После ликвидации ГКЧП В.Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ, получив звание подполковника запаса.

В конце 1991 - начале 1992 гг. В.Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики Поскольку "...единственным источником поступления продуктов в регион с января по февраль 1992 года может стать их импорт в обмен на экспорт", В.Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере 124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов - тантал, ниобий, гадолиний, церий, цирконий, иттрий, скандий, иттербий), а возглавляемому им КВС - "право на распределение квот и выдачу лицензий" (La Repubblica, 13.07.2001). 1 февраля 1992 председатель КВЭС Петр Авен визировал письмо В.Путина, а 25 марта 1995 Минэкономики предоставило КВС Санкт-Петербурга право подписывать экспортные лицензии. Еще до получения официального разрешения В.Путин подписал 4 документа: две лицензии - компании "Невский дом" на вывоз нефтепродуктов и малому предприятию "Ленинградское общество "Красный Крест" (МП "ЛОКК") на вывоз алюминия и редких металлов, и два контракта - поручение Международному коммерческому центру Григория Мирошника вывезти 150 т. нефтепродуктов в обмен на мясо, картофель и сахар и поручение акционерному обществу "Фивекор" экспортировать 50 тыс. кубометров леса в обмен на сухое молоко. Однако большинство лицензий и договоров (в том числе не менее 13-ти, оформленных до получения официального разрешения Минэкономики) подписывал от имени КВС не сам В.Путин, а его заместитель Александр Аникин. В четырех случаях договоры заключались от имени КВС с формулировкой "в лице Путина В.В.", но подписывались также А.Г.Аникиным.

Января 1992 по решению 13 сессии Петросовета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС во главе с Мариной Салье (председателем комитета Петросовета по продовольствию) и Юрием Гладковым.

М.Салье вспоминает, что сырье, в т.ч. содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу "по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных". В частности, в договоре КВС с российско-германским СП "Джикоп" (основной акционер - гражданин Германии Питер Бахман), которому КВС выдал лицензию на вывоз 13.997 кг редких металлов, цена на 1 кг скандия устанавливалась в 72,6 немецких марок, тогда как цена скандия на мировом рынке в 2000 раз выше - 150 тыс. немецких марок (Сам В.Путин этот договор не подписывал - он подписан одним из его заместителей). Цены на другие редкие металлы были занижены в 7, 10 или 20 раз.

В договорах КВС для фирм предусматривались комиссионные. В договоре от 3 января 1992 с МП "ЛОКК", подписанном лично В.Путиным, комиссионные составляли 25% (540.000 долларов), в договоре с "Интерлесбиржей", заключенном "в лице председателя Комитета Путина В.В." и подписанном А.Г.Аникиным, комиссионные составляли 50% (5.983.900 долларов).

Рабочая группа М.Салье рекомендовала мэру отстранить В.Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации президента. О результатах расследования был официально извещен также председатель КВЭС П.Авен.

Прокуратура криминала в деятельности В.Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А.Собчаку представление о "некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий". Председатель КВЭС П.Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее, заместитель В.Путина А.Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В.Путина сделок была расторгнута.

В качестве председателя КВС В.Путин лично курировал создание в 1992 году Петербургской валютной биржи, подписание в 1992 году договора о консультировании мэрии крупной международной аудиторской фирмой KPMG, инвестиционный проект по организацию производства в Санкт-Петербурге "Кока-колы". Способствовал приходу в город ряда немецких компаний - в частности, при его содействии был открыт BNP-Drezdner Bank (Rossija) - один из первых иностранных банков на территории России.

В 1992 году во главе городской делегации В.Путин посетил Франкфурт-на-Майне, где он и другой член делегации, Владимир Смирнов (друг и компаньон "авторитетного" петербургского бизнесмена Владимира Кумарина-Барсукова) убедили группу франкфуртских инвесторов создать немецкую компанию "S.Peterburg Immobilien und Beteilgungen Aktiengesellshaft" (известную также как SPAG), которая через посредство дочерних российско-немецких компаний занялась бы инвестированием в петербургскую недвижимость. Четыре чиновника петербургской мэрии, в том числе В.Путин, вошли в состав наблюдательного совета SPAG; Путин был заместителем председателя наблбдательного совета.

Фирму SPAG возглавил гражданин Лихтенштейна Рудольф Риттер, а петербургское АО "Знаменская", гендиректором которого был В.Смирнов (а членом правления - В.Кумарин-Барсуков) стала петербургским филиалом SPAG'а. 200 акций SPAG'а получила в собственность мэрия, от имени которой В.Путин передал их в управление В.Смирнову ("Newsweek", 03.09.2001). (В 1999 году фирма SPAG именно в связи с причастностью к ней нового российского премьера В.Путина подверглась проверке со стороны германской Федеральной разведывательной службы BND. По результатам проверки BND обвинила Р.Риттера в том, что он занимался отмыванием денег как для российских криминальных группировок, так и для колумбийских наркоторговцев - кокаинового картеля Кали. В мае 2000 г. Риттер был арестован в столице Лихтенштейна Вадуце, а летом 2001 ему были официально предъявлены эти обвинения (La Repubblica, 13.07.2001; "Newsweek", 03.09.2001).

Внештатным советником фирмы SPAG В.Путин формально оставался до марта 2000 года (Le Monde, 25.06.2000 со ссылкой на директора фирмы Маркуса Резе).