В начале 1992 года В.Путин был назначен заместителем мэра Санкт-Петербурга с сохранением за ним поста председателя КВС.

Во время событий в сентябре - начале октября 1993 по поручению А.Собчака организовывал переброску в Москву полка спецназа, который участвовал в блокировании Белого дома, зачистке от сторонников парламента мэрии и гостиницы "Мир" (ЛГ, N8(5778), 23-29 февраля 2000).

Начиная со второй половины 1993 года во время частых отъездов за границу А.Собчак стал оставлять вместо себя "на хозяйстве" именно В.Путина. Кроме Комитета по внешним связям ему была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам.

В марте 1994 г. А.Собчак создал в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга - председателем КВС был назначен В.Путин (позже в том же году название должности было изменено: первый заместитель мэра г.Санкт-Петербурга - председатель КВС).

В марте-апреле 1994 года курировал от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам Городского (Законодательного) собрания и создание подконтрольного мэрии блока "Весь Петербург" ("блок Сергея Беляева"). Расставив своих кандидатов почти по всем округам, блок "Весь Петербург" получил только 4 мандата из 24-х (2-е место после оппозиционного мэрии про"яблочного" блока "Любимый город", получившего 5 мандатов); из-за низкой явки избирателей еще в 26 округах выборы были признаны недействительными.

Осенью 1994 года курировал довыборы в Законодательное собрание (ЗС) Санкт-Петербурга, на которых около половины мандатов получили лояльные к мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (в т.ч. 7 мандатов - "Единый демократический список", составленный из кандидатов партии "Демократический выбор Росии", блока "Весь Петербург", блока "Демократическое единство Петербурга" и нескольких независимых). 2-е место на довыборах заняли "Коммунисты Ленинграда" (4 мандата), 3-е место - "Любимый город" (3 мандата).

При поддержке группы независимых депутатов в ЗС Санкт-Петербурга добился в начале 1995 года снятия фракцией "Любимый город" неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером более нейтрального Юрия Кравцова (от "Любимого города") - в связке с заместителями спикера независимыми депутатами Сергеем Мироновым (Строительная корпорация "Возрождение Санкт-Петербурга", избран от блока "Весь Петербург) и Виктором Новоселовым.

В начале мая 1995 В.Путин возглавил оргкомитет Санкт-Петербургского отделения НДР, а на учредительной конференции регионального отделения был избран председателем его совета. На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 в Москве был избран членом совета ВОПД НДР (из 126 человек).

Летом-осенью 1995 руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную Думу. Во время этой избирательной кампании ему удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 миллиард 100 миллионов рублей (неденоминированных), предоставленных по большей части петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 миллионов р. ("Санкт-Петербургские ведомости", 1.12.1995).

В список НДР по Санкт-Петербургу была включена супруга А.Собчака Людмила Нарусова. Кандидат, выставленный НДР в единственном (из 8-ми) петербургских мажоритарных округов, проиграл выборы; по пропорциональной системе НДР заняло в городе 3-е место (после "Яблока" и Демократического выбора России) и получило 2 мандата, один из которых достался Л.Нарусовой.

В марте 1996 года вошел в штаб Санкт-Петербургского регионального отделения Общероссийского движения общественной поддержки Президента (ОДОПП), в которое объединились организации, выступавшие за переизбрание Б.Ельцина Президентом РФ. По этому поводу лидер петербургского "Яблока" Игорь Артемьев направил заявление в прокуратуру Санкт-Петербурга, утверждая, что участие В.Путина в работе отделения нарушает Закон "Об основных гарантиях избирательных прав граждан Российской Федерации" и, в частности, ограничение, направленное на "воспрепятствование использованию служебного положения отдельными должностными лицами в целях создания преимуществ для отдельных кандидатов". Прокуратура не дала ход этому заявлению, приняв к сведению версию В.Путина, он вошел в ОДОПП не как первый вице-мэр Санкт-Петербурга, а как руководитель региональной организации НДР.

 

Весной 1996 г. В.Путин занимался (вместе с Алексеем Кудриным) избирательной кампанией А.Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. В.Путину А.Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы соперники не успели провести избирательную кампанию. Ранним утром 13 марта 1996 В.Путин привез в ЗС президентский указ, разрешавший выборы мэра 19 мая, и проект решения о переносе выборов, а затем "на протяжении недели буквально "выкручивал руки" городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным" ("Известия", 12.08.1999).

Усилиями В.Путина 20 марта - в последний день, когда можно было легально перенести выборы - большинство депутатов проголосовало за перенос.

После поражения А.Собчака на выборах, В.Путин ушел в отставку со своих постов в правительстве Санкт-Петербурга и получил приглашение от управляющего делами президента Павла Бородина стать его заместителем.

На должности заместителя управляющего делами Президента РФ (с июля 1996 по март 1997) В.Путин курировал зарубежную собственность управления делами. Во время пребывания В.Путина на этой должности все бывшее имущество СССР и КПСС за границей было поставлено на учет и переоформлено - передано фактически в собственность Управлению делами президента.

26 марта 1997 указом президента В.Путин был назначен заместителем руководителя Администрации Президента РФ - начальником Главного контрольного управления (ГКУ) Президента, сменив на этом посту А.Кудрина, ставшего заместителем министра финансов.

На IV съезде НДР 19 апреля 1997 был избран членом политсовета ВОПД НДР (из 178 человек).

21 июня 1997 3-я конференция С-Петербургского регионального отделения НДР удовлетворила просьбу В.Путина об освобождении от должности председателя совета в связи с его назначением руководителем ГКУ, оставив его представителем С-Петербургского отделения в общероссийском политсовете НДР. Новым председателем регионального совета НДР стал президент АО "Ленинец" Анатолий Турчак (в 1999 его сменил президент ЗАО "Петербургская топливная компания" (ПТК) Андрей Степанов, а в 2000 г. - ректор Горной академии Владимир Литвиненко).

19 сентября 1997 был включен в состав Межведомственной комиссии Совета Безопасности РФ по экономической безопасности.

25 мая 1998 был назначен первым заместителем руководителя Администрации Президента РФ, ответственным за работу с регионами (сменив Викторию Митину). До начала июня оставался также начальником Контрольного управления Администрации Президента (в июне 1998 это управление по рекомендации В.Путина было поручено возглавлять Николаю Патрушеву).

15 июля 1998 возглавил Комиссию при Президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации (вместо отправленного в отставку Сергея Шахрая). С тех пор не был подписан ни один такой договор.

Июля 1998 указом президента В.Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России (ФСБ).

1 октября 1998 был введен в состав постоянных членов Совета Безопасности РФ, а 18 ноября 1998 указом Президента РФ включен в обновленный состав Совета Безопасности.

В качестве руководителя ФСБ произвел ряд кадровых и структурных изменений, упразднил два крупнейших управления ФСБ - экономической контрразведки (УЭК) и контрразведовательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО), создав вместо них 6 новых управлений. Добился регулярного финансирования ФСБ, а также (непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу) повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, уравняв их с работниками СВР и ФАПСИ.