Глава 5.Вирусы.МГЭ. Мейотическийдрайв.

В 1892 году русский биолог Дмитрий Ивановский пропустил через бактериальный фильтрэкстракт перетёртых листьев, больных табачной мозаикой. После фильтрации экстракт продолжал передавать болезнь здоровым растениям. Ивановский предположил, что болезнь вызывается токсином(virus – яд). Так же он увидел в оптический микроскоп в больных клетках растений кристаллоподобные тела – то, что потом назвали virus, а сейчас называют вирусоид.

В 1898 году голландский микробиолог Мартин Бейеринк повторил эксперименты Ивановского. Он назвал возбудителя растворимый живой микроб.

Угадайте, кто из этих двоих считается первооткрывателем вирусов?

Ивановскй сделал открытие в то время, когда микробиология была на пике, а молекулярная биология только появилась. Поэтому те, кто изучал бесклеточных и МГЭ, подхватили примитивную идею «вирус – возбудитель болезни».

В наше время слово «вирус» – больше не точный научный термин. Пора перестать его использовать. Термин «вирус» придумали до того, как разглядели сам объект, а только догадывались о его существовании. Так что нет ничего кощунственного в том, чтобы называть это слово устаревшим. Его придумали до изобретения электронного микроскопа, и ученые понятия не имели какие молекулярные процессы вызывают «вирусные инфекции».

Словом «вирус» называют несколько совершенно разных явлений. Одно слово имеет несколько значений, и каждый раз нужно уточнять, что ты имел в виду. Его можно применять, если из контекста понятно, что за процесс описывается, и выше уже упоминалось, о какой молекулеидёт речь. Но слово «вирус» очень удобное, чтобы смешать понятия и приписать чужое свойство другой частице. Поэтому я считаю, что надо отказаться от этого слова.

 

В 1958 году Р.Франклин и К.Холм изучили строение вируса табачной мозаики (ВТМ) – полый цилиндр из белка с ДНК внутри.В 1960 году Гордон и Смит установили, что некоторые растения заражаются свободной нуклеиновой кислотой ВТМ, а не целым вирусом. В 1962 году американские ученые А.Зигель, М.Цейтлин и О.И.Зегал получили ВТМ безбелковой оболочки. Они выяснили, что нуклеиновая кислота ведет себя, как полноценный вирус. Тогда же появился новый термин вирион.

___________________________________________________________________________ __

*В 1884 году француз Шарль Шамберлан изобрёл фильтр, поры которого меньше клеток любого организма. Его назвали фильтр Пастера-Шамберлана, хотя Пастер никаким боком не касался этого открытия. Закон Стиглера.

Вирион – нуклеиновая кислоты + капсид (оболочка из белка). Вирус – нуклеиновая кислота.

50 лет назад уже было известно то, что я пишу в этой главе – вирус это мобильная ДНК. Только в XX веке считали, что вирусы произошли от (сбежали из) бактерий, а в XXI знают, что вирусы – части ДНК многоклеточных.

Помните безумную теорию «паразиты – потомки своих хозяев»? Из всех вирусов больше всего под эту теорию подходят вирофаги.

Вирофаги –группа вирусов, которые могут размножаться в клетках только в присутствии другого вируса. Вирусы, которые паразитируют на вирусах и губят их. Вирофагисразу окрестили сверхпаразитами*, позднее появились другие версии. Я приведу три из них, которые мне знакомы. Какая из них верная – не знаю. Мы узнаем от кого или от чего произошли вирофаги, только когдаученые решат загадку, как вообще возник паразитизм.

Первая теория, что вирофаги – дефектная интерферированная РНК, дефектные интерферирующие вирусные частицы (ДИ-частицы вирусов). Значительная часть вирусного потомства – неинфекционные вирусные частицы, которые не могут самостоятельно реплицироваться из-за дефектов. ДНК ДИ-частицы короче, чем у стандартного инфекционного вируса (иногда на 90%).

ДИ - частица реплицируется только рядом с гомологичным вирусом. ДИ-частица – кусок вируса или почти целый вирус. Она размножается только в клетке, которая заражена тем вирусом, от которого произошла ДИ-частица.Она не только паразитирует на полноценном собрате, но и мешает ему самому размножаться. ДНКвируса-помощника создаёт необходимые для него белки и пр продукты, а ДИ-частицы используют их для себя.

Дефектныеинтерферирующиечастицы образуются у всех вирусов и очень часто. Например, в препаратах пикорнавирусов концентрация вирионов может в 100—1000 раз превышать концентрацию инфекционных частиц. На 107—108 частиц вируса папилломы кролика приходится примерно одна опухолеобразующая единица.[25]

Эта версия происхождения вирофагов похожа на мою теорию «паразиты – потомки хозяев».

Вторая версия это вирусы-саттелиты – адаптивный иммунитет многоклеточных.

Третья версия это вирофаги – "сбежавшие" полинтоны. Полинтоны – необычная группа мобильных элементов, поскольку они могут удваиваться с помощью собственных полимеразы и интегразы. Это та теория, которую я доказываю в этой главе «вирусы – мобильные генетические элементы многоклеточных». Но не буду забегать вперёд.

 

*Сверхпаразиты – паразиты паразитов.

Пока одни учёные придумывали названия с корнем «вир» для ДНК, которые меняют хозяев, им навстречу двигались другие ученые, которые изучали ДНК многоклеточных и их мобильные генетические элементы (МГЭ). Позднее МГЭ – тоже станут называть вирусами.

Пока в Союзе сельхоз науками руководил Лысенко*, в США генетики душили науку. А когда бюрократы и карьеристы загнобили Лысенко, на Западе наоборот убрали генетику на свалку и занялись изучением молекулярных механизмов наследственности.

В 1948 году Барбара Мак-Клинток открыла транспозоны, но научное сообщество приняло её враждебно и вынудило её заткнутся. В этом же году Лысенко отбил атаку генетиков, которые хотели вернуть науку к привычным устаревшим понятиям.

Но в 1955г группа ученных изгнала Лысенко с поста президента ВАСХНИЛ. Та самая группа, что засеяла поля кукурузой, коротая не взошла, и "подняла целину".С 1953 года Мак-Клинток перестала публиковать отчёты об исследованиях контролирующих элементов.

В 1962г Лысенко вернулся, в 1965г опять ушёл в отставку. Тем временем в США признали открытие Мак-Клинток — в 1967г она повторно открыла транспозоны. Лысенко умер в опале в 1976г. В 1971 президент США Ричард Никсон вручил Мак-Клинток национальную научную медаль. В 1983г Барбара Мак-Клинток получила Нобелевскую премию за открытие мобильных генетических элементов.

Рис 7. Кукуруза фермера из Оклахомы Карла Барнса. Барбара Мак-Клинток открыла транспозоны, когда исследовала мозаицизм у кукурузы.

Половина**ДНК человека состоит из мобильных генетических элементов (МГЭ) — транспозонов и ретротранспозонов.

Ониразмножаются и перемещаются.Транспозаза вырезает транспозониз ДНК и встраивает его на новое место. Ретротранспозон создаёт свою копию, и она встраиваетсяна новое место. Чаще всего транспозоны и ретротранспозоныпрыгают в пределах хромосом и передаются вертикально по наследству (от родителей к потомкам) Но иногда и горизонтально — от одного организма к другому подобно тому, что учёные называливирусами.МГЭ прыгают даже от одного вида к другому. Чаще всего обмен наследственной информацией происходит между хозяином и паразитом.

Ретротраспозон размножается по принципу «копировать-вставить».Транспозон устроен проще и только перемещается по ДНК по принципу «врезать-вставить».

 

* ПрезидентВАСХНИЛ.

** Смотрякаксчитать

Поначалу эти подвижные вирусоподобные элементы интерпретировали как "геномных паразитов", "эгоистическую" или "мусорную" ДНК. Постепенно учёные пришли к выводу, который сейчас кажется очевидным: МГЭ не «хорошие» и не «плохие». Они могут нести как полезные изменения в ДНК, так и вредные.Их роль в эволюции настолько огромная, что учёные даже кардинально пересмотрели эволюционное дерево и теперь оно больше похоже на сеть. Например, тот участок ДНК, который кодирует белок(семейство инсулинов), необходимый для роста плаценты, достался нам от другого организма. Журналистывыразились проще: «наши предки заразилисьплацентой. [26]Справа рисунок, который я приводил в первой главе.

Рис 1.Древо жизни по версии 2005 года, на котором показан
горизонтальный перенос генов между группами организмов.

В некотором роде, горизонтальный перенос – это наследование приобретённых признаков. Более того, перестройки ДНК из-за прыжков транспозонов могут передаваться по наследству. Стил пытался этим объяснить наследование приобретённого иммунитета. [27]

Организм контролирует перестройки ДНК транспрозонами–например, во время стресса и ухудшения внешних условий активность МГЭ усиливается.[28]

Ричард Докинзоставил по этому поводу комментарий. Организм управляет генотипом?! Это неправда! Вы всё врёти!

Транспозон– участок ДНК, состоящий из трех частей: части, которая кодирует фермент транспозазу в середине и двух обращенных комплиментарныхповтора по краям [подробнее 29]. Кроме этого в транспозоне могут быть части, кодирующие другие белки. Транспозон может  случайно прихватить кусок ДНК и встроить его на новое место. Именно так транспозон другого организма «заразил» нас плацентой.

Транспозон может потерять участок, который кодирует транпозазу. Но продолжит перемещаться по ДНК, если его найдёт транспозаза, произведенная другими транспозонами.Некоторые участки ДНК имеют обращенные повторы. Предположительно, это потомки МГЭ, их называют «прирученные транспозоны».

Транспозоныусловно делят на «родные», «прирученные» и «паразитические». Делят условно, потому что «польза», главный критерий при классификации –понятие относительное. В научпопе их всех называют просто «вирусы». Это слово «настоящее», которое описывает существующиевещи. Но ненаучное, потому что сгребает в одну кучу разные явления. К тому же в понимании большинства«вирус» – это вредный патоген, который можно подхватить при чихе, чужеродный патоген, который тут же атакуют лейкоциты. Поэтомуобыватели пьют антибиотики (и заставляют других) при гриппе и не понимают, «почему до сих пор не изобрели вакцину от СПИДа».

Наша ДНК наполовину состоит из МГЭ – таких же ретровирусов, как и СПИД. Весь организм и иммунитет заточен подретроэлементы.Прирученные белкитранспозазы — RAG-белки, которые вырезают и перемещают фрагменты ДНК лежат в основе системы приобретенного иммунитета.*Поэтому так трудно бороться со СПИДом. [30]

МГЭ вызвали многие эволюционные преобразования высших организмов:

Например, фермент теломераза, который отвечает за восстановление кончиков хромомосом, произошёл от "прирученного" ретротранспозона.Регуляторные участки ДНК — сформировались из фрагментов "прирученных" МГЭ.Иммунологом Э. Стил предложил теорию, что высшие организмы при помощи МГЭ передают своему потомству приобретённый иммунитет (это подтвердили эксперименты [27]).

Но точных количественных оценок вклада МГЭ в эволюцию нет. Пока не ясно – это нетипичное и массовое явление, магистральное направление эволюции, или все-таки как к экзотике.

Организм держит МГЭ под контролем: активизирует, когда ухудшаются условия окружающей среды или подавляет с помощью микроРНК, Piwi-белков и метилирования, например, когда развивается эмбрион.

Если называть МГЭ и вирусы – паразитами, "эгоистическими" и чужеродными объектами, паразитами, то Piwi-белки и пиРНК – система "внутриклеточного иммунитета", а пиРНК – антитела. Если же считать МГЭ полноправной частью организма, тогда эта система – способ регуляции изменчивости и мутаций.

Вирусы и МГЭ – просто молекула ДНК и РНК. Рассуждать о них можно в терминах химии, а не биологии. Слово «вирус» - эмоционально окрашенное и приписывает молекулам поведение – паразитизм, симбиоз. Поэтому, несмотря на то, что вирус – слово литературное и в некоторой степени научное – я его не использую. Этим термином называют совершенно разные процессы. Если отказаться от этого слова, в научных статьях будет больше конкретики и полезной информации, вместо расплывчатых формулировок. В статьях будет больше смысла, если считать МГЭ чем-то неживым, самореплицирующиеся молекулы, как прионы. (См главу 6).

Молекулярная биология заменила генетику, и по капле выдавливаем из своей речи старые термины. Главный вывод из этой главы можно высказать такой паронимией.

 

Наследственная информация передаётся не только по наследству.

 

* Фермент транспозаза, который перемещает участки ДНК попал в организм древних позвоночных с чужим мобильным элементом. Потомки этой транспозазы — белки RAG. Эти белки собирают из кусочков гены антител, по-разному комбинируя фрагменты ДНК в зреющих лимфоцитах. Поэтому лимфоциты могут создавать множество белков – 100000 вариантов антител. Позвоночные преуспевают благодаря своему продвинутому иммунитету.

Супотницкий М. В. рассматривает ретроэлементы, как инфекцию, а их распространение – как эпидемию, растянутую на 120 миллионов лет:

межзпидемическая стадия, предэпидемическая стадия, стадия развития эпидемии, стадия разгара эпидемии, стадия угасания пандемии, постэпидемическая стадия.

БОЛЕЗНИ ЭНДОГЕННОЙ РЕТРОВИРУСНОЙ АКТИВНОСТИ Супотницкий М. В.

Германские ипольскиебиологи экспериментально доказали, что влияние подвоя на привой может передаваться по наследству при половом размножении. [31] Да, ссылка на ту самую статью, которую я вставил в первой главе, как пример смешного перевода.

Ученые вывели два сорта табака: устойчивый к антибиотику канамицину и устойчивый к спектиномицину. Два сорта табака прививали друг к другу. После того как растения успешно срастались, их резали на мелкие кусочки и пытались вырастить культуру растительных клеток. Клетки из того места где растения срослись, были устойчивы к обоим антибиотикам. Из этих клеток вырастили  взрослые растения, способные к половому размножению. Из их семян выросли растения с теми же признаками, что и у гибридных родителей. В том эксперименте доказали, что растения обменивались мДНК.

Журналисты-ретрограды возмущались, что митохондрии – не часть организма, а переноса ядерной ДНК скорее всего не было. Перенос мДНК или даже целых митохондрий – это ещё (почему-то) не «вегетативная гибридизация».

Но через пять лет ученые доказали, что в подвое происходит горизонтальный перенос именно ядерной ДНК. [32]

 

Словом «вирус» называют не только транспозоны, но и другие МГЭ.Горизонтальный перенос – служит не только для изменчивости, наравне с половым размножением. Некоторые виды используют его, как оружие.

Наездники – паразитоидныеосы. Они нападают на насекомых – жалят их, впрыскивают яд, который парализует добычу и откладывают в них яйца. Личинка вылупляется и пожирает парализованную жертву заживо. Или не парализованную. Если жертва может двигаться, она начинает пожирать ядовитые растения, чтобы убить паразита. А зараженный паук-тетённик становится зомби и плетёт кокон для паразита.

Многие наездники кроме своих яиц, впрыскивают в жертву ещё и частицы своей ДНК, завёрнутые в беловую оболочку. Эти частицы, подавляют иммунитет жертвы. Их тоже называют вирусами, но эти частицы не размножаются,ни в теле жертвы-гусенецы, ни в организме наездника. Они не умеют размножаться. Этих «вирусов» производят яичники самки наездника.

Некоторые эксперты ещё в прошлом веке сомневались – стоит ли применять к этим частицам слово «вирус», можно ли вообще называть словом вирус любую подвижную ДНК?

Уже в 21 веке какие-то недобитые генетики (или их так обозвали журналисты) решили доказать, что эти ядовитые частицы – «одомашненные вирусы» - родственники бакуловирусов – паразитов насекомых. Начинка частиц, которые впрыскивает наездник в жертву и начинка бакуловрусов не имеет ничего общего. Ученые сравнили ДНК этого вирусного «родственника» с ДНК наездника из группы ихневмонид. Ничего общего не нашли, кроме «схожих белков».

Белки общие с вирусами сами по себе ничего не доказывают. Например, гемагглютинин – вирусный белок, который образует особую структуру, чтобы присоединиться к клеточной мембране и проникнуть сквозь нее – совсем не редкость. Похожий белок есть в обычном хлебе и зерне – глютен и др. лектины.

Лектины из растительной пищи, так же как и вирусы,проскакивают между клеткамикишечного эпителия и встраиваются в разные ткани организма. Переваренная пища должна попадать в кровоток только через клетки эпителия, но лектины разрушают межклеточную связку и пролазят внутрь. А через «дыры», которые они оставили в кровь попадает непереваренная пища: белки, токсины, МГЭ и вирусы. Лектины прикрепляются к тканям, чаще всего к клеткам

хряща и щитовидной железы. Против них вырабатываются антитела, которые атакуют и лектин и повреждённые им клетки.

Организмы используют лектины, как оружие-иммунитет, для борьбы с чужими клетками. Растения – против клеток кишечника травоядных, животные – против клеток паразитов. Лектины без начинки – вредной вирусной ДНК – сам по себе опасный патоген.

Вирусоподобные частицы из жала наездника – такие выделения, как слизь илиферомоны, а вовсе ДНК-репликант. Да и зачем им размножаться? Все равно тело почти дохлой гусеницы – для них тупик. Они подавляют иммунитет жертвы, чтобы личинки наездника свободно в ней развивались.

Ричард Докинз, автор книги «Эгоистичный ген» заинтересовался этим случаем и оставил комментарий. Генотип на службе фенотипа?! Это ниправда! Вы всё врёти! [33]

 

 

7. Первая причина, почему не могут существовать бактерии. Одноклеточные не выдержат токсического воздействия кислорода и радиации-ультрафиолета.

Распыление микробной взвеси, создание бактериального тумана в воздухе, выпуск так называемых «микробных облаков» и «микробных капелек». Технически и такой способ ведения бактериологической войны не казался сложным. У военных к тому времени уже были специальные выливные авиационные приборы (ВАПы), предназначенные для распыления иприта.

8.Вторая причина, почему не могут существовать бактерии. Симбиоз. Существование одинокого организма, тем более одноклеточного невозможно. Коллективные животные. Эусоциальные. Земледелие, животноводство.

У появившихся в середине мелового периода покрытосеменных растений, по-видимому, сразу сложились прочные мутуалистические отношения с насекомыми — опылителями и млекопитающими — распространителями семян, тогда как динозавры, судя по некоторым косвенным данным, не смогли вступить во взаимовыгодные отношения с новыми доминантами растительного мира (см.: Butleret al., 2009). Не стало ли это одной из причин их упадка?

..\Бактерий не существует 2\Симбиоз

У появившихся в середине мелового периода покрытосеменных растений, по-видимому, сразу сложились прочные мутуалистические отношения с насекомыми — опылителями и млекопитающими — распространителями семян, тогда как динозавры, судя по некоторым косвенным данным, не смогли вступить во взаимовыгодные отношения с новыми доминантами растительного мира (см.: Butleret al., 2009). Не стало ли это одной из причин их упадка?

..\..\Важно\Кто мы\Бактерии-симбионты-паразиты\Симбиоз\Правильно выбирая друзей, можно спастись от конкурентов.txt

..\..\..\Как писать\Словари\Биология будущего\Игорь Край\Муравьиный лес и говорящие звери. Куда дальше пойдёт эволюция.txt

любое животное — это целый мир, гигантская экосистема, состоящая из миллиардов существ, которые живут сами по себе и в то же время являются частью единого целого.

ЧАСТЬ 2 ЭПИДЕМИИ

Глава 1. Дожди из животных. Красный дождь в Керале.Рыбные дожди.

Глава 2. Ядовитый дождь.Черная Смерть. Чума. Причина массовых психозов. Эрготизм. Холера. ВИЧ. Испанка. Холера. Оспа.Фипронил и гидрометилнон. Зачем бактериям вообще убиваль хозяина.

Глава 3. Сифилис.Бешенство. Эксперимент над собой.

Глава 4. Мертвечина и отравители. Мертвечина.

Глава 5.Несостоявшаяся биологическая война.

 

научные факты плохо понятны без примеров и неинтересны. Поэтому я посвящу три главы историям из тех времён, когда сторонники существования бактерий и их противники ещё боролись. Но к шестой главе я вернусь к "скучной" науке.

 

Источники и примечания.

Глава 1. Как найти бактерии.

[1]Девятнадцать различных аминокислот выявили исследователи в астероиде 2008 TC3, который упал на Землю в 2008 году, взорвавшись в атмосфере и породив множество осколков (метеоритов), оперативно найденных в Нубийской пустыне.http://www.membrana.ru/particle/4628

Метеорит «Мёрчисон» содержит органику. Этот кусочек скалы был сформирован 4,65 миллиарда лет назад, при рождении Солнечной системы.http://www.membrana.ru/particle/3710

За прошедшие три десятилетия знаменитый австралийский метеорит «Мёрчисон» (Murchison) не раз давал повод задуматься о внеземном происхождении жизни - в его недрах удалось обнаружить аминокислоты — как встречающиеся, так и не встречающиеся на нашей планете.

ксантин и урацил.http://www.membrana.ru/particle/12672

в комете найдена аминокислотаhttp://www.membrana.ru/particle/14036

 Молекулы антрацена зафиксировали в космосе специалисты из института астрофизики Канарских островов (InstitutodeAstrofisicadeCanarias) и университета Техаса (UT).

«Мы обнаружили антрацен в плотных облаках в направлении звезды Cernis 52 в созвездия Персея, примерно в 700 световых годах от Солнца»http://www.membrana.ru/particle/4196

https://ru.wikipedia.org/wiki/Антрацен

«Люди обнаруживали компоненты ДНК в метеоритах с 1960-х годов, но учёные не были уверены, действительно ли эти соединения были созданы в космическом пространстве или являлись лишь результатом земного загрязнения, — заявил Майкл Каллахан (MichaelCallahan), астробиолог из NASA. — В первый раз мы имеем три линии доказательств, которые в совокупности дают нам уверенность в том, что эти блоки ДНК на самом деле были произведены вне Земли».http://www.membrana.ru/particle/16550

В космическом пространстве впервые обнаружены анионы

умирающего красного гиганта IRC +10216 в созвездии Льва и в холодном молекулярном облаке TMC-1 в созвездии Тельца.

Исследователи обнаружили анион C6H–, который представляет собой линейную последовательность, состоящую из шести атомов углерода с одним атомом водорода в конце и одним «лишним» электроном. Раньше считалось, что такие анионы крайне редки — из-за воздействия ультрафиолета, пронизывающего космическое пространство и с лёгкостью отрывающего электроны от молекул.http://www.membrana.ru/particle/10929

аминоацетонитрил NH2CH2CNв центре Галактикиhttp://www.membrana.ru/particle/12431

глюкозу в составе Мерчисонскогометеоритаhttp://www.membrana.ru/particle/197

Весь космос наполнен химической основой жизни

полициклических ароматических углеводородахhttp://www.membrana.ru/particle/9264

В центре Млечного пути обнаружен замороженный сахарhttp://www.membrana.ru/particle/7582

В межзвёздном пространстве обнаружены аминокислотыhttp://www.membrana.ru/particle/7491

В протопланетарных дисках метанолhttp://www.membrana.ru/particle/6951

С помощью инфракрасного телескопа Spitzer астрономы смогли идентифицировать полициклические ароматические углеводороды в галактиках, расположенных так далеко, что мы видим их сейчас в момент времени, когда вся Вселенная была вчетверо моложе её нынешнего возраста и насчитывала приблизительно 3,5 миллиарда лет.http://www.membrana.ru/particle/8960

[2]С.В. Дигонский, В.В. Тен "Неизвестный водород" (роль водорода в полиморфизме твердых веществ, процессах твердофазного восстановления оксидов и спекания порошков) Санкт-Петербург наука 2006 http://readli.net/neizvestnyiy-vodorod/

Статья Склярова о ней https://lah.ru/carbon-text/

https://ru.wikipedia.org/wiki/Абиогенное_происхождение_нефти

[3]https://ru.wikipedia.org/wiki/Марсианский_метеорит#Метеоритные_свидетельства_жизни_на_Марсе

Окаменелости инопланетных бактерий разделили учёных https://cont.ws/@starograd/367623

метеорит с Марса содержит древние окаменелости http://www.dinos.ru/sci/20100510620).html

[4]В распиленном метеорите найдены возможные следы жизниhttp://www.membrana.ru/particle/9680

[5]https://ru.wikipedia.org/wiki/Нахла_(метеорит)#Наличие_жизни

[6] Мёртвые молекулы размножились. Самовоспроизведение молекул впервые реализовано в сложном раствореhttps://www.gazeta.ru/science/2008/08/27_a_2823088.shtml?updated

[7]Искусственные РНК копируют сами себя до бесконечности http://www.membrana.ru/particle/13438

[8]https://ru.wikipedia.org/wiki/Гипотеза_мира_РНК#Эволюция_РНК

Эволюция под управлением компьютера http://elementy.ru/novosti_nauki/430706

Эволюция по заказу. Химики научились управлять эволюцией биологических РНК-катализаторов https://www.gazeta.ru/science/2008/04/08_a_2689648.shtml

[9] Cairns-Smith, Alexander Graham,Seven Clues to the Origin of Life

10] УДК 579.556«Нанобактерии - новый экологический фактор и глобальный вызов» И.С. Барсков, Р.Г. Джамалов, Е.А. Овчинниковаhttp://hge.spbu.ru/download/nonob.pdf

https://ru.wikipedia.org/wiki/Нанобактерии

https://ru.wikipedia.org/wiki/Нанобы

Глава 2. Воспаление.

[10]После образования гидроксильных радикалов начинается целая череда неприятностей. Когда гидроксильный радикал атакует молекулу белка, липида или ДНК, он отнимает у них электрон и превращается в спокойнейшую молекулу воды. Однако обворованной молекуле теперь не хватает электрона. Вместо гидроксильного радикала образуется другой радикал — радикал белка, липида или ДНК. Как будто обворованный человек теряет разум, сам становится грабителем и не успокаивается, пока не обворует кого-нибудь еще. В этом суть всех реакций с участием свободных радикалов: один радикал всегда порождает второй, и если этот радикал тоже активен, происходит цепная реакция. Таким образом, основное свойство свободных радикалов — наличие неспаренного электрона, а основное свойство свободнорадикальных процессов — цепные реакции.

Мы все знакомы с проявлениями свободнорадикальных цепных реакций. Например, из-за них портится сливочное масло: жиры окисляются, и вкус становится прогорклым. Аналогичные процессы происходят в клеточных мембранах, в значительной степени состоящих из липидов. Это так называемое переокисление липидов. Все мучительные попытки остановить переокисление липидов оказывались безуспешными. Повреждения белков и ДНК заметны в меньшей степени, однако повреждение ДНК свободными радикалами является одной из главных причин генетических мутаций и отчасти объясняет высокую вероятность развития рака у людей, подвергшихся радиоактивному облучению.

Отрывок из книги НикаЛейна"Кислород. Молекула, изменившаямир".

[11]Я не нашел одного конкретного автора аутоиммунной теории старения. Первым идею якобы высказал И. И. Мечников. Многие ученые замечали, что подавление иммунитета в старости продлевает жизнь и отодвигает дряхление. Например, в 1969 г. ТакашиМакинодиан, коллега Адлера по институту гериатрии, продемонстрировал, что удаление селезенки у старых мышей почти удвоило продолжительность их жизни. (Селезенка – хранилище Т-клеток).

Элизабет Блэкбернhttps://ru.wikipedia.org/wiki/Блэкбёрн,_Элизабетсчитает, что все типичные старческие заболевания, так или иначе связаны с воспалительными реакциями, даже рак.Австралийка Элизабет Блэкберн, уже много лет работает в Калифорнийском университете (Сан-Франциско).

Не пытайтесь загуглить, что-нибудь полезное на эту тему. Поисковики выдают на запрос "аутоиммунная теория старения" выдают дибильные статьи. Вывод статьи прямо противоположен выводам ученых, на которых они ссылаются. В статьях – мы стареем из-за ослабления иммунитета, его надо "поддерживать иммуностимуляторами". Ученые же из статей говорили, что в старости иммунитет надо подавлять.

[12]При болезни Альцгеймера лимфоциты не клетки с повреждёнными митохондриями, а амилоидные клубки в мозгу. Они принимают их за инородное тело (только у стариков). Амилоид налипает на нейроны и забивает сосуды, только когда он неправильной формы (подробности в главе про прионы). Но аномальный амилоид только из-за свободных радикалов.Болезнь Альцгеймера прямо не доказывает митохондриальнуюисвободнорадикальную теории старения, но подтверждает аутоиммунную. Люди со слабым иммунитетом меньше подвержены Альцгеймеру, а противовоспалительные препараты отодвигают болезнь деменцию.

[13]Статья группа исследователей из Института экспериментальной и клинической травматологии имени Людвига Больцмана (Вена, Австрия). Статью опубликовал в журнал Antioxidants&RedoxSignaling.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25365698

Статья об этом на русском http://www.lsgeotar.ru/news/4169.html

[13] Расскажу об одном случае, когда на Марсе в очередной раз "нашли бактерии".

Фотосинтез может быть биогенный и абиогенный.Когда на H₂O падет ультрафиолет, она распадается на H иO₂ – абиогенный фотосинтез. В неживой природе этот процесс проходит долго. Растения ускоряют этот процесс во много раз – это биогенный фотосинтез.

Да, я сам был в шоке от того, что во время 6СО₂ + 6Н₂О → С₆Н₁₂О₆ + 6О₂ растения, оказывается, высвобождают кислород из воды, а не из CO₂

На планетах без магнитного поля жидкая вода долго не залеживается. Космическое излучение разлагает воду на H иO₂, водород улетает в космос, а кислород что-нибудь окисляет. Кислород – химически активный элемент: почти вся земная кора – оксиды. Почва марса – пероксиды и супероксиды: кислород окислил все минералы, а когда стало больше не с чем реагировать, пошёл по второму кругу и окислил минералы ещё раз. Фантасты вроде Лема не просто так описывали страх инопланетян перед "всесжигающим всеразрушающим кисотородом". В некотором роде мы –экстремофилы.

На Земле ультрафиолет тоже разлагает воду на H иO₂. Но растения производят кислород в 100 раз быстрей – в атмосфере много кислорода – и водород успевает покинуть планету, он реагирует с кислородом и остаётся.

В 1976 г марсоход«Викинг» провел три эксперимента для поиска признаков жизни в марсианской почве. Образцы обрабатывали питательным бульоном из смеси органических соединений и неорганических солей.  Гилберт Левайн, защитник идеи жизни на Марсе, назвал эту смесь "куриный бульон".

Вначале эксперимента  с бульона снимали крышку, чтобы пар увлажнил почву в емкости с образцом. Затем на почву бульон, чтобы запустить метаболизм предполагаемых организмов.

Как только робот открыл банку с "супом" из почвы начал выходить кислород — в 130 раз больше, чем показывали предварительные расчеты.  Сторонники жизни на Марсе ликовали, но это оказался не фотосинтез. Те же самые реакции происходили и в темноте, и даже после того, как образцы выдерживали при температуре 145°С на протяжении 3,5 часа, чтобы убить всё живое. Но когда после активной фазы выделения кислорода к образцу добавляли свежий бульон, кислород больше не выделялся. Газ выделялся газа даже если добавляли просто воду.

Вот что произошло. Марс красный, потому что ржавый.Я уже писал, что почва Марса – из пероксидов и супероксиды. Как только почва увлажнялась, неустойчивые оксиды железа распадались, реагировали с (-OH)-содержащими минераламии выделяли воду и кислород.

Как писал Ник Лейн (Лэйн) в книге «Кислород» – "Забавно, но героям из научно-фантастических романов, желающим обезвредить почву и наполнить марсианский воздух кислородом, понадобилось бы лишь немного теплой воды, и Красная планета могла бы стать голубой".

Кто-нибудь, наверное, заметил, что вся эта страница – из книги «Кислород» Ника Лейна. Но это не плагиат, а пЕрЕсКаз.

ПеРеСкАз – не воровство.

 

Глава 3. Иммунитет и транмисивный рак.

[13] Воспоминания о жизни до 8 лет исчезают, потому что мозг быстро растет, и разрываются нервные цепи.

[14]Люди неадекватно боятся рака так, что этим словом уринотерапевты заставят даже жрать говно. Если сказать "уровень тетрометилсвинца* и частота саркомы легкого коррелируют", у тебя потребуют док-ва. А если сказать "курение вызывает рак", то человек превращается в гамадрила и с пеной у рта кричит "запретить!"

*Компонент автомобильного выхлопа.

[15]Клетки собачьей саркомы превратились в самостоятельных паразитов 11 тысяч лет назад http://elementy.ru/novosti_nauki/432181/Kletki_sobachey_sarkomy_prevratilis_v_samostoyatelnykh_parazitov_11_tysyach_let_nazad

[16]Облик прародителя собак. Science, 2014, 343, 437–440, doi:10.1126/science. 1247167

[17]«Химия и жизнь» №5, 2016 Заразные раки. Наталья Резник, кандидат биологических наук.

[18]Паразиты. Тайныймир. ЦиммерКарл.Глава 1.

[19]"Rogue chromosome may be behind new contagious cancer striking Tasmanian devils". Elizabeth Pennisi sciencemag.org Jul. 10, 2017.https://www.sciencemag.org/news/2017/07/rogue-chromosome-may-be-behind-new-contagious-cancer-striking-tasmanian-devils

Глава 4. Бактерии – симбионты.

[20]Takahiro Hosokawa, Yoshitomo Kikuchi, NaruoNikoh, Masakazu Shimada, TakemaFukatsu. Strict Host-Symbiont Cospeciation and Reductive Genome Evolution in Insect Gut Bacteria // PLoS Biology. 2006. Volume 4. Issue 10.

[21] Кораллы обесцвечиваются из-за утраты взаимопонимания http://elementy.ru/novosti_nauki/430984/Korally_obestsvechivayutsya_iz_za_utraty_vzaimoponimaniya

[22]1) R. Cunning, R. A. Bay, P. Gillette, A. C. Baker & N. Traylor-Knowles. Comparative analysis of the Pocilloporadamicornis genome highlights role of immune system in coral evolution // Scientific Reports. 2018. DOI: 10.1038/s41598-018-34459-8.
2) Caroline V. Palmer. Immunity and the coral crisis // Communications Biology. 2018. DOI: 10.1038/s42003-018-0097-4.

[23]Бактерии-симбионты заменили морскому червю органы пищеварения и выделения elementy.ru/novosti_nauki/430331

[23]Э.Стил, Р.Линдли, Р.Бландэн "Что, если Ламарк прав?" Глава 3. Иммунная система.

Мутагенез в лимфоцитах — результат целенаправленного изменения ДНК и последующей «неточной починки» https://elementy.ru/novosti_nauki/430576

[24]https://meduniver.com/Medical/Microbiology/899.htm

Глава 5.Вирусы. МГЭ. Мейотический драйв.

[25]https://meduniver.com/Medical/Microbiology/899.html

[26]https://elementy.ru/novosti_nauki/165048

[27]Стил Эдвард - Что, если Ламарк прав? Иммуногенетикаиэволюция.

[28]Большинство МГЭ, которые не убивают организм быстро, под полным контролем своего носителя. Например, птицы и летучие мыши выкинули половину своей ДНК – все эти интроны, транспозоны, – того, чтобы сэкономить энергию для полёта. Хотя есть мнение, что наоборот к полету перешли только те позвоночные, у которых уменьшилась ДНК, по какой-то другой причине.

Chris L. Organ, Andrew M. Shedlock, Andrew Meade, Mark Pagel, Scott V. Edwards. Origin of avian genome size and structure in non-avian dinosaurs // Nature. 2007. V. 446. P. 180–184https://www.nature.com/articles/nature05621

полныйтекст — Pdfhttps://www.nature.com/articles/nature05621

перевод https://elementy.ru/novosti_nauki/430477

[29]Обращенные повторы — это последовательности нуклеотидов, комплементарные самим себе (мы помним, что нуклеотид А комплементарен нуклеотиду Т, нуклеотид Г — нуклеотиду Ц). Последовательности, комплементарные сами себе, называют также палиндромами, потому что они "читаются" при транскрипции одинаково в обе стороны. Вот пример генетического палиндрома: AAGCCCAA..........TTGGGCTT. Если вместо многоточия "вписать" ген транспозазы, получим модель простейшего транспозона.

[30]Супоницкий. СПИД.

[31] Exchange of Genetic Material Between Cells in Plant Tissue Grafts // Science. 2009. V. 324. P. 649–651.

https://science.sciencemag.org/content/324/5927/649.abstract

переводhttps://elementy.ru/novosti_nauki/431068

[32] Ignacia Fuentes, Sandra Stegemann, HieronimGolczyk, Daniel Karcher& Ralph Bock. Horizontal genome transfer as an asexual path to the formation of new species // Nature. 2014. V. 511. P. 232–235.

https://www.nature.com/articles/nature13291

переводhttps://elementy.ru/novosti_nauki/432287

[33]Annie Bézier et al. Polydnaviruses of Braconid Wasps Derive from an Ancestral Nudivirus // Science. 2009. V. 323. P. 926–930. https://science.sciencemag.org/content/323/5916/926.abstract

Переводhttps://elementy.ru/novosti_nauki/431008