Oligonukleotide фаги для гены устойчивости

В табл. 5-Tab. 9 перечисленных Oligonukleotide были с программой

Primer Select (ДНК-Star, Висконсин), избегая вторичных структур и грунтовки

Dimeren создает. Их температуры плавления и специфичность была с Интернета бесплатно

чтобы увидеть больше программ Primer калькулятор и FastA проверено. Для последующего

Чтобы позволить использование в качестве зондов для чип-гибридизации, следили за тем,

что температура плавления всех созданных Oligonukleotide не более чем на 4°C (48-

52°C) варьируется. Из таблицы от олигонуклеотидов понял Гену идет, которого

Последовательность и длина, но также привязку позиции в Гене или в длину

Обнаружение гена особо выступающей ПЦР-продукта.

Которые Oligonukleotide были от компаний Metabion (планег-Martinsried) и Carl Roth

GmbH & Co (Карлсруэ) относительно. Хранение в Ч2O растворенных PCR Primer-

Маточный раствор с концентрацией 100 пмоль/мкл происходит при -20°C. Для

Номенклатура Primer первые буквы, подлежащих amplifizier гена были

используется. Добавка F-Вперед-Primer, R-Обратный праймер. При

Обозначение Primerpaars заменить эту аббревиатуру через X.

Page 34

2. Материал и методы

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Primer-

Название

Ген цели/

АКК. nr.

Последовательность (5‘-3‘)

ВР тм

Поз.

Prod.

Длина

Ads_Eps_F1

eps

CTTCAAGTGTCACTGGTCATT

21 50,5 1000-1020

Ads_Eps_R1

AF03648

AF100297

AF100298

TTCCCATATTCTTTCGCTTCAA 49,3 22 1768-1789

Inj_Pip_F1

pip

TCGCCCGACAAAGAGAAG

18 50,3 1213-1230

Inj_Pip_R1

L14679

AGCGCTGTGTAGAAAGGTGT

20 51,8 2100-2119

Tab. 5. Праймеры для детекции генов для угнетение фаги и адсорбции

Инъекции фаги ДНК

Primer-

Название

Ген цели/

АКК. nr.

Последовательность (5‘-3‘)

ВР тм

Поз.

Prod.

Длина

RM1_Lld1_F1

RM тип I

hsdR

GGGCCACTCCTTCACTCC

18 51,4 1405-1422

RM1_Lld1_R1

AF034786

U90222

GGTCGGCTTCGCTTTGTTTAT 21 51,4 2321-2341

RM1_Lla1403_F2 RM тип I

hsdR

AGCGGCTGCCCCTAAAGT

18 52,6 924-941

RM1_Lla1403_R2 AF013165 AGCTAACATCGCCTGAAAAAC 50,5 21 1582-1602

Tab. 6. Праймеры для амплификации ограничением и модификация системы I-гены.

Page 35

2. Материал и методы

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Primer-

Название

Ген цели/

АКК. nr.

Последовательность (5‘-3‘)

ВР

Тм

Поз.

Prod.

Длина

RM2_ScrFM1_F1 RM тип II

hsdM

AAGCGAATTTTGGAGACGAAC 21 50,5 353-372

RM2_ScrFM1_R1 U89998

M87289

CATGAATGGTGGGAACTGC

19 51,1 1105-1123

RM2_ScrFR_ F1 RM тип II

hsdR

GGGCACTGGTTAGAAGAAC

19 51,0 103-121

RM2_ScrFR_ R1 U 89998 CGCCTATTGAATCGGTTGTA

20 49,7 621-640

RM2_Lla1R1_ F2 тип RM II

hsdR

GGGTTTATTGGAGGGACTTATT 22 51,1 187-208

RM2_Lla1R1_R2 U17233

TCGTGCGTTCAACTTTTCTAC

21 50,5 752-772

RM2_Lla1R2_ F3 II типа RM

hsdR

GTTTCATAGAGGCCCGTTTAC 21 52,4 186-206

RM2_Lla1R2_R3 U17233

TGACCCAACTGCTTATCTTCC

21 52,4 681-701

RM2_Lla1R3_ F4 RM тип II

hsdR

CACTTTCGGTGATTTAGATGTG 22 51,1 66-87

RM2_Lla1R3_R4 U17233

ATCATCGCCTCCGTCAAGA

19 51,1 533-551

RM2_Lla2R_ F5

RM II типа

hsdR

TATGGCAACACTTTCCGTAAC

21 50,5 54-74

RM2_Lla2R_ R5 U16027

CTCCACCGCCGTAGTAAT

18 50,3 697-680

RM2_LlaB1R_F6 RM тип II

hsdR

TAATTGGATGGGGACCTATGAT 22 51,1 329-350

RM2_LlaB1R_R6 X97263

ACTTTGGCTTGATCTCCTCTAA 23 51,1 710-731

RM2_LlaB2R_F7 RM тип II

hsdR

ATTCAAACAGCCGATAACACC 21 50,5 469-489

RM2_LlaB2R_R7 Y12736

TCGGAGCTTTTGAATAGACACA 22 51,1 1176-1197

RM2_LlaC1R_F8 RM тип II

hsdR

AGGTCGTAGATTCTTTATTGTTT

GT

25 51,1 39-63

RM2_LlaC1R_R8 AJ002064 GAAGCACTTGAGGTAGATTGG 21 52,4 760-780

RM2_LlaD2R_F9 RM тип II

hsdR

GGCTATATTGAAATTGATGATG

C

23 50,0 19-41

RM2_LlaD2R_R9 Y12707

GGACGCCTTCCAACAGC

17 51,9 424-440

RM2_LlaKR2_F10 RM тип II

hsdR

CATCATTAGTCGCCAGTTCTTTA 23 51,7 425-447

RM2_LlaKR2_R10 AF051563 TGATTACGATGATAGCGATTTA

CA

24 50,6 1450-1473

Tab. 7. Primer ограничением для & System II Модификация генов.

Page 36

2. Материал и методы

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Primer-

Название

Ген цели/

АКК. nr.

Последовательность (5‘-3‘)

ВР тм

Поз.

Prod.

Длина

RM3_LlaF1R_F1 RM тип III hsdR TGCGGTCGCTAAACTCAAC 19 51,1 1239-1257

RM3_LlaF1R_R1 AF054600

ACCAAGCCCAACTCTAAACC 20 51,8 2206-2225

Tab. 8. Грунтовка для определения ограничением и модификация системы III-Gens.

Primer-

Название

Ген цели

Последовательность (5‘-3‘)

ВР

Тм

Поз.

Prod.

Длина

AbiA_F

Авия

GATCCGAAAAGTGCATTAGTCT

22 51,1 526-547

AbiA_R

(U17233/

M63080)

ACCCATCTATTAACTTTCCTTCTG

24 52,3 1652-

AbiB_F

Авива

GATAACATGCCAATTCCAACTG

22 51,1 85-106

AbiB_R

(M77708/

I42567)

ATCGGTATTACTTTTATTTCGTCT

24 48,9 567-590

AbiC_F

abiC

CCTAGTTTTGGATTATGGTATGG

23 49,5 115-137

AbiC_R

(M95956) AAATCTTTTGTTTAGGCTCTTCA

23 49,3 669-647

AbiD_F

Абид

GGAGAGCTACAAGTCGGTGAGT

22 51,8 385-406

AbiD_R

(U10992) TAGGGGCATAAAAAGTTGGTG

21 51,3 808-788

AbiD1_F

abiD1

ATAGTCCAGCATTTAAGCATCATA

24 49,9 545-568

AbiD1_R

(L35176)

ACCCAATCCTCAGAAAAACC

20 49,7 1031-

AbiE1_F

abiE1

TTAAAAGTGTTTATCCCTTTCCTCA 25 48,3 324-348

AbiE1_R

(U36837) AAAGCTTTAGTGTTTCAGCCATACG 49,5 25 809-785

AbiE2_F

abiE2

AGAAGGATTTCGTCAAGTCATTATA 25 49,0 95-119

AbiE2_R

(U36837) TCTTTGATACCATCCACGTTTAGAT 49,7 25 828-804

AbiF_F

abiF

TTTATGTGCAGAATACCAAGAGTC

24 50,0 384-407

AbiF_R

(U36837) AATAGGATTTTCGCAAGTTAGC

22 49,6 847-826

AbiG1_F

abiG1

GCAGAGGGAAAAGCACAAA

19 50,3 136-154

AbiG1_R

(U60336) ACACTAAAATTCAAAAGACCATTCT 25 49,8 590-566

AbiG2_F

abiG2

GTTTGGAGGTGCTTTGGAGA

20 51,7 405-424

AbiG2_R

(U60336) CCGCTGTTTTAACCGTAGTATC

22 50,5 1027-

AbiH_F

abiH

GGAGCGATTTTGAAGAACAGAC

22 52,3 182-203

AbiH_R

(X97651) TGGCGAATGAAATCCTAATACTAC

24 51,6 636-613

AbiI_F

abiI

TCGTAACAAATATAGGATGAATGG

24 50,6 180-203

AbiI_R

(U38973) TTTATCGTGTGGTATCTCATTTTA

24 48,9 960-983

AbiK_F

abiK

TTTGCAGATTATTTAAGGAGTCAT

24 49,3 178-201

AbiK_R

(U35629) TGCCATGTGTTTCGTCGTAT

20 51,2 637-618

Page 37

2. Материал и методы

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

AbiL1_F

abiL1

CAAACGCTTCTGGTAAATCAA

21 50,0 158-178

AbiL1_R

(U94520) CTTCATCACCTGGTCCTAACAC

22 50,3 661-640

AbiL2_F

abiL2

AAGGAGGGTATTCAATCACAGTT

23 50,5 424-446

AbiL2_R

(U94520) CAAGACATTCATTATTCGTTTCAA

24 50,9 841-818

AbiN_F

abiN

(Y11901/

TTTAATAAGGAGTTACAGATTGATG 49,5 25 61-85

AbiN_R

A59848/

I82512)

CTCCTAGTTTGTTATTTACACTTTC

25 51,1 502-526

AbiP_F

abiP

ATTGGAGCTGGATTAGGTGTCT

22 51,3 88-109

AbiP_R

(U90222/

I42574)

CTAATTTTTGCATATCGGTTTTC

23 50,0 712-690

AbiQ_F

abiQ

CCAGCACTTATGTAGGGGTTGT

22 52,5 125-146

AbiQ_R

AF001314 CTTTTTCATGAGCAGCTTTTCTAT

24 51,3 466-443

AbiM_F1_ges abiM

GATGGCAGAAATGTTGAGC

19 49,0 34-52

AbiM_R1_ges U41294

CATTTTTATCCCACCTATTGTC

22 49,3 786-807

AbiM_F2_ges abiM

TCAATGCTAAACCGAAATACACA

23 49,9 364-386

AbiM_R2_ges U41294

ATTATAGACCCTAAACACTGAATC

24 50,6 1062-

Tab. 9. Праймеры для ПЦР-обнаружение "Абортивных Infection of Phages"-гены.