённым — каждые два года меняться управляемыми территориями, однако этот договор так и не был реализован. Оттон скончался в 1379 году, а в 1392 году три брата решили разделить наследство (так как Иоганну не нравилось финансировать итальянские похождения своих братьев, женатых на дочерях Бернабо Висконти, а также содержание роскошного двора Стефана). Полученной частью Иоганн стал управлять из Мюнхена.