Вторая война с Францией и бегство Короля.

Весной 1798 года Наполеон Бонапарте отправился в Египет, однако первого (14) августа при Абукире французский флот разгромлен был. Это побудило Короля Фердинандо IV примкнуть к антифранцузской коалиции в сентябре 1798 года: Монарх обязался выставить армию в 60 тысяч человек. Для осуществления этой цели 22 сентября (5 октября) 1798 года в Неаполь вошли три корабля под командованием адмирала Горацио Нельсона (1758-1805). Знаменитый флотоводец начал подталкивать Короля Фердинандо IV к войне, и Государь Неаполя, не смотря на просьбу из Вены повременить, 14 (27) ноября 1798 года объявляет Франции войну, а 22 ноября (5 декабря) предъявил ультиматум.
40-тысячная неаполитанская армия Короля Фердинандо IV под командованием австрийского генерала Карла Мака фон Лейнбейха (1752-1828) начала наступление против французской армии генерала Шампионие численностью 15 000 человек. Одновременно адмирал Нельсон на своих кораблях перевез и высадил в Ливорно 4 000 пехотинцев и 600 кавалеристов. Французские войска по началу отступили и 29 ноября (12 декабря) неаполитанские войска без боя вошли в Рим. Но 14-15 (27-28) декабря 1798 года Шампионие разбивает генерала Макка близ Чавита-Кастальяна и вновь занимает Рим и, следуя за Монархом занимает Гаэту и Пескару. Неаполитанская армия разваливается.
Узнав о приближении неприятеля, Король, веря в свой народ, вопреки советам придворных, приказал раздать оружие неаполитанским лаццарони и зажечь в порту суда, которые могли бы пригодиться французам. Затем, 23 декабря (5 января) 1799 года вместе с Королевой и ближайшим окружением в числе которых был и баронет Актон, взяв с собой казну Королевства, Королевская Чета переходит на английское флагманское судно адмирала Нельсона, и отплывает с английской флотилией в Сицилию.

Огромное большинство народа и ополченцы – лаццарони оставались преданным Королю и лишь смирялись перед военною силой французов. И только либеральные элементы, в числе которых как всегда оказались торговцы и выпущенные из тюрем преступники, относились к французской армии с сочувствием. Духовенство же, крестьяне, городские лаццарони, разбойничьи банды в Абруццских горах — все эти разнохарактерные подданные Короля волновались и готовились к борьбе с ненавистными пришельцами и безбожниками.
В самом начале января 1799 года не смотря на ожесточенное сопротивление лаццарони французы входят в Неаполь. Преданные Королю ополченцы в свою очередь, 15 (28) января 1799 года очищают Неаполь от французов. Однако австрийский генерал Макк фон Лейбрих сдается французам, т. е. фактически переходит на сторону врага, что обусловило поражение: лаццарони: 23 января (5 февраля)1799 года французский генерал Шампионие изгнал лаццарони и вернул город.

Неаполитанские республиканцы при поддержки французов 23 января (5 февраля) 1799 года провозглашают Партенопейскую республику, однако, задержка реформ и конфискационная политика французских войск, привели в феврале-марте 1799 года к антифранцузскому восстанию под руководством кардинала Руффо де Дучи ди Баранелло ди Баньяра (1744-1827), Высочайше пожалованный позднее за свой подвиг в защите веры и престола Государем Павлом I Петровичем орденом Святого Апостола Андрея Первозванного, который высадившись в начале февраля в Реджине, объявил набор в Христианскую Королевскую армию.

Кардинал быстро собрал в своих руках силы в 10—15 000 человек, с которыми и овладел городом Монтелеоне. Одновременно восстание вспыхнуло также и в Апулии. Король Фердинандо IV послал Руффо небольшой отряд в подкрепление. Командующий французскими войсками генерал Макдональд начал войну с армией кардинала: в Апулию и Калабрию были посланы две колонны войск, из которых первая состояла из французской дивизии Дюро, а вторая — из новых неаполитанских формирований. Борьба с партиями повстанцев продолжалась в течение марта и апреля, — в Апулии успешно для французов, в Калабрии, наоборот, неудачно для республиканцев, так что отряд кардинала Руффо, среди вождей которого выделялся Фра-Дьяволо, с каждым днем становился все сильнее и был уже в состоянии двинуться в Апулию.

Защитникам трона и независимости Италии активно содействовали флоты союзников: англичане заняли остров Прокида, было несколько столкновений с республиканским неаполитанским флотом под командованием Караччиоло. В апреле 1799 года адмирал Федор Федорович Ушаков (1744-1817) направил к южному побережью Италии отряд капитана 2-го ранга А. А. Сорокина (3 фрегата, 2 корвета, 4 канонерские лодки), который 23 апреля (4 мая) занял Бриндизи, 2 (15) мая — Бари, 9 (22) мая — Манфредонию, где высажен был десантный отряд под командованием капитан-лейтенанта Г. Г. Белли (570 чел., 6 орудий).

Одновременно англичане действовали отрядом в 600 человек, а кардинал Руффо наступал на Неаполь с 25-тысячным войском. Но французы ни чем не могли помочь своим сторонникам в Неаполе - результатом побед Суворова в Северной Италии стала необходимость отвести войска Макдональда с территории Партенопейской республики.
Генерал Макдональд в начале мая сосредоточил свою армию в районе Неаполя в количестве 24 000 человек, из них 5 000 человек назначил он для гарнизонов Капуи и Гаэты, а с остальными 19 000 человек 7 и 8 (20-21) мая двинулся на Рим. И уже 3 (16) июня отряд Г. Г. Белли и силы кардинала Руффо, после сражения при Понте Делла Маддалена, вошли в Неаполь. Однако еще держались крепости Замок Сент-Эльмо, где был французский гарнизон, и замок в Лощине, где держались неаполитанские республиканцы. Замки держали улицы Неаполя под огнем. Оценив свои шансы, противоборствующие стороны 12 (25) июня заключили почетное перемирие: гарнизоны сдают крепости и отправляются во Францию. Однако прибывший вскоре после этого в Неаполь адмирал Нельсон, не признал соглашения и приказал арестовать безоружные гарнизоны. После этого развернулась борьба с республиканцами, бунтовщиками, мародерами, изменниками и бандитами – активными участниками антимонархического бунта и предателями. Более 30 тысяч из них были осуждены, семь тысяч изгнаны из страны, многих из числа французов казнили.
Русские войска тем временем после занятия Неаполя (отряд Белли берет крепость Сент-Эльм 1 (14) июля, а затем Капую (17 (30) июля)), были усилены. В Неаполь отправлены были части Сибирского гренадерского полка, которые и начали наступление на Рим. 16 (29) сентября 1799 года около 1000 человек под командованием Балабина вошли в Рим. После сдачи французами крепости Анкона 13 (26) ноября 1799 года боевые действия в Италии прекратились.

Однако уже весной 1800 года боевые действия возобновились. После побед Наполеона в Северной Италии, неаполитанская Королевская армия продвигается в Герцогство Тоскана для оказания давления на тылы Итальянской французской армии, но в декабре 1800 года французский генерал Миолис побеждает неаполитанскую армию при Сиене. Затем маршал Мюрат начинает во Флоренции 24 января (6 февраля) 1801 года переговоры о перемирии.