После смерти Рахим-бия в 1758 году мангыты выдвинули на место эмира его дядю, правителя Мианкаля Даниялбий (1758—1785). При его правлении наблюдается некоторое ослабление центральной власти.

1500-1510 Мухаммед Шейбани (1451—1510) (узб. Muhammad Shayboniy) — узбекский хан основатель государства Шейбанидов. Шейбани-хан, упоминаемый в источниках также как Шайбак, Шайбек и Шахибек. (1451 — 2 декабря 1510), сын Шахбудаг султана, внук правителя и основателя государства кочевых узбеков Абулхайир-хана (1428—1468). Чингизид, потомок по линии хана Шибана третьего сына Джучи.

1510-1530 Кучкунджи-хан (1452—1530) — третий правитель из узбекской династии Шейбанидов в Бухарском ханстве. Правил с 1510 года.Кучкунджи-хан 2-й хан Бухарского ханства.

После смерти Шейбани-хана его дядя Суюнчходжа-хан был на короткое время избран ханом, а позже его брат Кучкунджи-хан был избран ханом на правах старшинства. Его матерью была дочь Мирза Улугбека Рабия султан бегим (умерла в 1485 году, похоронена в Туркестане). Кучкунджи-хан был сыном основателя Узбекского улуса Абу-л-хайр хана и братом Суюнджи-хана и Шахбудаг хана отца Шейбани-хана.

Хотя Кучкунджи-хан считался ханом с резиденцией в Самарканде, реальная власть в стране была в руках племянника Шейбани-хана Убайдулла-хана.

У Кучкунджи-хана было три сына: Абу Саид-хан, Абдулла-хан, и Абдулатиф-хан.

При правлении Кучкунджи-хана шейбанидам удалось разбить сефевидские войска в битве при Гиждуване в ноябре 1512 года и спасти страну от зависимости от сефевидского Ирана. Суннизм был сохранен в ханстве как господствующее направление ислама.

В 1512-1514 годах Кучкунджи-хан правил одновременно страной и владел Самаркандским уделом вместе с сыном Шейбани-хана Тимур султаном. После гибели последнего самаркандский удел оставался в руках потомков Кучкунджи-хана.

В 1516-1517 годах Кучкунджи-хан возглавил поход шейбанидских войск против казахов.

В 1513-1523 годах Кучкунджи-хан провел денежную реформу, которая в отличие от денежной реформы Шейбани-хана, была менее продуманной и заняла около 10 лет. Тем не менее, она способствовала росту экономики и торговли.

В период правления Кучкунджи-хана в Самарканде продолжалось активное строительство. По приказу хана в 1519 году на староузбекский язык было переведено «Зафар-намэ» Шараф ад-Дин Йазди, а позже «Джами ат-таварих» Рашид ад-Дина. Сам Кучкунджи-хан любил поэзию и писал стихи на тюркском языке.

Кучкунджи-хан скончался в Самарканде в 1530 году и был похоронен в династической усыпальнице (дахме) недалеко от площади Регистан. В 1870-е годы она была разрушена властями. После cмерти Кучкунджи-хана на престол взошел его старший сын Абу Саид-хан.

1530-1533 Абу Саид-хан (1472—1533) — четвертый правитель из династии Шейбанидов в Бухарском ханстве. Правил в 1530—1533 годах. 3-й хан из династии Шейбанидов Бухарского ханства.

После смерти Кучкунджи-хана его сын Абу Саид был избран ханом на правах старшинства. Его бабушкой была дочь Мирза Улугбека Рабия султан бегим, а дедом основатель Узбекского улуса Абу-л-хайр хан.

Абу Саид участвовал в Гиждуванской битве 1512 года, где узбекские войска одержали решительную победу над вторгшимися в страну сефевидскими войсками. Позже он участвовал в походах Убайдуллы хана на Хорасан.

Хотя Абу Саид-хан считался ханом с резиденцией в Самарканде, реальная власть в стране была в руках племянника Шейбани-хана Убайдулла-хана. Тем не менее, монеты выпускались от имени Абу Саид-хана. В 1532 году после захвата ряда городов Хорасана, монеты были выпущены в Мешхеде, Себзеваре и Торбате.

У Абу Саид-хана был один сын: Саид-хан По другим источникам у него было пять сыновей: первый — Уган-султан, второй — Султан Са'ид, третий — Джаванмард-хан, четвертый — Султан Мухаммад-султан, пятый — Худай-Берди-султан. От Уган-султана потомства не осталось.

При правлении Абу Саид-хана шейбаниды продолжали борьбу с сефевидами за Хорасан и Герат.

Абу Саид-хан скончался в Самарканде в 1533 году и был похоронен в династической усыпальнице (дахме) недалеко от площади Регистан. К сожалению, 1870-е годы она была разрушена колониальными властями. После cмерти Абу Саид-хана на престол взошел Убайдулла-хан.

1533-1540 Убайдулла-хан (1487—1540) — пятый узбекский хан из династии Шейбанидов в Бухарском ханстве, годы правления 1533—1540.

Одним из способных правителей из династии Шейбанидов был Убайдулла-хан. Он был сыном младшего брата Шейбани-хана Махмуд султана. Он был назван в честь лидера накшбандийского учения Убайдуллы Ходжа Ахрара, который был духовным наставником его отца. Духовным наставником самого Убайдуллы был ученик Ходжи Ахрара, йеменский шейх — Саййид Абдуллах ал-Яманий, прибывший в Самарканд. Убайдулла-хан получил хорошее образование. Он обучался хадисам у Ходжи Маулана Исфахани, правоведению у Махмуда Азизана.

Убайдулла сопровождал Шейбани-хана в его походах. Дядя выделил ему в качестве удела Бухарскую область. В 1510 году он не успел прийти на помощь Шейбани-хану, окруженному превосходящими войсками Исмаил шаха Сефеви.