Фьюд за Чемпионство WWE и травма (2006—2007)

Джон на ринге на RAW

На «New Year’s Revolution», которая проходила 8 января 2006 года, Сина успешно защитил пояс в матче «Elimination Chamber», но после матча был вынужден защищать титул от победителя матча «Деньги в Банке» — Эджа, который победил после двух гарпунов и удержания. Однако, через 3 недели, на Королевской битве, Сина вернул себе титул чемпиона WWE

После этого начался фьюд с Triple H. Оба рестлера встретились лицом к лицу на Рестлмания 22, где победу одержал Джон Сина. Негативная реакция со стороны фанатов в отношении Сины стала возрастать перед встречей с Робом Ван Дамом на One Night Stand. Выйдя на арену Hammerstein Ballroom Сина столкнулся с насмешками и выкриками «Fuck you, Cena», «You can’t wrestle» и «Same old shit». Когда он начал исполнять различные движения на ринге во время матча фанаты начали скандировать «You still suck». Сина проиграл титул чемпиона WWE удержанием со стороны Роба Ван Дама после вмешательства Эджа.

В июле, после того как Эдж выиграл титул чемпиона WWE у Ван Дама в матче Triple Threat, в котором также участвовал Сина, фьюд между Синой и Эджем разгорелся с новой силой. Позднее Сина вернул себе пояс в матче и арене, которые выбрал Эдж: матч Столы, Лестницы и Стулья на PPV Unforgiven в арене Air Canada Centre (что расположена в городе Торонто, Канада — родной город Эджа). Кроме титула на кон ставилось участие Сины в бренде Raw — если он проигрывал, то переходил в SmackDown!.

На пике фьюда с Эджем, Сина был вовлечён в историю с выяснением того, кто достоин звания «Чемпиона чемпионов» (кто является наиболее доминирующим чемпионом в трёх брендах WWE). Сина, чемпион в тяжёлом весе Король Букер и всемирный чемпион ECW БигШоу в минифьюде с Triple H в матче на Cyber Sunday, на котором зрители голосованием выбрали какой из чемпионств будет на кону. В то же время у Сины была сюжетная линия с Кевином Федерлайном, который рестлером не является, когда последний начал появляться на Raw с Джони Найтро и Мелиной. Всё началось когда во время матча на Cyber Sunday Федерлайн появился и ударил поясом титула чемпиона в тяжёлом весе, что бы помочь Королю Букеру сохранить свой титул. 2006 год закончился началом фьюда между Синой и непобедимым Умагой за чемпионства WWE, а 2007 год начался концом фьюда с Федерлайном. На первом шоу Raw в новом году Федерлайн выиграл бой с Синой удержанием при помощи Умаги, но это не помешало позднее Сине провести FU на нём.

На следующую ночь после Royal Rumble, импровизированная команда Сины и Шона Майклза выиграла матч против Rated-RKO (Эдж и Ренди Ортон) за титул командного чемпионства мира. Таким образом Сина стал двойным чемпионом. 2 апреля на шоу Raw, после проигрыша матча с Синой за чемпионство WWE на PPV WrestleMania 23, Майклз подставил Сину, что стоило им обоим титула в командном чемпионстве во второй из двух 10 командных королевских битв. Он скинул Сину с ринга, что привело к вылету всей команды. Тот бой и титул выиграли братья Харди (Мэтт и Джефф). Весь оставшийся месяц Сина провёл в фьюде с Майклзом, Ортоном и Эджем пока Великий Кали не заявил свои намерения в отношении титула чемпиона WWE, а позднее он атаковал всех троих основных претендентов на титул перед тем, как напасть на Сину и украсть пояс. Следующие два месяца длился фьюд Сины и Кали за чемпионство в WWE, в течение которого Сина стал первым рестлером кто победил в бою Кали болевым приёмом на PPV Judgment Day, а затем удержанием на PPV One Night Stand. Летом Ренди Ортон был назван претендентом номер один на титул чемпиона WWE, что положило начало фьюду между ним и Синой. Перед PPV SummerSlam Ортон провёл несколько атак и три раза выполнил RKO на Сине, но на самом матче за титул Сина отстоял звание чемпиона. Матч реванш состоялся на PPV Unforgiven, на котором Ортон выиграл по дисквалификации когда Сина продолжил атаку в углу ринга проигнорировав рефери. Таким образом, титул остался у Сины

1 октября 2007 года, во время матча против Мистера Кеннеди Джон получил непредвиденную травму большой грудной мышцы, несмотря на это он окончил матч и принял на себя заранее спланированную атаку от Ренди Ортона после матча. Осмотр хирургами показал, что большая грудная мышца Сины разорвана от самой кости. Реабилитация займёт от семи месяцев до одного года. В результате этого Сина был лишён титула о чём заявил Винс Макмэн на последующем шоу ECW, тем самым закончив самое длинное по времени чемпионство за последние 19 лет. Операцию Сине делал хирург Джеймс Эндрюс в госпитале святого Винсента, что расположен в Бирмингеме, штат Алабама. Двумя неделями позднее в видео-обращении на официальном сайте WWE — wwe.com — доктор Эндрюс и тренер Сины сообщили, что на реабилитацию понадобится значительно меньше времени. Несмотря на свою травму, Сина принял участие в ежегодном событии WWE Tribute to the Troops, которое состоялось в лагере Speicher в Тикрите (Ирак) 7 декабря, показано это шоу было 24 декабря.