Использование двумерной модели, созданной в одном из простых химических редакторов

Этот способ является основным, поскольку позволяет создать трехмерную модель любой сложной конфигурации. При нажатии одной из кнопок на панели инструментов, соответствующей одинарной (наклонная черта), двойной (две наклонных черты) или тройной (три наклонных черты) связи, курсор в рабочем поле окна принимает вид перекрестья. Для того чтобы получить трехмерную модель молекулы из двух углеродных атомов, достаточно провести черту при помощи левой клавиши мыши в рабочем поле окна. Нужное количество атомов водорода, соответствующее выбранному типу связи, будет добавлено автоматически. Дальнейшее редактирование может проводиться добавлением новых связей взамен выбранных атомов водорода, изменением геометрии модели, путем перетаскивания мышью выбранных атомов, созданием циклов, путем переноса и последующего наложения нужных атомов углерода, образующих цикл, изменением типа связи. Для того чтобы изменить тип связи, нужно щелкнуть покнопке на панели инструментов, соответствующей нужному типу связи, и с нажатой клавишей мыши соединить чертой два выбранных атома углерода. Для создания модели с гетероатомами, например кислорода или азота, нужно выбрать на панели инструментов кнопку текстового ввода (кнопка с буквой «А»), выделить щелчком мыши нужный атом (водорода или углерода) и набрать в текстовом поле символ необходимого атома или брутто-формулу заместителя. В процессе редактирования возможно вращение созданной модели или отдельных ее частей в пространстве, изменение размеров отображаемой области, отражение и перемещение. Вращение модели в двух перпендикулярных плоскостях производится при помощи полос прокрутки в нижней и правой частях рабочей области окна. При помещении курсора в область полос прокрутки он приобретает вид ладони. Перемещая в таком состоянии курсор с нажатой левой клавишей мыши вдоль полосы прокрутки, можно вращать модель вокруг горизонтальной и вертикальной оси (правая вертикальная и нижняя полосы прокрутки соответственно). Если необходимо вращать отдельные элементы модели вокруг выбранной связи, нужно выделить нужную связь, выбрав щелчком мыши один или более нужных атомов. Выбор атомов производится при нажатой кнопке на панели инструментов. При необходимости выделить, несколько атомов нужно щелкать на них, удерживая нажатой клавишу Shift, или обвести атомы рамкой с нажатой клавишей мыши. Вращение группы атомов вокруг выделенной связи производится перемещением левой вертикальной полосы прокрутки. Выбор клавиши на панели инструментов позволяет одновременно вращать модель в двух плоскостяхпроизвольном направлении. Изменение размеров отображаемой области может осуществляться нажатием кнопок в нижней части рабочего окна (левая кнопка соответствует уменьшению размеров модели, правая − увеличению) или выбором пунктов меню Tools/Reduce (уменьшить, функциональная клавиша F8) и Tools/Magnify (увеличить, клавиша F7). Чтобы переместить в плоскости экрана атомов, нужно выделить их и, установив указатель курсора на один из выделенных атомов, перемещать по экрану с нажатой левой клавишей мыши.

Программа допускает различные способы визуализации трёхмерной модели. По умолчанию используется представление Cylindrical bonds (рисунок 3.1). Существует много других представлений, каждое из которых пользователь может настроить по своему усмотрению. Выбор конкретного представления модели и настройка изображения производятся в окне Settings пункта меню View.

После того как создана пространственная модель исследуемого соединения, могут быть изучены, а при необходимости изменены геометрические параметры модели − длины связей валентные углы между атомами.

Рисунок 3.1Визуализация изомеров координационного иона [Pt(NH₃)₄ClBr]²⁺

Анализ геометрии модели производится выбором вкладки меню Analyze/Show Measurements, в котором можно выбрать соответственно пункты Show Bond Lengths (Показать длины связей), Show Bond Angels (Показать валентные углы), Show Dihedral Angels (Показать двугранные углы), Show Close Contacts (Показать ближайшие контакты).

Если необходимо отключить отображение порядковых номеров для каких-либо атомов модели, следует выделить их при помощи мыши и на вкладке Show Serial Numbers пункта меню Object установить значение Hide (Спрятать). При отображении геометрических параметров модели в окне Measurements справа от поля с обозначением атомов, к которым относится соответствую щий параметр (например, длина связи), выводятся два числовых поля: Actual и Optimal. В поле Actual содержатся действительны значения параметра модели (например, длина соответствующей связи в ангстремах), в поле Optimal выводятся значения данного параметра, устанавливаемые для данной группы атомов по умолчанию в базе данных Chem3D. Для того чтобы изменить какой либо из геометрических параметров модели, достаточно щёлкнуть мышью в поле Actual для соответствующей группы атомов и набрать на клавиатуре нужное значение. После нажатия клавиши Enter в окне модели будет изменен соответствующий размер. Для чтобы присвоить всем длинам связей и валентным углам cстандартные для соответствующих элементов значения, необходимо выделить мышью нужную часть модели или все соединение и выбрать пункт меню Tools\Clean Up Structure.