Управление и контроль в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий местного значения осуществляются органами местного самоуправления.

Согласно указанному закону государственные природные заповедники и национальные парки являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями, а государственные природные заказники федерального значения - это территории с особым режимом охраны, которые находятся в ведении федеральных органов исполнительной власти в области охраны окружающей среды и финансируются за счет средств федерального бюджета и других не запрещенных законом источников.

2. Согласно пункту 2 постановления Правительства Российской Федерации от 29 мая 2008 года № 404 «О Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации» Минприроды России осуществляет государственное управление в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения.

3. Постановлением Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2008 года № 2055-р утвержден перечень особо охраняемых природных территорий федерального значения (государственных природных заповедников, национальных парков и государственных природных заказников), находящихся в ведении Минприроды России.

4. В соответствии с Положением о Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 29 мая 2008 года № 404 «О Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации» Минприроды России утверждает положения о государственных природных заповедниках, национальных парках, государственных природных заказниках и памятниках природы федерального значения, определяет порядок утверждения, использования и охраны символики государственных природных заповедников, принимает акты, устанавливающие особенности использования, охраны, защиты и воспроизводства лесов, расположенных на особо охраняемых природных территориях.

5. Согласно Положения о Департаменте государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологической безопасности Минприроды России, утвержденного приказом Минприроды России от 15 июля 2011 г. № 633, Департамент разрабатывает и представляет на утверждение Положения о государственных природных заповедниках, национальных парках, государственных природных заказниках и памятниках природы федерального значения, определяет порядок утверждения, использования и охраны символики государственных природных заповедников, акты, устанавливающие особенности использования, охраны, защиты и воспроизводства лесов, расположенных на особо охраняемых природных территориях, порядок регулирования численности объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения. Департамент осуществляет работу в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения по вопросам:

расширения и изменения границ существующих особо охраняемых природных территорий федерального значения; функционирования особо охраняемых природных территорий, находящихся в ведении Минприроды России; охраны объектов животного мира и водных биологических ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения; природоохранной, научно-исследовательской, эколого-просветительской и рекреационной деятельности, развития познавательного туризма на особо охраняемых природных территориях федерального значения; организует работу по ведению государственного кадастра особо охраняемых природных территорий федерального значения; обеспечивает координацию и организацию природоохранной, научно-исследовательской, эколого-просветительской и иной деятельности особо охраняемых природных территорий федерального значения, находящихся в ведении Министерства; организует сбор и анализ сведений о состоянии природных комплексов и объектов, о соблюдении требований природоохранного законодательства на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также о результатах деятельности государственных природных заповедников и национальных парков; организует работы по созданию новых и расширению существующих особо охраняемых природных территорий федерального значения и их охранных зон;организует работу по регулированию численности объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения; готовит предложения по распределению средств на содержание государственных природных заповедников и национальных парков, проведению природоохранных мероприятий; утверждает ежегодные и перспективные планы работ по основной деятельности и среднесрочные планы управления государственных природных заповедников и национальных парков; принимает решения о пребывании на территории находящихся в ведении Министерства государственных природных заповедников граждан, не являющихся работниками данных заповедников, или должностных лиц, не являющихся сотрудниками Министерства; принимает решение об отстреле (отлове) животных в научных и регуляционных целях на территориях государственных природных заповедников, находящихся в ведении Министерства