Локализация возбудителей и диагностическое значение ПЦР

· Цитомегаловирус - (кровь,клетки крови,биоптаты, СМЖ, соскобы, слюна, грудное молоко)

· Helicobacter pylori (биоптаты ЖКТ, зубной налет, фекалии)

· Папилломавирусы человека (эпителий слизистой, биоптаты слизистой)

· Трихомонады, гонококки, хламидии, гарднереллы, кандиды (соскоб УГТ, осадок мочи)

· Токсоплазма гондии (ликвор,кровь, АЖ)

· Шигеллы, салмонеллы (фекалии)

· Энтеровирусы (ликвор, фекалии, сточные воды)

Ошибки, встречающиеся при проведении ПЦР-диагностики

· Контаминация пробы на стадии отбора материала

· Загрязнение пробы примесями, ингибирующими ПЦР

· Отбор материала выполнен неадекватно, в пробе отсутствуют клеточные структуры.

· Разрушение ДНК при транспортировке и хранении пробы

· Потери ДНК во время пробоподготовки

· Контаминация в отдельных пробах

· Тотальная контаминация

Достоинства ПЦР – анализа:

· Высокая скорость

· Высокая производительность

· Высокая чувствительность и специфичность

· Эффективность в отношении диагностики медленно растущих и некультивируемых микроорганизмов

Недостатки ПЦР – анализа:

· Узкая направленность (нужно предполагать возбудителя).

· Проблема контаминации – строгий режим постановки.

· Наличие ингибиторов (гепарин при анализе крови).

· Не всегда подходит для контроля после лечения (Обнаруживают как живых, так и умерших м/о), не раньше, чем через 1 месяц.

Открытие вирусов, основы классификации

Вирусология -наука о вирусах (син. вирусные частицы, вирионы, вироспоры). Вирус – яд (с греч.)

· Вирусы- микроорганизмы, неклеточные формы жизни

Дмитрий Иосифович Ивановский

· 1892 – фильтрующийся вирус растений – вирус табачной мозаики

· 1896 -первый вирус человека и животных

o вирус ящура род Aphthovirus,

· сем. Picornaviridae.

Основные принципы организации вирусов:

· неклеточное строение

· отсутствие транскрипционно-трансляционного комплекса

· у вирусов нет органелл, ответственных за получение энергии

· всегда только один тип нуклеиновой кислоты: РНК или ДНК.

· неинтегральный способ репродукции

Самый крупный – вирус оспы Ø 300-450нм

Самый мелкий - вирус ящура Ø ~ 27 нм

Систематика вирусов

Царство вирусов разделено на семейства.

Названия сем. заканчиваются на: – viridae

сем. Picorna viridae

сем. Rhabdo viridae

Для вирусов человека и животных внутри семейства существует деление на рода.

Родовое название заканчивается: – virus

род Influenzа virus – вирус гриппа

род Aphtho virus – вирус ящура

Основы классификации вирусов

· в клетках любых живых организмах:

· прокариот (археев и бактерий)

· растений, водорослей, грибов

· животных и человека

· взаимодействуют с живыми организмами на разных уровнях:

o Клетка

o Орган

o Организм (м.б. весь)

o Популяция

Классификация. Тип строения вириона и механизм взаимодействия с клеткой-хозяином

· Бактериофаги - инъекция НК в бактериальную клетку, вирус внутрь не проникает.

· Вирусы растений - заражение через ранки или при укусе насекомых.

· Вирусы человека и животных – эндоцитоз.

· Вирусы вирусов

Классификация. Характеристика природы хозяина

· Естественные хозяева - вирус натуральной оспы

· сем. Poxviridae

· Случайные хозяева - вирус Эбола

· (сем. Filaviridae).

· Очаговые хозяева - вирус клещевого энцефалита

· (сем. Flaviviridae)

· Вирусы-сателлиты - дельта вирус (сателлит ВГВ)

Строение вирусной частицы

· Целым вирус бывает только в покоящемся состоянии.

· Вирус состоит из:

· белковой оболочки – капсида.

· Капсид образован белками – капсомерами.

· Внутри капсида находится НК.

· белковый капсид + НК = нуклеокапсид.

1 — вирусы оспы; 2 — вирусы герпеса; 3 — аденовирусы; 4 — паповавирусы; 5 — гепаднавирусы; 6 — парвовирусы; 7 — парамиксовирусы; 8 — вирусы гриппа; 9 — коронавирусы; 10 — аренавирусы; 11 — ретровирусы; 12 — реовирусы; 13 — пикорнавирусы; 14 — капицивирусы; 15 — рабдовирусы; 16 — тогавирусы, флавивирусы; 17 — буньявирусы.

Форма белкового капсида определяет форму симметрии

1. икосаэдрическая симметрия (12 вершин, 20 граней, 30 ребер).

голые – только капсид (например:

сем. Picornaviridae)

одетые – окружены мембраной

сем. Retroviridae.

2. спиральная симметрия –

сем. Filaviridae.

3. несимметричные (р. Lyssovirus – вирус бешенства)

Белки на мембране вирусов

· Мембрану получают от клетки хозяина.

· В мембрану от клетки-хозяина встроены вирусные белки рецепторы (син. – иглы, шипы, spikes) - гликопротеины (гликолизированные белки).

· Рецепторы на поверхности ВИЧ

Особенности генома вирусов

· Для вирусов характерна индивидуальность:

один вирус вызывает грипп,

другой оспу,

третий – ВИЧ.

· В развитии патологии респираторного тракта – ОРВИ участвуют 6 сем. вирусов.

· Необходимо помнить, что вирусы постоянно меняются, быстро эволюционируют.

· Например: HIV за 80-100 лет эволюционировал от SIV.