Кембриджский период жизни (1828—1831)

Отец Дарвина, узнав, что сын забросил обучение медицине, был раздосадован и предложил ему поступить в колледж Христа Кембриджского университета и получить сан священника Англиканской церкви. По словам самого Дарвина, дни, проведённые в Эдинбурге, посеяли в нём сомнения в догматах англиканской церкви. В это время он старательно читает богословские книги, в конечном счёте убеждает себя в приемлемости церковных догматов и готовится к поступлению. Во время учёбы в Эдинбурге он забыл некоторые предметы, необходимые для поступления, и поэтому он занимается с частным преподавателем в Шрюсбери и поступает в Кембридж после рождественских каникул, в самом начале 1828 года.

По собственным словам, он не слишком углубился в обучение, посвящая больше времени верховой езде, стрельбе из ружья и охоте (благо посещение лекций было делом добровольным). Его кузен Уильям Фокс  познакомил его с энтомологией и сблизил с людьми, увлекающимися коллекционированием насекомых. В результате у него просыпается страсть к коллекционированию жуков. Сам же Дарвин в подтверждение своего увлечения приводит следующую историю: «Однажды, сдирая с дерева кусок старой коры, я увидел двух редких жуков и схватил каждой рукой по одному из них, но тут я увидел третьего, какого-то нового рода, которого я никак не в состоянии был упустить, и я сунул того жука, которого держал в правой руке, в рот. Увы! Он выпустил какую-то чрезвычайно едкую жидкость, которая так обожгла мне язык, что я вынужден был выплюнуть жука, и я потерял его, так же как и третьего». Некоторые из его находок были опубликованы в книге Стивенса  «Иллюстрации британской энтомологии» англ. «Illustrations of British entomology».

Дарвин становится близким другом и последователем профессора ботаники Джона Стивенса Генслоу. Благодаря знакомству с Генслоу он познакомился и с другими ведущими натуралистами, становясь известным в их кругах как «тот, который гуляет с Генслоу». Когда приблизились экзамены, Дарвин сосредоточился на учёбе. В это время он читает «Доказательство Христианства» Уильяма Пэйли, чей язык и изложение восхищают Дарвина. В заключении обучения, в январе 1831 года, Дарвин хорошо продвинулся в теологии, изучил классиков литературы, математику и физику, в итоге стал 10-м в списке из 178 успешно сдавших экзамен.

Дарвин оставался в Кембридже до июня. Он изучает труд Пэйли «Естественная Теология», в котором автор приводит теологические аргументы для объяснения природы естества, объясняя адаптацию как воздействие Бога посредством законов природы. Он читает новую книгу Гершеля, которая описывает высочайшую цель естественной философии как постижение законов через индуктивные рассуждения, основанные на наблюдениях. Также особое внимание он уделяет книге Александра фон Гумбольдта «Личное повествование», в которой автор описывает свои путешествия. Описания острова Тенерифе, которые приводит Гумбольдт, заражают Дарвина и его друзей идеей отправиться туда по завершении обучения для занятий естественной историей в условиях тропиков. Для подготовки к этому он обучается на курсе геологии преподобного Адама Седжвика, а после отправляется с ним летом на картографирование пород в Уэльсе. Через две недели, вернувшись после непродолжительной геологической поездки по Северному Уэльсу, он находит письмо от Генслоу, в котором тот рекомендовал Дарвина как подходящего человека на неоплачиваемую должность натуралиста капитану «Бигля», Роберту Фицрою, под чьим командованием через четыре недели должна начаться экспедиция к берегам Южной Америки. Дарвин готов был тут же принять предложение, однако его отец возражал против такого рода приключения, поскольку считал, что пятилетний вояж — это не что иное, как трата времени впустую. Но своевременное вмешательство дяди Чарлза Джозайи Веджвуда II склоняет отца дать согласие.

Дарвин и Фицрой

Перед тем как отправиться в путешествие, Дарвин встречался с Фицроем. Впоследствии капитан вспоминал эту встречу и говорил, что Дарвин очень серьёзно рисковал быть отвергнутым из-за формы его носа. Будучи приверженцем учения Лафатера, он полагал, что существует связь между характером человека и чертами его внешности, и поэтому он сомневался, что человек с таким носом, как у Дарвина, мог обладать энергией и решимостью, достаточными для того, чтобы совершить путешествие. Несмотря на то, что «нрав у Фицроя был самый несносный», «он обладал многими благородными чертами: был верен своему долгу, чрезвычайно великодушен, смел, решителен, обладал неукротимой энергией и был искренним другом всех, кто находился под его началом». Сам Дарвин отмечает, что отношение капитана к нему было очень хорошим, «но ужиться с этим человеком при той близости, которая была неизбежна для нас, обедавших за одним столом вдвоём с ним в его каюте, было трудно. Несколько раз мы ссорились, ибо, впадая в раздражение, он совершенно терял способность рассуждать». В то же время в одном из донесений, отправленных с «Бигля», Фицрой писал Бофорту, причастному к появлению на корабле Дарвина: «Я думаю, Вы согласитесь, что мой сотрапезник с лихвой заплатил за место на борту корабля». Тем не менее между ними были серьёзные разногласия на почве политических взглядов. Фицрой был убеждённым консерватором, защитником рабства негров, поощрял колониальную политику английского правительства. Будучи глубоко религиозным человеком, сторонником церковной догмы, Фицрой не в состоянии был понять сомнений Дарвина в вопросе о неизменности видов. Впоследствии он негодовал на Дарвина за то, что он «издал столь кощунственную книгу, как Происхождение видов».