Митрополит Московский и Коломенский.

       27 июня (10 июля) 1882 года во второй год мирного Царствования Государя Императора Александра III Александровича «Миротворца» (1845-1894), в славный День памяти Святого преподобного Сампсония Странноприимца и воспоминания 173-летия победы Русских войск под градом Полтава 56-летний Высокопреосвященный Иоанникий (Руднев) Высочайше назначен был Митрополитом Московским и Коломенским.

В первопрестольной столице Российской Империи граде Москва Митрополитом Иоанникием (Рудневым) освящено было 32 храма:

1. Во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, при Александровском приюте. Молчановка, Борисоглебский переулок. Церковь освящена 11 сентября (4 октября) 1882 года, а придел во имя Космы и Дамиана – 21 октября (3 ноября) 1890 года.

2. Во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, при училище имени Принца Ольденбургского. Коровий Брод, Бригадирский переулок. Освящена седьмого (20) октября 1882 года.

3. Во имя Святого Пророка и Крестителя Иоанна Предтечи, в Доме имени И. Г. Фирсанова. Грузины, Соколовский переулок. Устроена в 1883 году.

4. Храм Христа Спасителя. Заложен 10 (23) сентября 1839 года. Архитектором был К. А. Тон. Освящен 26 мая (8 июня) 1883 года. Главный престол во имя Рождества Христова. Приделы во имя Святителя Николая Чудотворца и Святого благоверного Великого Князя Александра Невского. Храм построен в память войны 1812 года.

5. Во имя Живоначальной Троицы, при больнице Святого равноапостольного Великого Князя Владимира. Угол Покровской-Дворцовой улицы и Матросской Тишины. Построена на средства Графа Дервиза архитектором А. П. Поповым. Освящена первого (14) июня 1883 года.

6. Во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радости», во владении баронов Ляпиных, на Большой Серпуховской. Освящена второго (15) февраля 1885 года.

7. Во имя Святого великомученика Георгия Победоносца, при Военно-фельдшерской школе. Лефортово, Кадетская площадь. Устроена в 1885 году.

8. Во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, в Александровском коммерческом училище, на Старой Басманной. Построена в 1885 году.

9. Во имя иконы Божией Матери «Взыскания погибших», в Александро-Мариинском приюте. Сущево, Перуновский переулок. Освящена 27 апреля (10 мая) 1886 года.

10. Во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, на дворе больницы имени Государя Императора Александра III. Земляной Вал, Малый Казенный переулок. Построена в 1886 году.

11. Во имя Воздвижения Креста Господня, при Ямских училищах, за Тверскою заставой. Построена в 1886 году. Придел во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского.

12. Во имя иконы Божией Матери «Казанской», что у Калужских ворот. Главный храм построен в 1876–1886 годах. Архитектор – Н. В. Никитин. Освящение состоялось 21 сентября (4 октября) 1886 года. Трапезная и колокольня выстроены в 1853–1855 годах. Приделы во имя Воздвижения Креста Господня и Святителя Николая Чудотворца.

13. Во имя Покрова Пресвятой Богородицы, во Внуковской богадельне. Бутырки, Малая Панская улица. Устроена в 1886 году.

14. Во имя Введения Пресвятой Богородицы во храм, в Мариинском епархиальном женском училище, на Большой Ордынке. Освящена 17 (30) октября 1886 года.

15. Во имя Святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, в Земледельческой школе на Смоленском бульваре. Освящена восьмого (21) февраля 1887 года.

16. Во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радости», в Бахрушинской больнице, на Стромынке. Построена в 1887 году.

17. Во имя Святого великомученика Пантелеимона Целителя. На дворе Бахрушинской больницы. Освящена шестого (19) сентября 1887 года.

18. Во имя Святой Анны Пророчицы, в Доме призрения имени Мазуриных, на Котельнической набережной. Освящена 22 ноября (5 декабря) 1887 года.

19. Во имя Святого преподобного Герасима, при Хлудовском доме призрения, в Сыромятниках. Освящена восьмого (21) мая 1888 года. Приделы во имя Святых первоверховных Апостолов Петра и Павла и Святой Преподобной Пелагеи.

20. Во имя Святого благоверного Великого Князя Владимира, при Ремесленном приюте, в Казанском переулке, у Калужских ворот. Построена в 1888 году.

21. Во имя Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, в приюте имени Государя Императора Александра II, на Якиманке. Устроена в 1889 году.

22. Во имя Святителя Филарета Милостивого, при Ермаковской богадельне, за Трехгорной заставой. Освящена 24 ноября (7 декабря) 1889 года. Внизу церковь во имя Успения Праведной Анны, освященная 28 июня (11 июля) 1893 года.

23. Во имя Святителя Григория Неокесарийского, на дворе Павловской больницы, у Серпуховской заставы. Освящена третьего (16) июня 1890 года.

24. Во имя Святого преподобного Сергия Радонежского, при Лепехинской лечебнице. Покровка, Тупой переулок. Построена в 1890 году.

25. Во имя Святого преподобного Сергия Радонежского, при приюте имени Великого Князя Сергия Александровича, на Остоженке. Построена в 1890 году.

26. Во имя иконы Божией Матери «Знамение», во 2-й Градской больнице, на Калужской улице. Освящена 12 (25) октября 1890 года.

27. Во имя Пророка Осии, в Покровских казармах. Освящена 23 октября (5 ноября) 1890 года. При ней подвижная церковь Самогитского полка во имя Святителя Николая Чудотворца и Царицы Александры, освященная 14 (27) ноября 1894 года.

28. Во имя Всех Святых, в Алексеевском монастыре. Построена в 1887–1891 годах. Придел во имя «Казанской» иконы Божией Матери.

29. Во имя Святителя Вселенского Иоанна Златоуста, в Донском монастыре. Построена в 1888–1891 годах Е. А. Первушиной. Отделана и освящена нижняя церковь во имя Святой Екатерины Мученицы.

30. Во имя Святых Князей Феодора, Давида и Константина, Смоленских и Ярославских Чудотворцев, в Морозовской богадельне. Николоямская, Шелапутинский переулок. Освящена 20 июня (3 июля) 1891 года.

31. Во имя иконы Божией Матери «Тихвинской», в Скорбященском монастыре. Построена в 1891 году.

32. Во имя Святой равноапостольной Марии Магдалины, в Николаевском профессиональном училище, на Солянке. Устроена в 1891 году.                  

       31 января (13 февраля) 1894 года Митрополит Иоанникий (Руднев) избран был почетным членом Московской Духовной Академии.