II этап. Апрель - середина июля 1774 г.

На 2-м этапе основные события развернулись на территории Башкирии. На юге действовали Каскын Самаров, Кутлугильды Абдрахманов, Селяусин Кинзин и др. В районе Стерлитамакской пристани борьбу с карательными отрядами вел Каранай Муратов.
С приближением главных войска Пугачева усилилась борьба на Осинской и Казанской дорогах. Через Покровский, Авзяно-Петровские, Белорецкие заводы и Магнитную крепость Пугачев направился в Башкирское Зауралье..

20 мая 1774 года пугачевцы заняли Троицкую крепость, а 21 мая к ней подошел, спешивший догнать Пугачева отряд Декалонга. Пугачев располагал войском, более чем в 11000 человек, но оно было не обучено, слабо вооружено и поэтому в сражении под Троицкой крепостью потерпело поражение. Пугачев отступил в сторону Челябинска. Здесь у крепости Варламовой он был встречен отрядом полковника Михельсона и понес новое поражение. Отсюда войска Пугачева отступили к Уральским горам.

В мае 1774 года в Оренбурге был казнен командир полка «работных людей» уральских заводов Афанасий Хлопуша. Ему, по свидетельству современника, «голову отрубили, и тут же близко возле эшафота голову на шпиль воткнули на виселице, посреди, которая нынешнего года мая и в последних числах снята».

 После нескольких сражений с правительственными войсками повернул на север Башкирии и 21 июня взял Осу.

Пополнив армию, Пугачев двинулся на Казань и атаковал ее 11 июля. Город был взят, за исключением Кремля. При штурме крестьянскими войсками Казани в тюрьме был заколот караульным офицером бугурусланский повстанческий атаман Гаврила Давыдов, доставленный туда после его поимки. Но 12 июля к Казани подошли войска под командой полковника Михельсона. В сражении, длившемся более двух суток, Пугачев был снова разбит и потерял около 7000 человек.

Потерпев поражение в кровопролитных сражениях с карательным корпусом И.И. Михельсона под Казанью, повстанцы 16-17 июля переправились через Волгу.

Хотя армия Пугачева и была бита, но восстание подавлено не было. Когда Пугачев после поражения в Казани переправился на правый берег Волги и разослал свои манифесты крестьянам, призывая их бороться против дворян и чиновников, жалуя вольностью, то крестьяне начали восставать, не дожидаясь его прихода. Это обеспечило ему движение вперед. Армия пополнялась и росла.

МАНИФЕСТ Е. И. ПУГАЧЕВА ПОМЕЩИЧЬИМ КРЕСТЬЯНАМ О ПОЖАЛОВАНИИ ИХ ВОЛЬНОСТИЮ, ЗЕМЛЯМИ И ОСВОБОЖДЕНИЕМ ОТ ПОДУШНОЙ ПОДАТИ, 1774 г., ИЮЛЯ 31

Божиею милостию мы, Петр трети, император и самодержец всероссийский:

и протчая, и протчая, и протчая.

Обевляется во всенародное известие.

Жалуем сим имянным указом с монаршим и отеческим нашим милосердием всех, находившихся прежде в крестьянстве и в подданстве помещиков, быть верноподданными рабами собственной нашей короне, и награждаем древним крестом и молитвою, головами и бородами, волностию и свободою и вечно козаками, не требуя рекрутских наборов, подушных и протчих денежных податей, владением землями, лесными, сенокосными угодьями и рыбными ловлями, и соляными озерами без покупки и без аброку и свобождаем всех прежде чинимых от злодеев дворян и градцких мздоимцов-судей крестьяном и всему народу налагаемых податей и отягогдениев. И желаем вам спасения душ и спокойнои в свете жизни, для которой мы вкусили и претерпели от прописанных злодеев-дворян странствие и немалыя бедствии. А как ныне имя наше властию всевышней десницы в России процветает, того ради повелеваем сим нашим имянным указом: кои прежде были дворяне в своих помест(иях) и водчинах, оных противников нашей власти и возмутителей империи и раззорителей крестьян ловить, казнить и вешать и поступить равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с вами, крестьянами. По истреблении которых противников и злодеев-дворян, всякой может возчувствовать тишину и спокойную жизнь, коя до века продолжатця будет.

Прихода Пугачева ждали рабочие и крестьяне Центральной России, но он не пошел на Москву, а взял курс, на юг, по правому берегу Волги. Это шествие было победоносным, Пугачев двигался, почти не встречая сопротивления, и занимал населенные пункты, города один за другим. Везде его встречали с хлебом-солью, с хоругвями и иконами.

Этот этап характерен массовым присоединением башкир, которые теперь составляли большинство в пугачевской армии и работных людей горных заводов Урала, что имело отрицательную роль в связи с ослаблением организующей роли главного повстанческого штаба и увеличением правительственных карательных сил на Урале, под натиском которых Пугачев начинает терпеть ощутимые неудачи. Это вынудило его двинуться сначала к Казани, а затем переправиться через Волгу. [7; 33]Так завершается второй этап крестьянской войны.