А как же опровержение рукотворности в Nature?

Как не позволяет? А почему авторам той статьи в Nature позволяет? На самом деле никакого опровержения рукотворности в той статье нет. Есть только громкое «нам так не кажется», базирующееся на весьма зыбком фундаменте. Сами посудите — вот основные тезисы авторов в поддержку нерукотворности:

Хотя приведенный выше анализ предполагает, что SARS-CoV-2 может связываться с человеческим ACE2 с высокой аффинностью, вычислительный анализ предсказывает, что его взаимодействие не является идеальным, и что его последовательность RBD отличается от показанной оптимальной последовательности для SARS-CoV [первый SARS — Ю.Д.] для связывания с рецептором. Таким образом, высокоаффинное связывание шиповидного белка SARS-CoV-2 с человеческим ACE2, скорее всего, является результатом естественного отбора на человеческом или подобном человеку ACE2, который позволил возникнуть другому оптимальному решению для связывания. Это убедительное доказательство того, что SARS-CoV-2 не является продуктом целенаправленных манипуляций.

Исходный текст

While the analyses above suggest that SARS-CoV-2 may bind human ACE2 with high affinity, computational analyses predict that the interaction is not ideal and that the RBD sequence is different from those shown in SARS-CoV to be optimal for receptor binding. Thus, the high-affinity binding of the SARS-CoV-2 spike protein to human ACE2 is most likely the result of natural selection on a human or human-like ACE2 that permits another optimal binding solution to arise. This is strong evidence that SARS-CoV-2 is not the product of purposeful manipulation.

Эта цитата в статье приведена прямо под диаграммой, на которой показаны идентичные RBM у CoV2 и панголина-19. Погодите, тогда при чём тут «компьютерное моделирование»? Наиболее вероятный сценарий рукотворности — перенос RBM из штамма одного животного в штамм другого — что вирусологи уже делали многократно. Поэтому логическая цепочка авторов не выдерживает никакой критики: «на компьютере можно было и круче вирус сдизайнить, значит CoV2 — результат естественного отбора. О, значит это и есть весомое доказательство того, что CoV2 нерукотворен!» Видимо, плохо с логикой у авторов. Дальнейшие их тезисы это подтверждают:

Кроме того, если бы была проведена генетическая манипуляция, вероятно, была бы использована одна из нескольких обратных генетических систем, доступных для бета-коронавирусов. Тем не менее, генетические данные неопровержимо показывают, что SARS-CoV-2 не получен из какой-либо ранее использованной вирусной основы.

Исходный текст

Furthermore, if genetic manipulation had been performed, one of the several reverse-genetic systems available for betacoronaviruses would probably have been used. However, the genetic data irrefutably show that SARS-CoV-2 is not derived from any previously used virus backbone.

Опять та же логическая ошибка, завуалированная громкими оборотами: «генетический анализ неопровержимо доказывает, что CoV2 абсолютно точно не был создан на основе ранее известных вирусов!» Ну спасибо, Капитан Очевидность. И что, неужели создатели вируса не могли сделать cDNA backbone из ранее не публиковавшегося штамма вируса — например, из того же RaTG13? Да легко. Также им не составило бы труда затем туда вставить панголиний RBM и фуриновый сайт. Вирусологи этим занимаются 20 лет, а современный инструментарий генной инженерии делает такие манипуляции доступными даже студенту.

Насчёт возникновения фуринового сайта в клеточной культуре авторы тоже высказывают странные тезисы:

Приобретение как фуринового сайта расщепления, так и предсказанных O-связанных гликанов также противоречит сценариям возникновения в клеточной культуре. Новые фуриновые сайты расщепления наблюдались только после длительного пассирования вируса птичьего гриппа с низкой патогенностью in vitro или in vivo. Кроме того, гипотетическая генерация SARS-CoV-2 в клеточной культуре или пассировании в животных потребовала бы предварительного выделения вируса-предшественника с очень высоким генетическим сходством, которое не было описано. Последующее образование фуринового сайта потребовало бы повторного пассирования в клеточной культуре или у животных с рецепторами ACE2, сходными с таковыми у людей, но такая работа также ранее не была описана.

Исходный текст

The acquisition of both the polybasic cleavage site and predicted O-linked glycans also argues against culture-based scenarios. New polybasic cleavage sites have been observed only after prolonged passage of low-pathogenicity avian influenza virus in vitro or in vivo. Furthermore, a hypothetical generation of SARS-CoV-2 by cell culture or animal passage would have required prior isolation of a progenitor virus with very high genetic similarity, which has not been described. Subsequent generation of a polybasic cleavage site would have then required repeated passage in cell culture or animals with ACE2 receptors similar to those of humans, but such work has also not previously been described.

Во-первых, сами же авторы ранее приводят ссылки на работы, где фуриновый сайт возникал по мере культивирования вирусов в клетках. А во-вторых, что значит, не описан близкий штамм вируса — а как же RaTG13? Если в нём синтетически заменить RBM на панголиний, а затем культивировать химерный штамм в клеточной культуре, то фуриновый сайт вполне мог возникнуть и таким образом, и вдобавок, таким же путём новый штамм мог приобрести и другие мутации, отличающие CoV2 от RaTG13 и панголина-19.

Но в плане именно рукотворного варианта возникновения фуринового сайта мне более вероятным видится вариант с целенаправленной врезкой — как в другой китайской работе от октября 2019 года с куриным коронавирусом. А уже затем созданный штамм мог приобрести новые мутации по мере его культивирования in vitro или in vivo — как мышиный штамм MA15 в 2007 году, например.

Ши Чжэнли-2020

Пока я писал эту статью, вышла работа большого коллектива китайских вирусологов, включая Ши Чжэнли, в которой они ещё в феврале протестировали против CoV2 свою многолетнюю разработку от многих видов коронавирусов — некий пептид, который призван блокировать слияние шиповидного белка с клеточной мембраной. Авторы, конечно же, упоминают новый фуриновый сайт CoV2, и предполагают, что он может играть важную роль в гораздо более эффективном проникновении CoV2 в клетку:

В этом исследовании мы показали, что SARS-CoV-2 демонстрирует гораздо более высокую способность слияния с мембраной, чем SARS-CoV, что позволяет предположить, что механизм слияния SARS-CoV-2 является важной мишенью для разработки ингибиторов слияния коронавируса.

…

Как правило, в β-В коронавирусах отсутствует фуриновый сайт S1/S2, а их шиповидные белки в нативном состоянии не расщеплены. Например, SARS-CoV проникает в клетку главным образом через эндосомальной путь слияния с мембраной, где его шиповидный белок расщепляется эндосомным катепсином L и активируется. Приобретение фуринового сайта S1/S2 может значительно увеличить способность шиповидного белка SARS-CoV проникать через клеточную мембрану.

Исходный текст

In this study, we have shown that SARS-CoV-2 exhibits much higher capacity of membrane fusion than SARS-CoV, suggesting that the fusion machinery of SARS-CoV-2 is an important target for development of coronavirus fusion inhibitors.

…

Generally, β-B coronaviruses lack the S1/S2 furin-recognition site, and their S proteins are uncleaved in the native state. For example, SARS-CoV enters into the cell mainly via the endosomal membrane fusion pathway where its S protein is cleaved by endosomal cathepsin L and activated. Inducing the S1/S2 furin-recognition site could significantly increase the capacity of SARS-CoV S protein to mediate cellular membrane surface infection.

В этом контексте становится интересно, а не проводили ли авторы ранее какие-то эксперименты по тому, как на эффективность их пептида может влиять добавление новых фуриновых сайтов в различные коронавирусы? Но не будем строить лишние догадки, позволим времени расставить всё по своим местам.

Кстати, Барик, видимо, решил не отставать от Ши Чжэнли, и тоже присоединился к гонке по поиску средств от CoV2. Как я понял, он и соавторы взяли уже имевшиеся у них данные об эффективности своего нуклеозидного аналога (β-D-N4-hydroxycytidine, NHC) против SARS-CoV и MERS, добавили in vitro данные по CoV2, и отправили в печать. Нуклеозидные аналоги (как, например, знаменитый ремдесивир) — это принципиально другой подход, чем у Ши Чжэнли и соавторов: тут авторы пытаются помешать репликации вируса, подсовывая ему «дефективные» буквы генетического алфавита, а Ши Чжэнли и соавторы пытаются не дать вирусу проникнуть в клетку. Теоретически, эти подходы можно будет комбинировать.