История развития пистолетов-пулеметов: Предпосылкой для возникновения пистолетов-пулеметов послужила давняя тенденция тяготения винтовок...
Двойное оплодотворение у цветковых растений: Оплодотворение - это процесс слияния мужской и женской половых клеток с образованием зиготы...
Топ:
Генеалогическое древо Султанов Османской империи: Османские правители, вначале, будучи еще бейлербеями Анатолии, женились на дочерях византийских императоров...
Устройство и оснащение процедурного кабинета: Решающая роль в обеспечении правильного лечения пациентов отводится процедурной медсестре...
Процедура выполнения команд. Рабочий цикл процессора: Функционирование процессора в основном состоит из повторяющихся рабочих циклов, каждый из которых соответствует...
Интересное:
Наиболее распространенные виды рака: Раковая опухоль — это самостоятельное новообразование, которое может возникнуть и от повышенного давления...
Что нужно делать при лейкемии: Прежде всего, необходимо выяснить, не страдаете ли вы каким-либо душевным недугом...
Национальное богатство страны и его составляющие: для оценки элементов национального богатства используются...
Дисциплины:
2019-10-30 | 138 |
5.00
из
|
Заказать работу |
|
|
8.1 База данных лекарственной устойчивости ВИЧ Стэнфордского университета (Stanford University HIV Drug Resistance Database)
Работа по созданию базы данных лекарственной устойчивости ВИЧ началась на кафедре инфекционных заболеваний медицинского факультета Стэнфордского университета в 1998 году. В базу данных экспортировались последовательности генома ВИЧ, полученные от пациентов с известной историей лечения. На основании этих данных было проведено множество исследований, которые позволили выявить мутации, достоверно влияющие на чувствительность ВИЧ к антиретровирусным препаратам. Был разработан алгоритм, позволяющий на основании обнаруженных мутаций делать вывод о наличии у вируса устойчивости к АРВП (виртуальное фенотипирование). Определение влияния мутации на возникновение лекарственной устойчивости ВИЧ к тому или иному препарату осуществляется путем анализа опубликованных исследований, связывающих появление данной мутации и фенотипических изменений ВИЧ. Если возникновение мутации коррелирует с формированием лекарственной устойчивости, то мутации присваивается положительный балл, величина которого пропорциональна степени корреляции. А если возникновение мутации препятствует возникновению устойчивости, то мутации присваивается отрицательный балл.
Оценка устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам для анализируемого образца к препарату осуществляется путем суммирования баллов значимости всех выявленных мутаций, ассоциированных с устойчивостью к этому препарату. В соответствии с количеством набранных баллов уровень устойчивости ВИЧ может быть отнесен к одному из следующих типов:
· 0-9 баллов; чувствителен; нет доказательств снижения чувствительности относительно дикого типа.
|
· 10-14 баллов; возможно возникновение устойчивости низкого уровня; вирус полностью чувствителен, однако вероятно уже подвергался воздействию препарата данного класса.
· 15-29 баллов; низкий уровень устойчивости; вирусы, относящиеся к данному типу, показывают снижение чувствительности к данному препарату в экспериментах in vitro и/или пациенты, инфицированные данным вирусом, несколько хуже отвечают на лечение данным препаратом по сравнению с лечением вируса дикого типа.
· 30-59 баллов; средний уровень устойчивости; устойчивость вируса выше, чем устойчивость низкого уровня, но ниже чем устойчивость высокого уровня.
· ≥60 баллов; высокий уровень устойчивости; вирусы, относящиеся к данному типу, показывают максимальное снижение чувствительности в экспериментах in vitro и/или пациенты, инфицированные данным вирусом, не отвечают или слабо отвечают на лечение данным препаратом.
В настоящее время База данных Стэндфордского университета позволяет проводить виртуальное фенотипирование нуклеотидных последовательностей генов протеазы, обратной транскриптазы и интегразы ВИЧ.
База данных регулярно пополняется новыми данными, и алгоритмы определения лекарственной устойчивости обновляются.
Интерпретация результатов при помощи Базы данных лекарственной устойчивости ВИЧ Стэнфордского университета (Stanford University HIV Drug Resistance Database)
· Зайти на сайт по ссылке http://sierra2.stanford.edu/sierra/servlet/JSierra.
· Выбрать метод анализа. Для проведения анализа нуклеотидной последовательности генов вирусного генома выбирается пункт «ANALYZIS/sequences».
· Ввод последовательности может быть осуществлен непосредственно двумя путями:
А. копирования текста последовательности в окно A,
Б. путем загрузки файла формата TXT или FASTA, содержащего последовательность, при помощи окна B.
Для этого необходимо курсором мыши кликнуть на кнопку «Обзор».
Прикрепить анализируемый файл (txt, fasta).
|
Нажать кнопку «ANALYZE»
Программа Базы данных Стэндфордского университета автоматически анализирует нуклеотидную последовательность, и представляет отчет о выявленной степени чувствительности анализируемого образца.
Результирующий отчет Базы данных Стэндфордского университета содержит общие сведения о проанализированной нуклеотидной последовательности: наименование проанализированных генов, кодонов, вероятный субтип ВИЧ, процент схожести с ближайшей референсной последовательностью.
Отчет содержит оценку качества анализируемой нуклеотидной последовательности. Оценка качества, производится по трем основным параметрам, ассоциированным с ошибками во время получения и анализа последовательности:
· во-первых, позиции, содержащие стоп-кодоны или сдвиги рамки считывания;
· во-вторых, позиции, содержащие нетипичные нуклеотиды (B, D, H, V, N);
· в-третьих, необычные мутации, не связанные с резистентностью, встречающиеся менее чем в 0,5% последовательностей, содержащихся в базе.
Позиции, содержащие вышеуказанные ошибки, отображаются на схеме в виде длинных красных полос.
Отличия от референсной последовательности HXB2 неассоциированные с мутациями резистентности ВИЧ к АРВП обозначаются короткими синими полосами; а мутации, ассоциированные с устойчивостью к АРВ препаратам – длинными синими линиями.
Мутации распределяются по следующим группам:
1. Мутации гена обратной транскриптазы
a. Мутации устойчивости к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы
b. Мутации устойчивости к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы
c. Мутации полиморфизма
2. Мутации гена протеазы
a. Основные мутации устойчивости к ингибиторам протеазы
b. Минорные мутации устойчивости к ингибиторам протезы
c. Мутации полиморфизма
3. Мутации гена интегразы
a. Основные мутации устойчивости к ингибиторам интегразы
b. Минорные мутации устойчивости к ингибиторам интегразы
|
|
Эмиссия газов от очистных сооружений канализации: В последние годы внимание мирового сообщества сосредоточено на экологических проблемах...
Таксономические единицы (категории) растений: Каждая система классификации состоит из определённых соподчиненных друг другу...
Папиллярные узоры пальцев рук - маркер спортивных способностей: дерматоглифические признаки формируются на 3-5 месяце беременности, не изменяются в течение жизни...
История развития хранилищ для нефти: Первые склады нефти появились в XVII веке. Они представляли собой землянные ямы-амбара глубиной 4…5 м...
© cyberpedia.su 2017-2024 - Не является автором материалов. Исключительное право сохранено за автором текста.
Если вы не хотите, чтобы данный материал был у нас на сайте, перейдите по ссылке: Нарушение авторских прав. Мы поможем в написании вашей работы!