Миссия среди сарацинов, 1219 год

Сарацинами называли мусульман, с которыми крестоносцы вели кровопролитные бои. Франциск был убежден в силе истины и добра - этим оружием он хотел обратить мусульман, к которым посылал своих братьев и дважды во время крестовых походов отправлялся сам, но оба раза (в первый - из-за бури, а во второй - по причине глазной болезни) был вынужден вернуться на родину.
Только с третьей попытки ему удалось добраться до султана Египта Мелек-эль-Камеля, которого он хотел обратить в христианство или в случае неудачи принять мученическую смерть. Ни одно из этих желаний не осуществилось, но зато Франциск завоевал уважение султана и получил охранную грамоту, позволявшую путешествовать по всему королевству.
В тот же период в Марокко пятеро братьев приняли мученическую смерть.

Отпущение грехов в Порциункуле (16.07.1216)

После смерти Папы Иннокентия III на Святейший Престол взошел Папа Гонорий III, к которому Франциск обратился с просьбой дать каждому верующему за посещение часовни Порциункулы полное отпущение грехов - такое же, какое получали паломники на Святую Землю. Папа установил днем такого отпущения 2 августа.

Третий Орден, 1221 год

По просьбе верующих, состоявших в браке, но желавших в более полной мере жить евангельским духом, св. Франциск с помощью кардинала Гуголина (впоследствии Папы Григория IX) составил Устав, чтобы оживить христианскую набожность и принести пользу Церкви. Вначале этих верующих называли братьями и сестрами покаяния, а потом - Третьим Орденом.
После окончательного утверждения нового Устава Папой Павлом VI организация называется Францисканским Орденом Мирян.

Конфликты в Ордене

Во время своего пребывания в Сирии (1220 г.) Франциск узнал о возникших в Ордене конфликтах, и потому вернулся в Италию, в Порциункулу. Обеспокоенный спорами относительно соблюдения Устава, он отказался от обязанностей настоятеля, доверив их Петру Каттани, а после его смерти - брату Льву. В то же время Франциск попросил Папу о назначении «покровителя Ордена и наставника братства». Папа поручил эти функции кардиналу Гуголину, который впоследствии принял Святейший Престол в качестве Папы Григория IX.

Устав

Обеспокоенный мыслями о будущем Ордена, Франциск в 1221 году написал устав, состоявший из 24 глав, который не был утвержден Святейшим Престолом. Двумя годами позже в уединенной обители Фонте-Коломбо он составил другой Устав, который 29 ноября 1223 года был утвержден Папой Гонорием III.
В этом Уставе содержится вся духовность св. Франциска: «Соблюдать Евангелие Господа нашего Иисуса Христа, живя в послушании, без имущества и в чистоте». В своей жизни, а также в Уставе он обращал особенное внимание на послушание
в отношении Церкви. Он делал сильный акцент на добродетели и обете бедности, потому что Христос стал бедным ради нас. Возможно, это была также реакция на материальное положение духовенства - но только диаметрально противоположная реакции катаров.

Греччо 1223 год

Св. Франциск глубоко переживал все, что было связано с Христом - в особенности, тайну Рождества Христова.
В 1223 году он решил невиданным образом отметить этот праздник. На склоне крутой горы в пещере были устроены ясли, туда же привели вола и осла, установили алтарь, на котором священник во время рождественской ночи принес Святую Жертву. Франциск, одетый в стихарь диакона, прочитал вдохновенную проповедь братьям, участвовавшим в этой мистерии, а также многим присоединившимся к ним жителям долины Риети.

Стигматы, 1224 год

Перед праздником Архангела Михаила Франциск вместе с несколькими братьями отправился на гору Верна, чтобы в посте и молитве готовиться к этому дню.
Незадолго до праздника Воздвижения Креста Господня Франциску явился Распятый Христос в облике Серафима. Как пишет св. Бонавентура, Франциск почувствовал острую боль: на его руках, ногах и в боку появились раны - следы Страстей Господних. Впоследствии св. Франциска стали называть серафическим патриархом, поскольку его любовь к Богу можно сравнить с любовью Серафимов - самых близких к Богу небесных созданий.

Болезнь и смерть

Ослабевший от болезни и испытаний на Верне, Франциск терял силы. Вдобавок к страданиям, у него ухудшалось зрение. Братья соорудили ему шалаш возле церкви св. Дамиана, и он в течение многих дней проводил время то в церкви, то в шалаше. Испытывая физические мучения, Франциск диктует братьям «Гимн брату Солнцу».
В 1225 году, поддавшись уговорам Папы Гонория III, он подвергается болезненной операции прижигания висков, сделанной в Риети папским врачом. К сожалению, операция не помогла. Из Риети братья перевезли Франциска в Ассизи и остановились в епископском дворце. В конце сентября они перевели его в Порциункулу.
Кончина св. Франциска вечером З.Х.1226 года Тело св. Франциска было перенесено в церковь св. Георгия в пределах города, а четырьмя годами позднее - в готическую базилику, построенную в его честь по распоряжению Папы Григория IX.