Программное обеспечение Visual Cloning 2000

Visual Cloning 2000 - программное обеспечение, использующие технологию XML (Extensible Markup Language) и ориентированные на специалистов, работающих в области молекулярной биологии и генетики [48]. Visual Cloning 2000 позволяет достаточно просто создавать и в значительной степени модифицировать геномные карты, обеспечивая при этом графические возможности, недоступные для других подобных программах.

Особенности Visual Cloning 2000:

- Расширенные возможности редактирования;

Только Visual Cloning позволяет создавать и манипулировать одновременно несколькими генетическими картами на одной странице. Можно совмещать кольцевые и линейные карты, с нуклеотидными последовательностями или без. Visual Cloning 2000 реализует принцип WYSIWYG (What You See Is What You Get), и, таким образом, можно работать с изображением в том виде, в котором оно может быть выведено на печать. Также геномные карты можно легко масштабировать.

- Автоматическое построение и модификация изображений;

Visual Cloning минимизирует работу, необходимую для построения карт профессионального качества. Программа автоматически позиционирует регионы, маркеры и метки так, чтобы они не перекрывались и не наезжали друг на друга. Это делается без потери возможности последующей модификации карты. Можно изменить практически все, начиная от размера карты, до направления регионов, их толщины и цвета. Как для кольцевой карты, так и для линейной можно свободно перетаскивать регионы. Когда размер кольцевой карты увеличивается, метки перемещаются, компенсируя изменение размера изображения и не нужно тратить время на их репозиционирование.

- Множественное выделение;

Режим множественного выделения, реализованный в Visual Cloning 2000, позволяет одновременно позиционировать и изменять параметры сразу нескольких объектов. Объекты могут выделяться последовательно или при перемещении специальной рамки. Можно очень точно выравнивать объекты или равномерно размещать в горизонтальном или вертикальном направлении.

- Редактирование по месту;

Можно редактировать текст меток и маркеров прямо по месту их размещения. Это позволяет экономить драгоценное время, не обращаясь к специализированному меню.

- Панель стилевого оформления;

Только Visual Cloning оснащен панелью стилевого оформления, которая обеспечивает настройку фонтов, размеров, стилей и цветовой гаммы простым кликом мыши. Можно даже изменить цвет сразу нескольких выделенных объектов.

- Простота публикации;

Visual Cloning обеспечивает простоту экспорта карт в другие программы. Можно копировать карты в clipboard и помещать их в другие программы в векторном формате (Enhanced Metafile), при этом качество изображения ограничивается только разрешением экрана или принтера. Формат Enhanced Metafile хорошо работает в таких программах как Microsoft Word или Microsoft PowerPoint. Есть возможность вклеивать или сохранять карты в формате BMP.

- Импорт последовательностей из Web;

Visual Cloning позволяет создавать карты из любых последовательностей, находящихся в публичном доступе. Если удалось найти соответствующую последовательность в on-line базе данных, ее можно легко превратить в полностью откомментированную и маркированную карту.

- ResearchNet;

Есть возможность использовать встроенный браузер для подключения к порталу ResearchNet компании Redasoft. Портал обеспечивает доступ к таким on-line инструментам, как Cloning Vector Search Engine, ExPASy proteomics, база данных по протоколам экспериментов "DoubleTwist".

- Расширенный рестрикционный анализ;

Интегрированный инструментарий рестрикционного анализа позволяет искать сайты рестрикции используя более 1000 ферментов из базы данных REBASE. При этом можно просканировать последовательность используя все рестриктазы, подмножество коммерчески доступных рестриктаз или предопределенный набор ферментов (например, имеющихся в лаборатории). Кроме того, выборка может быть сформирована при помощи фильтров по любой комбинации из следующих факторов:

· Частота рестрикции;

· Размер региона узнавания;

· Тип концов результирующих последовательностей;

· Размещение сайтов на генетической карте.

- Поиск открытых рамок считывания (ORF's);

В качестве параметров поиска можно задать минимальное количество кодонов в ORF's, выбрать стартовый кодон, определить используемый генетический код и наложить ограничения на перекрытие ORF's.

- Дизайн праймеров;

Для обеспечения этой функции в состав Visual Cloning включено программное обеспечение, разработанное в Whitehead Institute for Biomedical Research. В Visual Cloning предусмотрен набор параметров (с удобными первоначальными установками) для поиска праймеров. Значения параметров можно менять в соответствии с задачей эксперимента. Кроме того, можно выбирать целевые фрагменты для амплификации или гибридизации и задавать количество вариантов праймеров, которые программа должна вернуть в качестве результата.

- Расширенные возможности представления последовательностей;

Visual Cloning обеспечивает возможность представления последовательности карты. Можно настроить представление, выбрав между десятью и тремя основаниями на один блок, указать количество блоков в строке, а также включить или выключить вывод комплементарной последовательности. Новые конструкции можно создавать в режиме виртуального клонирования. Есть возможность выделить и копировать регион какой-либо последовательности в clipboard. Копированная последовательность может быть затем вставлена в другую карту или использована для построения новой карты.

- Поиск суб-последовательностей;

Для поиска можно выбрать полную последовательность генетической карты или специфический регион. Предусмотрена возможность конвертирования последовательности.

- Интуитивно понятный интерфейс.