Через месяц (при новом руководстве) вернулся в ЦПК и стал помощником главы Роскосмоса.

7 апреля приказом руководителя Роскосмоса назначен начальником Центра подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.

25 апреля 2017 года космонавт Геннадий Падалка опубликовал открытое письмо с критикой главы Центра подготовки космонавтов Юрия Лончакова и призывом уволить его.

С 19 апреля по 1 мая 2001 года совершил первый полёт в качестве специалиста на шаттлле Индевор STS-100 по программе сборки МКС.

Продолжительность полёта составила 11 суток 21 час 31 минута 14 секунд.

С 30 октября по 10 ноября 2002 года совершил второй полёт в качестве бортинженера, вместе с Сергеем Залётиным и Франком Де Винне.

Старт выполнен на ТК «Союз ТМА-1», посадка на ТК «Союз ТМ-34».

Продолжительность полёта составила 10 суток 20 часов 53 минуты 09 секунд.

Стартовал 12 октября 2008 года в 07:01:33,243 UTC (11:01:33,243 мск) в качестве командира корабля «Союз ТМА-13» и бортинженера 18-й основной экспедиции МКС вместе с Майклом Финком и Ричардом Гэрриотом.

Октября 2008 года в 08:26:14 UTC (12:26:14 мск) была осуществлена стыковка корабля с МКС (к стыковочному узлу ФГБ «Заря»).

Во время полёта выполнил два выхода в открытый космос: 24.12.2008 - продолжительностью 5 часов 38 минут.

Астронавты смонтировали научную аппаратуру для европейского эксперимента EXPOSE-R установили на модуле «Звезда» научную аппаратуру для эксперимента «Импульс», а также сняли с СО «Пирс» второй из трех контейнеров «Биориск-МСН».

- 10.03.2009 - продолжительностью 4 часа 49 минут.

Астронавты установили на внешней поверхности служебного модуля «Звезда» аппаратуру для европейского научного эксперимента EXPOSE-R.

- 8 апреля 2009 года в 02:55:30 UTC (06:55 мск) корабль отстыковался от МКС, тормозной импульс был выдан в 06:24 UTC (10:24 мск).

В 07:16 UTC (11:16 мск) спускаемый аппарат корабля «Союз ТМА-13» совершил мягкую посадку северо-восточнее города Джезказган в Казахстане.

Продолжительность полёта составила 178 суток 0 часов 14 минут 27 секунд.

В качестве командира экипажа Союз ТМА-16М готовился к старту в 2015 году, однако в конце лета 2013 года принял решение покинуть отряд космонавтов.

Салижан Шакирович Шарипов (узб. Солижон Шокирович Шарипов) (родился 24 августа 1964(19640824)) в Ошской области Киргизской ССР.

Российский космонавт, Герой Российской Федерации, Герой Киргизской Республики.

По национальности узбек.

В 1981 году окончил среднюю школу и поехал поступать в Оренбургское авиационное училище, но выяснив, что училище готовило лётчиков бомбардировочной авиации, а не лётчиков-истребителей, отказался от поступления.

В 1982 году призван на срочную службу в Советскую Армию, служил в техническом подразделении авиационного полка в Приморском крае.

Из войск поступил в Харьковское высшее военное авиационное училище лётчиков имени дважды Героя Советского Союза С.И. Грицевца.

После окончания в 1987 году служил лётчиком-инструктором в 716-м учебном авиационном полку ВВС Среднеазиатского военного округа.

Имеет общий налёт на самолётах различных типов около 950 часов.

В 1990 году был отобран в отряд советских космонавтов (1990 Группа ВВС № 10) Центра подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина.

Прошёл полный курс подготовки к полётам на космических кораблях серии «Союз ТМ» и орбитальной станции «Мир» в качестве командира корабля.

Без отрыва от работы в Центре подготовки космонавтов в 1994 году окончил факультет «Аэрокосмоэкология» Государственной академии нефти и газа по специальности «Сопряжённая обработка аэрокосмоэкологических материалов».

Летом 1997 года прибыл в США для подготовки к полёту на борту американского корабля многоразового использования системы Space Shuttle.

С 23 по 31 января 1998 года совершил космический полёт в качестве специалиста полёта космического корабля «Endeavour» по программе STS-89 продолжительностью 8 дней 19 часов 46 минут 54 секунды.

В ходе полёта была осуществлена стыковка с российским орбитальным комплексом «Мир».

Второй космический полёт совершил в качестве командира космического корабля «Союз ТМА-5» и бортинженера 10-й основной экспедиции на Международной космической станции с 14 октября 2004 года по 25 апреля 2005 года.

В период полёта совершил 2 выхода в открытый космос.

С октября 2005 по май 2006 года был представителем Центра подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина в Космическом центре имени Джонсона в Хьюстоне, США.

В дальнейшем проходил подготовку в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина, с ноября 2006 года - заместитель командира отряда космонавтов Центра.