Биохимия спиртового брожения: Основу технологии получения пива составляет спиртовое брожение, - при котором сахар превращается...
Адаптации растений и животных к жизни в горах: Большое значение для жизни организмов в горах имеют степень расчленения, крутизна и экспозиционные различия склонов...
Топ:
Отражение на счетах бухгалтерского учета процесса приобретения: Процесс заготовления представляет систему экономических событий, включающих приобретение организацией у поставщиков сырья...
Установка замедленного коксования: Чем выше температура и ниже давление, тем место разрыва углеродной цепи всё больше смещается к её концу и значительно возрастает...
Интересное:
Принципы управления денежными потоками: одним из методов контроля за состоянием денежной наличности является...
Что нужно делать при лейкемии: Прежде всего, необходимо выяснить, не страдаете ли вы каким-либо душевным недугом...
Влияние предпринимательской среды на эффективное функционирование предприятия: Предпринимательская среда – это совокупность внешних и внутренних факторов, оказывающих влияние на функционирование фирмы...
Дисциплины:
2019-11-28 | 252 |
5.00
из
|
Заказать работу |
|
|
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
Программные коды всех использованных в работе скриптов
Скрипт поиска последовательностей геномов, предназначен для определения координат заданных геномных последовательностей в файле.
Характеристики скрипта
Размер кода программы - 1,51 КБ
Количество строчек кода - 52
Код програмы:
text = input("Введите путь к файлу: ")
piece_of_text = input("Введите последовательность знаков: ")
output = input("Введите название нового файла: ")
numbers = [str(x) for x in range(10)]
|
len_of_piece = len(piece_of_text)
genom = []
beg = 0
numb = 0
new_text = ""
file = open(text, "r")
for string in file:
for number in numbers:
if number in string:
string = string.replace(number, "")
string = string.replace(" ","")
string = string.strip()
new_text += string
len_new_text = len(new_text)
numb_mas = []
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
print(numb_mas)
piece_of_text = piece_of_text[::-1]
print(piece_of_text)
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
file.close()
new_file = open(output, "w")
new_file.write(str(genom))
new_file.write(str(numb_mas))
new_file.close()
print('Ваш файл сохранен.')
Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_2 спейсер 5(846495-846560)
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_4 спейсер 9(1222847 -1222912)
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635975
NZ_CP013840_2 спейсер 3(790897-790962)
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001020185
NZ_CP011535_2 спейсер 3(1100792-1100857)
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans GS-5 34
NC_018089_2 34 спесер (1420125...1420185)
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans NN2025 60
NC_013928_2 60 спесер (746697...746762)
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans UA159
NC_004350_1 3 спесер (1328012...1328077)
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 12 спесер(823708...823773)
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 14 спесер (823840...823905)
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG обнаружен в геноме исследуемого фага
Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов
Streptococcus phage APCM01
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA (30481...30513)
Streptococcus phage APCM01
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT (1571...1600)
|
Streptococcus phage M102
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG (13449...13478)
Streptococcus phage 20617
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA (7663...7692)
Streptococcus phage 20617
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG (27571...27600)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13215...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT (1320...1353)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13216...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC (17995...18024)
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
|
|
Опора деревянной одностоечной и способы укрепление угловых опор: Опоры ВЛ - конструкции, предназначенные для поддерживания проводов на необходимой высоте над землей, водой...
Кормораздатчик мобильный электрифицированный: схема и процесс работы устройства...
Семя – орган полового размножения и расселения растений: наружи у семян имеется плотный покров – кожура...
Историки об Елизавете Петровне: Елизавета попала между двумя встречными культурными течениями, воспитывалась среди новых европейских веяний и преданий...
© cyberpedia.su 2017-2024 - Не является автором материалов. Исключительное право сохранено за автором текста.
Если вы не хотите, чтобы данный материал был у нас на сайте, перейдите по ссылке: Нарушение авторских прав. Мы поможем в написании вашей работы!